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- PDB-6hlk: Hijacking the Hijackers: Escherichia coli Pathogenicity Islands R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6hlk
タイトルHijacking the Hijackers: Escherichia coli Pathogenicity Islands Redirect Helper Phage Packaging for Their Own Benefit.
要素Redirecting phage packaging protein C (RppC)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Redirecting packaging protein / Homo-dimer / phage interference
機能・相同性Putative DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Redirecting phage packaging protein C (RppC)
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Penades, J.R. / Bacarizo, J. / Marina, A. / Alqasmi, M. / Fillol-Salom, A. / Roszak, A.W. / Ciges-Tomas, J.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research Council670932 英国
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: Hijacking the Hijackers: Escherichia coli Pathogenicity Islands Redirect Helper Phage Packaging for Their Own Benefit.
著者: Fillol-Salom, A. / Bacarizo, J. / Alqasmi, M. / Ciges-Tomas, J.R. / Martinez-Rubio, R. / Roszak, A.W. / Cogdell, R.J. / Chen, J. / Marina, A. / Penades, J.R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert Oeffner / Randy J Read / David C Richardson / Jane S Richardson / Thomas C Terwilliger / Peter H Zwart /
要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many of these structures because of the need for manual interpretation of complex numerical data using many software packages and the repeated use of interactive three-dimensional graphics. PHENIX has been developed to provide a comprehensive system for macromolecular crystallographic structure solution with an emphasis on the automation of all procedures. This has relied on the development of algorithms that minimize or eliminate subjective input, the development of algorithms that automate procedures that are traditionally performed by hand and, finally, the development of a framework that allows a tight integration between the algorithms.
履歴
登録2018年9月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Redirecting phage packaging protein C (RppC)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0631
ポリマ－18,0631
非ポリマー00
水00
1
A: Redirecting phage packaging protein C (RppC)

A: Redirecting phage packaging protein C (RppC)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1262
ポリマ－36,1262
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area1940 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area15390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.881, 56.881, 132.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Redirecting phage packaging protein C (RppC)


分子量: 18062.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein comes from Escherichia coli genome assembly 1.EC2733.1, contig U59_10. The protein was not described previously.
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: CXXR01000010.1 / Variant: EC2733.1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A5H1ZR32*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.85 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 15% PEG 8000, 0.1M Sodium Acetate pH6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4158→43.1316 Å / Num. obs: 7721 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 69.6 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.4158→7.375 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROC1.0.5データ収集
PHENIX1.13_2998精密化
Aimless0.5.32データスケーリング
BUCCANEERCCP4 7.0.062モデル構築
AutoSol1.13_2998位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.42→43.12 Å / SU ML: 0.308 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.9066
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2671 348 4.53 %
Rwork0.2374 --
obs0.2388 7686 86.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 87.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→43.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1060 0 0 0 1060
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031080
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67881443
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0389146
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0027189
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.8909652
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.42-3.040.31131460.27923250X-RAY DIFFRACTION78.48
3.04-43.130.25942020.234088X-RAY DIFFRACTION93.85
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.771359125042.495458246380.5897822042252.560703216430.9937915705410.867695731180.197926808436-0.238442817455-0.255597105857-0.59199210558-0.0701314954952-0.7259303110560.229386088019-0.201111026761-0.2345041207220.576161988321-0.05684473290320.06431792195590.6909628770670.1060648848310.57081893970918.293667144313.023650643913.6725297885
24.67524480933-4.485878420342.158196320665.92785719747-4.139539925123.67178262013-0.288081138403-1.8245809607-1.204749660371.83732101176-0.8096678668210.395922071882-1.76334692741-0.09693724364580.09592652646520.589730371259-0.0847445279659-0.1776111625810.8931114386220.02733745431990.67508062903316.85433751859.6235246253623.0141481764
35.7531545673-3.618402067080.4185805473643.65207610227-0.4272413580461.39355298744-0.6129204351071.08311457825-1.969990883861.30865676977-0.3690315681370.003511914067020.647837650662.886234892030.1244050331851.092800688680.298075386010.1919897322621.547608714670.3724096288240.80836618451226.1183208953.6438323630517.3756234
46.07801017772-2.14919276321-5.095681640353.305618283090.8015171858495.09200058852-0.2597579959290.4930085203890.296923489742-0.303771461769-0.0344254950566-0.0860670088777-0.2695780861880.0482579979910.2790878626790.489957533886-0.04433170158220.01993200548930.6074477660470.1303450176560.4809950199534.776455586767.4143599516822.8162543088
55.31031740683-6.205651495634.57289813127.26217776562-5.373659122293.970541134380.01166792467280.359630738442-0.150643329996-1.68723427711-1.473892854450.1357274226790.9205093780021.357165538990.9851629881922.98523606647-1.150666655570.360296999881.68145702644-0.2613163778491.34591223616-3.60112235936-9.3357889766915.3059932877
63.44217796571-1.80420216314-2.008187743.4664456196-3.48085108099.048274444150.01491411558770.269858308507-1.49111148198-0.0883825379545-0.491354482281-0.9877419839872.237702124850.3042595918230.5552442406130.6910319239170.2469825481790.2646722072040.568528792170.2417613808181.1593645384310.9999908572-6.0106146049322.3058514587
75.72252362273-1.38185596948-4.381228861053.30769906522-0.3003647246191.976555428380.3111273016010.833189133412-0.903867758816-0.339649662417-0.5615087796650.112717065664-0.1563492850060.2122196187180.3096458674940.4996909326730.01343073184940.05442843963170.5499945666660.05233005481650.464741940417-5.799050366373.1566840922931.1565671358
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 35 through 57 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 58 through 62 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 63 through 74 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 75 through 113 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 114 through 121 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 122 through 137 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 138 through 165 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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