PDB-2gmg: Solution NMR Structure of protein PF0610 from Pyrococcus furiosus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gmg

タイトル

Solution NMR Structure of protein PF0610 from Pyrococcus furiosus, Northeast Structural Genomics Consortium Target PfG3

要素

hypothetical protein Pf0610

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / winged-helix like protein with metal binding site / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG

機能・相同性

Transcriptional regulator containing an HTH domain fused to a Zn-ribbon, predicted / : / : / PF0610-like, N-terminal / PF0610 rubredoxin-like zinc beta-ribbon domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Transcriptional regulator

機能・相同性情報

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing using torsion angle dynamics

データ登録者

Wang, X. / Lee, H.S. / Adams, M.W. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / Montelione, G.T. / Prestegard, J.H.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: PF0610, a novel winged helix-turn-helix variant possessing a rubredoxin-like Zn ribbon motif from the hyperthermophilic archaeon, Pyrococcus furiosus.
著者: Wang, X. / Lee, H.S. / Sugar, F.J. / Jenney, F.E. / Adams, M.W. / Prestegard, J.H.

履歴

登録	2006年4月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年11月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gmg.cif.gz	351.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gmg.ent.gz	292.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gmg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gmg_validation.pdf.gz	360.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gmg_full_validation.pdf.gz	431.7 KB	表示
XML形式データ	2gmg_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	2gmg_validation.cif.gz	29.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/2gmg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gm/2gmg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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その他のデータベース	TargetDB: PfG3

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein Pf0610

12.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 50	structures with the least restraint violations
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	hypothetical protein Pf0610 分子量: 12168.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: DSM 3638 / 遺伝子: AE010183 / プラスミド: pET-24d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8U362

#1: タンパク質

hypothetical protein Pf0610

分子量: 12168.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: DSM 3638 / 遺伝子: AE010183 / プラスミド: pET-24d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8U362

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 13C-separated NOESY
1	2	1	3D 15N-separated NOESY
1	3	1	HN(CA)CB
1	4	1	CBCACONNH
1	5	1	(H)CCH-TOCSY

-
試料調製

詳細	内容: 0.5mM Pf0610 U-15N, 13C, 20mM Tris, 150mM NaCl, 95% H2O, 5% D2O 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態	イオン強度: 0.15M / pH: 8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

相対比: 1

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2.15	Guntert, P.	構造決定
XPLOR-NIH	2.14	Schwieters, C.D. et al.	精密化

精密化

手法: simulated annealing using torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structure was refined with 923 NOE-derived distance restraints, 109 back bone dihedral angle restraints and 208 residual dipolar coupling constants

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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