PDB-2gek: Crystal Structure of phosphatidylinositol mannosyltransferase (Pi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gek

タイトル

Crystal Structure of phosphatidylinositol mannosyltransferase (PimA) from Mycobacterium smegmatis in complex with GDP

要素

PHOSPHATIDYLINOSITOL MANNOSYLTRANSFERASE (PimA)

キーワード

TRANSFERASE / GT4 GLYCOSYLTRANSFERASE / MANNOSYLTRANSFERASE / ROSSMANN FOLD / BINARY COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

GDP-Man:Man(3)GlcNAc(2)-PP-Dol alpha-1,2-mannosyltransferase activity / phosphatidyl-myo-inositol alpha-mannosyltransferase / phosphatidylinositol alpha-mannosyltransferase activity / glycolipid biosynthetic process / phosphatidylinositol metabolic process / phospholipid biosynthetic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Guerin, M.E. / Buschiazzo, A. / Kordulakova, J. / Jackson, M. / Alzari, P.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Molecular recognition and interfacial catalysis by the essential phosphatidylinositol mannosyltransferase PimA from mycobacteria.
著者: Guerin, M.E. / Kordulakova, J. / Schaeffer, F. / Svetlikova, Z. / Buschiazzo, A. / Giganti, D. / Gicquel, B. / Mikusova, K. / Jackson, M. / Alzari, P.M.

履歴

登録	2006年3月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE NO SUITABLE SEQUENCE DATABSE REFERENCE WAS AVAILABLE AT THE TIME OF PROCESSING THIS FILE.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

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類似構造データ	2gej-d 3zho-d 6zot-d 6ylr-d 3h5l-2 2fa1-d 1wwz-d 3jz3-d 2ocx-d 6ha0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PHOSPHATIDYLINOSITOL MANNOSYLTRANSFERASE (PimA)

ヘテロ分子

43.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.176, 72.425, 138.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PHOSPHATIDYLINOSITOL MANNOSYLTRANSFERASE (PimA) 分子量: 43440.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア) 株: MC2 155 / 遺伝子: PIMA / プラスミド: PET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: A0QWG6
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10 MG/ML PIMA, 1 mM GDP, 10-18% PEG 8000, 200 mM CALCIUM ACETATE, 50 mM HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3		1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ESRF	ID14-1	1	0.934
シンクロトロン	SLS	X06SA	2	0.979106, 0.979261, 0.97181

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2004年6月13日
MARRESEARCH	2	CCD	2005年7月31日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	DIAMOND (111), GE (220)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	LN2 COOLED FIXED-EXIT Si(111)	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.934	1
2	0.979106	1
3	0.979261	1
4	0.97181	1

Reflection

% possible obs: 100

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	R_sym value	D res high (Å)	D res low (Å)	Num. obs
14.2	1	5.3	78479	0.115	0.115	3.4	72.932	5527
6.6	2	7.3	52690	0.08	0.08	3	72.169	8000
6.5	3	7.4	52298	0.084	0.084	3	72.169	8023

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
10.75	73.02	222	99.8	1	0.064	0.064	11.2
7.6	10.75	345	100	1	0.063	0.063	13.2
6.21	7.6	422	100	1	0.094	0.094	13.7
5.38	6.21	500	100	1	0.118	0.118	14.1
4.81	5.38	565	100	1	0.108	0.108	14.3
4.39	4.81	623	100	1	0.107	0.107	14.4
4.06	4.39	639	100	1	0.116	0.116	14.6
3.8	4.06	700	100	1	0.143	0.143	14.6
3.58	3.8	745	100	1	0.181	0.181	14.6
3.4	3.58	766	100	1	0.238	0.238	14.6
9.49	72.17	307	99.2	2	0.035	0.035	5.4
6.71	9.49	500	99.9	2	0.042	0.042	6.2
5.48	6.71	619	100	2	0.083	0.083	6.4
4.74	5.48	716	100	2	0.072	0.072	6.5
4.24	4.74	794	100	2	0.068	0.068	6.6
3.87	4.24	903	100	2	0.074	0.074	6.6
3.59	3.87	945	100	2	0.095	0.095	6.7
3.35	3.59	1005	100	2	0.126	0.126	6.8
3.16	3.35	1078	100	2	0.176	0.176	6.8
3	3.16	1133	100	2	0.256	0.256	6.7
9.49	72.17	310	99.8	3	0.033	0.033	5.3
6.71	9.49	503	100	3	0.04	0.04	6.1
5.48	6.71	619	100	3	0.082	0.082	6.4
4.74	5.48	718	100	3	0.072	0.072	6.5
4.24	4.74	796	100	3	0.065	0.065	6.6
3.87	4.24	904	100	3	0.074	0.074	6.6
3.59	3.87	946	100	3	0.102	0.102	6.7
3.35	3.59	1011	100	3	0.146	0.146	6.7
3.16	3.35	1083	100	3	0.222	0.222	6.6
3	3.16	1133	100	3	0.34	0.34	6.6

