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- PDB-3qwm: Crystal Structure of GEP100, the plextrin homology domain of IQ m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qwm
タイトルCrystal Structure of GEP100, the plextrin homology domain of IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1 isoform a
要素IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / PH domain / guanine nucleotide exchange factor / ARF1 / ARF5 / ARF6 / alpha-catenin / EGFR
機能・相同性
機能・相同性情報


dendritic spine development / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / regulation of ARF protein signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / synaptic vesicle / actin cytoskeleton organization / postsynaptic density / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding ...dendritic spine development / positive regulation of keratinocyte migration / positive regulation of focal adhesion disassembly / regulation of ARF protein signal transduction / guanyl-nucleotide exchange factor activity / synaptic vesicle / actin cytoskeleton organization / postsynaptic density / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / centrosome / nucleoplasm / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
IQ motif and SEC7 domain-containing protein, PH domain / PH domain / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / IQ motif profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) ...IQ motif and SEC7 domain-containing protein, PH domain / PH domain / Sec7 domain / Sec7, C-terminal domain superfamily / Sec7 domain superfamily / Sec7 domain / SEC7 domain profile. / Sec7 domain / IQ motif profile. / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Felletar, I. / Feller, S. / Janning, M. / Sabe, H. / Krojer, T. / Chaikuad, A. / Allerston, C. / von Delft, F. ...Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Felletar, I. / Feller, S. / Janning, M. / Sabe, H. / Krojer, T. / Chaikuad, A. / Allerston, C. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of GEP100, the plextrin homology domain of IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1 isoform a
著者: Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Felletar, I. / Feller, S. / Janning, M. / Sabe, H. / Krojer, T. / Chaikuad, A. / Allerston, C. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. ...著者: Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Felletar, I. / Feller, S. / Janning, M. / Sabe, H. / Krojer, T. / Chaikuad, A. / Allerston, C. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Knapp, S.
履歴
登録2011年2月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,4331
ポリマ－16,4331
非ポリマー00
水28816
1
A: IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1

A: IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8662
ポリマ－32,8662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area2470 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area14720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.730, 56.730, 234.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1-

HOH

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要素

#1: タンパク質 IQ motif and SEC7 domain-containing protein 1 / IQSEC1


分子量: 16432.998 Da / 分子数: 1 / 断片: PH domain, residues in UNP 643-880 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IQSEC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6DN90
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.82 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.25
詳細: 17.5%(w/v) PEG 3350, 0.20M Na nitrate, 10.0%(v/v) ethylene glycol, 0.1M Bis-Tris propane, pH 8.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0310.9763
シンクロトロンDiamond I0420.984
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2010年1月28日
ADSC QUANTUM 3152CCD2010年4月29日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97631
20.9841
反射解像度: 2.39→48.07 Å / Num. all: 9658 / Num. obs: 9658 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 72.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.39→2.52 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 1343 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC5.6.0066精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.39→48.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 16.577 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27242 487 5.1 %RANDOM
Rwork0.24228 ---
all0.24369 9587 --
obs0.24369 9587 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.584 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20.25 Å20 Å2
2--0.5 Å20 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→48.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1035 0 0 16 1051
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221056
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02736
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2881.9661427
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.77231783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8545125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.68523.92956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.60115184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.157159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2157
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211166
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02223
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.39→2.452 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.456 32 -
Rwork0.372 650 -
obs--99.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.44670.4157-0.00011.0613-0.19580.6111-0.0503-0.1914-0.0758-0.0155-0.13480.2098-0.0340.1780.18510.1397-0.04690.06730.18170.10910.272622.489128.833822.9879
20.1507-0.50480.19232.2507-0.07880.8675-0.01490.0739-0.0178-0.1571-0.06620.1375-0.17730.36770.08120.1286-0.09270.03050.25380.04490.078830.163337.170519.8883
30.07250.0647-0.35631.92920.40092.59140.0246-0.1029-0.0091-0.1218-0.03-0.06520.01120.35870.00540.1042-0.05460.04490.220.05820.090632.72133.954117.0138
42.04780.20433.32593.0018-6.766426.1334-0.3573-0.1212-0.1251-0.2364-0.4313-0.01141.1509-0.51320.78860.492-0.25960.31450.4218-0.32110.302331.551929.2678-5.4461
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A736 - 788
2X-RAY DIFFRACTION2A789 - 812
3X-RAY DIFFRACTION3A813 - 848
4X-RAY DIFFRACTION4A849 - 865

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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