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- PDB-5n1u: Structure of xEco2 acetyltransferase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n1u
タイトルStructure of xEco2 acetyltransferase domain
要素XEco2
キーワードCELL CYCLE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-lysine-acetyltransferase activity / mitotic sister chromatid cohesion / chromatin / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
N-acetyltransferase ESCO, zinc-finger / N-acetyltransferase ESCO, acetyl-transferase domain / zinc-finger of acetyl-transferase ESCO / ESCO1/2 acetyl-transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / XEco2
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.976 Å
データ登録者Chao, W.C.H. / Wade, B.O. / Singleton, M.R.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Cancer Research UKFC001155 英国
Wellcome TrustFC001155 英国
Medical Research Council (United Kingdom)FC001155 英国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of Eco1-Mediated Cohesin Acetylation.
著者: Chao, W.C. / Wade, B.O. / Bouchoux, C. / Jones, A.W. / Purkiss, A.G. / Federico, S. / O'Reilly, N. / Snijders, A.P. / Uhlmann, F. / Singleton, M.R.
履歴
登録2017年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: XEco2
B: XEco2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2474
ポリマ－41,7122
非ポリマー1,5352
水00
1
A: XEco2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6242
ポリマ－20,8561
非ポリマー7681
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: XEco2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6242
ポリマ－20,8561
非ポリマー7681
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.475, 66.287, 109.763
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain C and ((resid 524 and (name N or name...
21(chain D and ((resid 524 and (name N or name...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain C and ((resid 524 and (name N or name...C524
121(chain C and ((resid 524 and (name N or name...C201 - 202
131(chain C and ((resid 524 and (name N or name...C201 - 202
141(chain C and ((resid 524 and (name N or name...C201 - 202
151(chain C and ((resid 524 and (name N or name...C201 - 202
211(chain D and ((resid 524 and (name N or name...D524
221(chain D and ((resid 524 and (name N or name...D0
231(chain D and ((resid 524 and (name N or name...D0
241(chain D and ((resid 524 and (name N or name...D0
251(chain D and ((resid 524 and (name N or name...D0

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要素

#1: タンパク質 XEco2


分子量: 20856.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: xeco2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8QZK6
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M imidazole pH 7 and 0.864 M ammonium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.976→28.834 Å / Num. obs: 9148 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.2968 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.98→3.08 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 1.16 / Mean I/σ(I) obs: 1.52 / Num. measured obs: 860

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
xia2データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MXE

4mxe


解像度: 2.976→28.834 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2676 908 9.99 %
Rwork0.2234 --
obs0.2279 9090 98.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 293.9 Å2 / Biso mean: 72.81 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.976→28.834 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2629 0 160 0 2789
Biso mean--66.25 --
残基数----340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032788
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6883794
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046426
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004465
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0911692
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1629X-RAY DIFFRACTION11.018TORSIONAL
12B1629X-RAY DIFFRACTION11.018TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.976-3.16220.34281400.33141279141995
3.1622-3.4060.34941500.293713441494100
3.406-3.74810.31811500.27041352150299
3.7481-4.2890.27791510.200413621513100
4.289-5.39780.20891550.182913871542100
5.3978-28.83530.25281620.21331458162099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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