反射

解像度: 2.4→37.165 Å / Num. all: 15229 / Num. obs: 15229 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.058 / R_sym value: 0.058 / Net I/σ(I): 9

反射シェル

解像度: 2.4→2.53 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. measured all: 7327 / Num. unique obs: 2175 / R_sym value: 0.313 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 3.5 Å / D res low: 69.96 Å / FOM acentric: 0.727 / FOM centric: 0.603 / Reflection acentric: 4015 / Reflection centric: 1053

Phasing MAD set

ID	最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	3.5	69.96	0	0	4015	1053
ISO_2	3.5	69.96	1.298	1.05	4015	1042
ISO_3	3.5	69.96	1.86	1.386	4015	1036
ANO_1	3.5	69.96	2.092	0	4015	0
ANO_2	3.5	69.96	0.978	0	4014	0
ANO_3	3.5	69.96	0.84	0	4013	0

Phasing MAD set shell

ID	解像度 (Å)	Power acentric	Power centric	Reflection acentric	Reflection centric
ISO_1	12.43-69.96	0	0	59	73
ISO_1	8.86-12.43	0	0	136	71
ISO_1	7.26-8.86	0	0	188	80
ISO_1	6.29-7.26	0	0	230	79
ISO_1	5.63-6.29	0	0	273	87
ISO_1	5.14-5.63	0	0	295	87
ISO_1	4.76-5.14	0	0	326	81
ISO_1	4.46-4.76	0	0	351	84
ISO_1	4.2-4.46	0	0	387	71
ISO_1	3.99-4.2	0	0	410	86
ISO_1	3.8-3.99	0	0	425	84
ISO_1	3.64-3.8	0	0	459	85
ISO_1	3.5-3.64	0	0	476	85
ANO_1	12.43-69.96	5.038	0	59	0
ANO_1	8.86-12.43	3.978	0	136	0
ANO_1	7.26-8.86	4.137	0	188	0
ANO_1	6.29-7.26	3.934	0	230	0
ANO_1	5.63-6.29	3.234	0	273	0
ANO_1	5.14-5.63	2.683	0	295	0
ANO_1	4.76-5.14	2.352	0	326	0
ANO_1	4.46-4.76	2.039	0	351	0
ANO_1	4.2-4.46	1.774	0	387	0
ANO_1	3.99-4.2	1.479	0	410	0
ANO_1	3.8-3.99	1.349	0	425	0
ANO_1	3.64-3.8	1.124	0	459	0
ANO_1	3.5-3.64	0.982	0	476	0
ISO_2	12.43-69.96	3.14	1.981	59	71
ISO_2	8.86-12.43	2.081	1.722	136	71
ISO_2	7.26-8.86	2.299	1.606	188	80
ISO_2	6.29-7.26	2.509	1.813	230	79
ISO_2	5.63-6.29	2.07	1	273	84
ISO_2	5.14-5.63	1.674	1.138	295	86
ISO_2	4.76-5.14	1.356	0.923	326	81
ISO_2	4.46-4.76	1.18	0.908	351	84
ISO_2	4.2-4.46	0.989	0.681	387	71
ISO_2	3.99-4.2	0.95	0.52	410	86
ISO_2	3.8-3.99	0.781	0.501	425	83
ISO_2	3.64-3.8	0.753	0.465	459	83
ISO_2	3.5-3.64	0.702	0.442	476	83
ANO_2	12.43-69.96	2.757	0	59	0
ANO_2	8.86-12.43	1.824	0	136	0
ANO_2	7.26-8.86	2.301	0	188	0
ANO_2	6.29-7.26	1.763	0	230	0
ANO_2	5.63-6.29	1.3	0	273	0
ANO_2	5.14-5.63	1.202	0	295	0
ANO_2	4.76-5.14	0.962	0	326	0
ANO_2	4.46-4.76	0.915	0	350	0
ANO_2	4.2-4.46	0.805	0	387	0
ANO_2	3.99-4.2	0.682	0	410	0
ANO_2	3.8-3.99	0.684	0	425	0
ANO_2	3.64-3.8	0.536	0	459	0
ANO_2	3.5-3.64	0.488	0	476	0
ISO_3	12.43-69.96	4.665	3.37	59	73
ISO_3	8.86-12.43	3.299	2.748	136	71
ISO_3	7.26-8.86	3.698	2.212	188	80
ISO_3	6.29-7.26	3.587	2.036	230	77
ISO_3	5.63-6.29	2.97	1.379	273	84
ISO_3	5.14-5.63	2.599	1.221	295	84
ISO_3	4.76-5.14	2.099	1.147	326	81
ISO_3	4.46-4.76	1.846	1.117	351	81
ISO_3	4.2-4.46	1.607	0.98	387	71
ISO_3	3.99-4.2	1.379	0.787	410	85
ISO_3	3.8-3.99	1.164	0.715	425	83
ISO_3	3.64-3.8	0.948	0.51	459	82
ISO_3	3.5-3.64	0.873	0.566	476	84
ANO_3	12.43-69.96	1.421	0	59	0
ANO_3	8.86-12.43	1.371	0	136	0
ANO_3	7.26-8.86	1.503	0	188	0
ANO_3	6.29-7.26	1.395	0	230	0
ANO_3	5.63-6.29	1.199	0	273	0
ANO_3	5.14-5.63	0.972	0	295	0
ANO_3	4.76-5.14	0.924	0	326	0
ANO_3	4.46-4.76	0.799	0	351	0
ANO_3	4.2-4.46	0.862	0	387	0
ANO_3	3.99-4.2	0.644	0	410	0
ANO_3	3.8-3.99	0.578	0	424	0
ANO_3	3.64-3.8	0.44	0	459	0
ANO_3	3.5-3.64	0.407	0	475	0

