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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3qzb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative superoxide reductase (TM0658) from THERMOTOGA MARITIMA at 1.10 A resolution | ||||||
![]() | Putative superoxide reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / IMMUNOGLOBULIN-LIKE BETA-SANDWICH / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-BIOLOGY | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a putative superoxide reductase (TM0658) from Thermotoga maritima at 1.10 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 80.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 426 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 426.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY COUPLED WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF TETRAMER AS BIOLOGICALLY RELEVANT STATE. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16418.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TM0658, TM_0658 / プラスミド: MH4a / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.3 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 32.70% polyethylene glycol 3000, 0.1M CHES pH 9.0, Additive: 0.001 M cytidine monophosphate (CMP), NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月19日 / 詳細: double crystal monochromator | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.1→28.771 Å / Num. obs: 51057 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 6.511 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 13.15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY 3. THE STRUCTURE WAS SOLVED BASED ON ANOMALOUS DATA FROM FE. THE ENERGY WAS NOT OPTIMIZED FOR FE DURING DATA COLLECTION.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 43.45 Å2 / Biso mean: 11.7974 Å2 / Biso min: 4.28 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.1→28.771 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.1→1.129 Å / Total num. of bins used: 20
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