PDB-2gfo: Structure of the Catalytic Domain of Human Ubiquitin Carboxyl-ter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gfo

タイトル

Structure of the Catalytic Domain of Human Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase 8

要素

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8

キーワード

HYDROLASE / Protease / Thiol protease / Ubl conjugation pathway / Deubiquitinating Enzyme / DUB / Zinc ribbon / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of lysosomal protein catabolic process / acrosomal membrane / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / protein K48-linked deubiquitination / endosome organization / K48-linked deubiquitinase activity / protein K63-linked deubiquitination / K63-linked deubiquitinase activity / positive regulation of amyloid fibril formation / mitotic cytokinesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Walker, J.R. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Newman, E.M. / Finerty Jr., P.J. / Butler-Cole, C. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Amino-terminal Dimerization, NRDP1-Rhodanese Interaction, and Inhibited Catalytic Domain Conformation of the Ubiquitin-specific Protease 8 (USP8).
著者: Avvakumov, G.V. / Walker, J.R. / Xue, S. / Finerty Jr., P.J. / Mackenzie, F. / Newman, E.M. / Dhe-Paganon, S.

履歴

登録	2006年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gfo.cif.gz	90.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gfo.ent.gz	67.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gfo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gfo_validation.pdf.gz	432.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gfo_full_validation.pdf.gz	437.8 KB	表示
XML形式データ	2gfo_validation.xml.gz	18.6 KB	表示
CIF形式データ	2gfo_validation.cif.gz	25.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/2gfo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gf/2gfo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2a9uC 2fzpC 2gwfC 1whb C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6fhp-2 4e80-4 6mev-5 6wia-d 3sq3-2 4rbm-d 7js5-d 7js7-1 3d67-1 1dym-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (2) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8

ヘテロ分子

45.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.173, 67.173, 194.458
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 8 / Ubiquitin thiolesterase 8 / Ubiquitin-specific processing protease 8 / Deubiquitinating enzyme 8 / hUBPy 分子量: 45652.930 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: USP8, KIAA0055, UBPY / プラスミド: pET28-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P40818, EC: 3.1.2.15
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 18% PEG3350; 0.1 M bis-Tris, pH 6.3, 0.2 M KSCN, 1 mM DTT., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97896 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97896 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→18.2 Å / Num. all: 33281 / Num. obs: 33281 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 20.03
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→18.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 6.948 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21023	1684	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16845	-	-	-
obs	0.17056	31452	99.31 %	-
all	-	33136	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.287 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.12 Å²	0.56 Å²	0 Å²
2-	-	1.12 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→18.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2746	0	1	191	2938

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	2810
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.498	1.944	3789
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.855	5	337
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.312	24.184	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.072	15	498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.789	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	402
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2138
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.127	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.183	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.245	3	1734
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.078	4	2698
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.711	5	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.218	7	1091

