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- PDB-2gle: Solution structure of neurabin SAM domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gle
タイトルSolution structure of neurabin SAM domain
要素Neurabin-1
キーワードPROTEIN BINDING / SAM domain / Scaffold / Protein protein interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


growth cone lamellipodium / regulation of synapse structural plasticity / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / positive regulation of long-term synaptic depression / postsynaptic actin cytoskeleton organization / postsynaptic actin cytoskeleton / protein phosphatase 1 binding / regulation of filopodium assembly / regulation of actin filament polymerization / cellular response to toxic substance ...growth cone lamellipodium / regulation of synapse structural plasticity / negative regulation of spontaneous neurotransmitter secretion / positive regulation of long-term synaptic depression / postsynaptic actin cytoskeleton organization / postsynaptic actin cytoskeleton / protein phosphatase 1 binding / regulation of filopodium assembly / regulation of actin filament polymerization / cellular response to toxic substance / regulation of dendritic spine morphogenesis / negative regulation of stress fiber assembly / regulation of synapse assembly / cortical actin cytoskeleton / positive regulation of dendritic spine development / dendritic spine neck / negative regulation of long-term synaptic potentiation / neuron development / excitatory postsynaptic potential / filopodium / actin filament organization / calcium-mediated signaling / modulation of chemical synaptic transmission / neuromuscular junction / positive regulation of neuron projection development / neuron projection development / actin filament binding / actin cytoskeleton / lamellipodium / GTPase binding / growth cone / transmembrane transporter binding / dendritic spine / postsynaptic density / cytoskeleton / protein domain specific binding / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / protein-containing complex binding / protein kinase binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Neurabin-1/2, PDZ domain / Neurabin-like family / PDZ domain / Transcription Factor, Ets-1 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / PDZ domain ...Neurabin-1/2, PDZ domain / Neurabin-like family / PDZ domain / Transcription Factor, Ets-1 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
データ登録者Ju, T. / Hudak, J. / Peti, W.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structural characterization of the neurabin SAM domain
著者: Ju, T. / Ragusa, M.J. / Hudak, J. / Nairn, A.C. / Peti, W.
履歴
登録2006年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurabin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3541
ポリマ－8,3541
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Neurabin-1 / Neurabin-I / Neural tissue-specific F-actin-binding protein I / Protein phosphatase 1 regulatory ...Neurabin-I / Neural tissue-specific F-actin-binding protein I / Protein phosphatase 1 regulatory subunit 9A / p180 / PP1bp175


分子量: 8353.628 Da / 分子数: 1 / 断片: SAM domain (residues 986-1056) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: O35867

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1223D 15N-separated NOESY
1332D NOESY
NMR実験の詳細Text: Cryo Probe

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12mM Neurabin SAM U-15N,13C, 20mM phosphate buffer Na, pH 6.8, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
22mM Neurabin SAM U-15N, 20mM phosphate buffer Na, pH 6.8, 90% H2O, 10%90% H2O/10% D2O
32mM Neurabin SAM, 0mM phosphate buffer Na, pH 6.8, 100 % D2O100% D2O
試料状態イオン強度: 50 mM NaCl / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin1.3Brukercollection
TopSpin1.3Bruker解析
CARA1.5Kellerデータ解析
ATNOS1.1Herrmann構造決定
CYANA2Guntert構造決定
CNS1.1Brunger精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: RECOORD scripts, CNS
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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