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	1.542	43.222	12.241	SE	37.51	1.36
2	-4.077	46.418	44.688	SE	86.81	1.46
3	7.183	32.694	33.097	SE	61.22	1.01
4	5.662	36.769	3.537	SE	107.74	1.53
5	-1.461	36.551	45.389	SE	116.71	1.32
6	7.408	42.994	35.091	SE	0	1.68
7	7.723	35.661	6.759	SE	60.31	0.85
8	21.073	40.229	10.654	SE	48.12	0.67
9	6.926	58.135	55.191	SE	181.25	1.41

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM acentric	FOM centric	Reflection acentric	Reflection centric
12.43-69.96	0.923	0.832	59	73
8.86-12.43	0.897	0.781	136	71
7.26-8.86	0.917	0.766	188	80
6.29-7.26	0.914	0.814	230	79
5.63-6.29	0.893	0.658	273	87
5.14-5.63	0.852	0.641	295	87
4.76-5.14	0.803	0.579	326	81
4.46-4.76	0.789	0.606	351	84
4.2-4.46	0.743	0.633	387	71
3.99-4.2	0.685	0.466	410	86
3.8-3.99	0.603	0.44	425	84
3.64-3.8	0.568	0.346	459	85
3.5-3.64	0.505	0.369	476	85

Phasing MR

R_factor: 0.397 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.582 / Cor.coef. Io to Ic: 0.536

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4 Å	15 Å
Translation	4 Å	15 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
AMoRE		位相決定
SHARP		位相決定
SOLOMON		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.4→29.827 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.908 / SU B: 18.435 / SU ML: 0.213 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.437 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.259	1090	7.2 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
all	0.196	15202	-	-
obs	0.196	15202	99.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.819 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.21 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.827 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2656	0	28	49	2733

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2739
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.857	1.974	3736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.694	5	359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.634	22.897	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.446	15	404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.226	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	432
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2078
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	1165
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	1810
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	106
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.241	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.153	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.863	1.5	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.279	2	2841
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.263	3	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.426	4.5	895

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.41	68	-
R_work	0.235	1040	-
obs	-	1108	99.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5829	-1.5446	0.8505	4.6285	-0.684	3.8028	-0.0057	0.1579	-0.1862	-0.0287	0.0985	0.0543	-0.0228	0.0133	-0.0929	-0.3619	-0.0085	-0.0286	-0.1529	-0.0048	-0.2163	-5.048	40.022	11.575
2	3.6694	-0.4879	0.1392	3.4664	0.8713	7.8955	-0.1633	-0.3124	0.1465	1.0339	0.1551	-0.2415	-0.1376	0.1716	0.0082	0.2089	0.051	-0.2365	-0.2013	-0.0148	-0.1193	3.739	40.589	40.362

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1 - 169	21 - 189
2	1	349 - 371	369 - 391
3	2	170 - 348	190 - 368

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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