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	118	-
R_work	0.236	2279	-
obs	-	-	99.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	24.7502	-4.8687	3.9873	7.0729	-5.5014	8.3704	0.2057	0.4987	-0.9365	-0.396	-0.0937	0.6343	0.7285	-0.3733	-0.1121	0.2195	0.0062	0.0669	-0.1038	-0.0203	0.0954	10.6651	-3.1017	2.2802
2	1.7008	-0.1276	-0.0734	2.9455	0.0321	3.9002	-0.0532	-0.0593	-0.056	-0.0488	0.0526	-0.1054	0.1438	0.2011	0.0005	0.0832	0.0004	0.0415	0.037	-0.0025	0.0993	11.6052	11.0625	4.1261
3	2.5471	0.251	0.2248	2.3197	-0.6259	4.633	-0.163	0.0793	-0.2957	-0.2863	0.1285	0.2907	0.3031	-0.5207	0.0345	0.1178	-0.0256	0.0292	0.0425	0.0068	0.0787	-5.8945	8.6524	11.6145
4	2.7082	-0.8268	0.3838	1.8627	-0.7016	3.5092	-0.0954	0.1138	-0.1271	-0.0586	-0.0116	0.0671	0.191	-0.1292	0.107	0.1504	-0.0228	0.0466	0.0098	-0.0141	0.0898	3.3809	6.566	2.6265
5	2.8389	0.5188	-1.6926	0.7628	0.195	2.1101	-0.0029	0.1491	0.0871	-0.069	0.0655	0.0031	-0.1745	-0.1949	-0.0626	0.1112	0.0068	0.0168	0.0327	0.0088	0.032	-0.4709	18.0063	0.8463
6	5.4124	-14.1614	-2.6672	72.2246	15.8834	4.3131	0.0007	0.1626	-0.1931	-2.0763	-0.6588	3.6381	-0.8635	-0.9042	0.6581	0.1188	0.1712	0.0169	0.094	0.0398	0.1441	-20.7086	29.0825	13.7114
7	7.1955	2.2968	0.552	26.5811	6.7481	7.3459	-0.3754	-0.2572	0.228	0.5436	0.2513	0.6335	-0.4555	-0.622	0.1241	0.0476	0.1837	0.0796	0.0663	0.0556	0.0389	-17.2816	33.4166	19.3532
8	2.3614	1.0832	0.9747	6.0623	0.6119	2.3831	0.0488	0.084	0.027	0.2113	-0.0453	0.4344	-0.0317	-0.4127	-0.0035	0.0484	0.0378	0.0472	0.0595	0.03	0.0282	-10.3676	21.1667	14.5647
9	3.3206	-5.2665	4.9078	11.878	-8.6853	7.4842	-0.223	-0.0552	-0.0894	0.1501	0.1922	0.022	-0.1909	-0.1963	0.0308	0.1493	0.1191	0.1412	-0.0287	0.0921	0.0713	-12.1434	44.7949	7.5008
10	14.3224	-10.0433	-8.2298	13.1636	7.4513	7.9752	0.0267	0.4477	-0.1882	-0.1713	-0.0309	0.4006	-0.0274	-0.2391	0.0042	0.1312	0.0436	0.047	0.0335	0.0801	0.0232	-6.2266	29.5555	11.0313
11	6.4664	-0.7456	-1.6856	3.5455	-0.4503	2.9663	0.1279	-0.3034	0.6504	0.0485	0.1878	-0.0531	-0.7918	0.1756	-0.3156	0.1936	-0.0553	0.0787	-0.1156	-0.0248	0.1062	8.8388	38.5453	11.4078
12	25.5465	6.159	12.319	9.2222	-0.0887	7.1496	0.4208	2.7427	-0.6573	-1.111	-0.1574	-0.5778	1.6225	2.1013	-0.2634	0.408	0.33	0.3281	0.0114	0.0963	0.06	-6.5385	42.3709	-1.858
13	3.9689	-4.2438	4.7386	7.5073	-5.3309	6.4137	0.3671	0.2324	-0.0325	-0.7923	-0.2398	0.0566	0.5742	0.1782	-0.1273	0.1958	0.0783	0.1107	-0.1066	0.0208	0.0182	-12.6175	41.9923	4.9704
14	3.65	0.8872	-4.4642	1.5913	-0.7465	6.1379	0.2237	0.5438	0.3199	-0.3759	0.1243	-0.0889	-0.6816	-0.6056	-0.3479	0.1813	0.0255	0.0543	-0.0198	0.0312	0.0496	6.7303	31.4072	2.1651
15	1.9558	-1.0921	-0.4729	2.1045	-0.188	2.0993	-0.0149	-0.3976	0.2558	0.1645	0.2363	-0.1441	-0.2815	0.3042	-0.2214	0.1281	-0.0425	0.0139	-0.0529	-0.0473	0.0649	7.2544	32.8649	17.9378
16	1.843	-0.1267	-0.5604	1.9848	0.3474	2.3273	-0.0165	-0.2107	0.0362	-0.0284	0.0875	-0.2668	-0.0737	0.3554	-0.071	0.0421	-0.0182	0.0127	0.0613	-0.0188	0.0995	15.0224	19.6753	11.6985

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	762 - 770	48 - 56
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	771 - 795	57 - 81
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	796 - 822	82 - 108
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	823 - 860	109 - 146
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	861 - 885	147 - 171
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	886 - 900	172 - 186
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	901 - 913	187 - 199
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	914 - 929	200 - 215
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	930 - 945	216 - 231
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	946 - 951	232 - 237
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	952 - 973	238 - 259
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	974 - 983	260 - 269
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	984 - 1002	270 - 288
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	1003 - 1021	289 - 307
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	1022 - 1048	308 - 334
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	1049 - 1109	335 - 395

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