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万見
- PDB-2gbs: NMR structure of Rpa0253 from Rhodopseudomonas palustris. Northea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gbs
タイトルNMR structure of Rpa0253 from Rhodopseudomonas palustris. Northeast structural genomics consortium target RpR3
要素Hypothetical protein Rpa0253
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / alpha-beta / RpR3 / NESG / Rpa0253 / COG2947 / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性EVE domain / EVE domain / ph1033 like fold / ph1033 like domains / PUA-like superfamily / Roll / Alpha Beta / DUF589
機能・相同性情報
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, torsion angle dynamics, cns water refinement
データ登録者Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Conover, K. / Chen, Y. / Ma, L.C. / Ciano, M. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Structural genomics reveals EVE as a new ASCH/PUA-related domain.
著者: Bertonati, C. / Punta, M. / Fischer, M. / Yachdav, G. / Forouhar, F. / Zhou, W. / Kuzin, A.P. / Seetharaman, J. / Abashidze, M. / Ramelot, T.A. / Kennedy, M.A. / Cort, J.R. / Belachew, A. / ...著者: Bertonati, C. / Punta, M. / Fischer, M. / Yachdav, G. / Forouhar, F. / Zhou, W. / Kuzin, A.P. / Seetharaman, J. / Abashidze, M. / Ramelot, T.A. / Kennedy, M.A. / Cort, J.R. / Belachew, A. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Montelione, G.T. / Rost, B.
履歴
登録2006年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical protein Rpa0253


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2851
ポリマ－16,2851
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical protein Rpa0253


分子量: 16284.735 Da / 分子数: 1 / 変異: M1V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: CGA009 / 遺伝子: rpa0253 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-Gold+pMGK / 参照: UniProt: Q6ND56

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-separated NOESY
1213D 15N-separated NOESY
1314D 13C-separated NOESY
141HNHA

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試料調製

詳細内容: 1 mM Rpa0253, U-15N, 13C; 20mM MES, 100mM NaCl, 5mM CaCl2, 10 mM DTT, 0.02% NaN3; 95% H2O, 5% D2O, pH 6.5
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 100mM NaCL / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3.1T.D. Goddard and D.G. Knellerデータ解析
NMRPipeLinux9F. Delaglio, A. Bax解析
AutoStructure2.1.1Y.J. Huang, G.T. Montelioneデータ解析
X-PLORxplor-nih-2.10C.D. Schwieters, J.J. Kuszewski, N. Tjandra, G.M. Clore構造決定
CNS1.1A. Brunger, G.L. Warren精密化
VNMR6.1cVariancollection
精密化手法: distance geometry, simulated annealing, torsion angle dynamics, cns water refinement
ソフトェア番号: 1
詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 1690 RESTRAINTS. 1512 are NOE-DERIVED; SEQUENTIAL [(I-J)=1] = 201; MEDIUM RANGE [10.1 ANG = 0; AVERAGE RMS DISTANCE VIOLATION / CONSTRAINT = 0.001 ANG.; ...詳細: THE STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 1690 RESTRAINTS. 1512 are NOE-DERIVED; SEQUENTIAL [(I-J)=1] = 201; MEDIUM RANGE [1<(I-J)<5] = 411; LONG RANGE [(I-J)>=5] = 900; HYDROGEN BOND RESTRAINTS = 80 (2 PER H-BOND); NUMBER OF NOE RESTRAINTS PER RESIDUE = 11.0 (RESIDES 2-138); DIHEDRAL-ANGLE RESTRAINTS = 178 (89 PHI, 89 PSI); TOTAL NUMBER OF RESTRAINTS PER RESIDUE = 12.2 (RESIDES 1-138); NUMBER OF LONG RANGE RESTRAINTS PER RESIDUE = 6.5; NUMBER OF STRUCTURES COMPUTED = 20; NUMBER OF STRUCTURES USED = 20. AVERAGE DISTANCE VIOLATIONS >0.1 ANG = 0; AVERAGE RMS DISTANCE VIOLATION / CONSTRAINT = 0.001 ANG.; MAXIMUM DISTANCE VIOLATION 0.038. AVERAGE DIHEDRAL ANGLE VIOLATIONS: >1 DEG = 0; MAX DIHEDRAL ANGLE VIOLATION = 0.73; AVERAGE RMS ANGLE VIOLATION / CONSTRAINT = 0.03 DEG. RMSD VALUES: BACKBONE ATOMS (N,C,C', RESIDUES 2-136) = 0.57 ANG; ALL HEAVY ATOMS = 0.93 ANG; PROCHECK (RESIDUES 2-136): MOST FAVORED REGIONS = 90%; ADDITIONAL ALLOWED REGIONS = 9%; GENEROUSLY ALLOWED REGIONS = 0%; DISALLOWED REGIONS = 1%. THE 8 RESIDUE C-TERMINAL HIS TAG (LEHHHHHH) WAS INCLUDED IN THE STRUCTURE CALCULATION.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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