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万見
- PDB-2gl2: Crystal structure of the tetra mutant (T66G,R67G,F68G,Y69G) of ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gl2
タイトルCrystal structure of the tetra mutant (T66G,R67G,F68G,Y69G) of bacterial adhesin FadA
要素adhesion A
キーワードCELL ADHESION / antiparallel helix-loop-helix / FadA Gly4 mutant
機能・相同性Adhesion protein FadA / Adhesion protein FadA / Helix Hairpins - #1700 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / : / Adhesion A
機能・相同性情報
生物種Fusobacterium nucleatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Nithianantham, S. / Xu, M. / Wu, N. / Shoham, M. / Han, Y.W.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray data of the FadA adhesin from Fusobacterium nucleatum.
著者: Nithianantham, S. / Xu, M. / Wu, N. / Han, Y.W. / Shoham, M.
履歴
登録2006年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62023年11月15日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: adhesion A
B: adhesion A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6592
ポリマ－26,6592
非ポリマー00
水4,017223
1
A: adhesion A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3291
ポリマ－13,3291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: adhesion A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3291
ポリマ－13,3291
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.168, 59.168, 188.249
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 adhesion A


分子量: 13329.401 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 19-129 / 変異: T66G, R67G, F68G, Y69G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum (バクテリア)
プラスミド: pYH1378 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: GenBank: 57117488, UniProt: Q5I6B0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6
詳細: Sodium acetate, beta-octyl glucoside, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97899 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月1日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97899 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 11518 / Num. obs: 11518 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Χ2: 1.243 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible obs: 49.1 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Num. unique obs: 632 / Χ2: 1.52 / % possible all: 48.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2AVR

2avr
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.5→29.2 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.307 1182 9.2 %RANDOM
Rwork0.232 ---
all0.26 11518 --
obs0.25 11478 89.1 %-
溶媒の処理Bsol: 34.271 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 46.112 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.653 Å2-1.58 Å20 Å2
2--8.653 Å20 Å2
3----17.307 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.371 Å / Luzzati sigma a obs: 0.214 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1689 0 0 223 1912
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.889
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5091.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.422
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.5852
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.9072.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.54 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.48 22
Rwork0.406 -
obs-203
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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