PDB-2g8r: The crystal structure of the RNase A- 3-N-piperidine-4-carboxyl-3...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g8r

タイトル

The crystal structure of the RNase A- 3-N-piperidine-4-carboxyl-3-deoxy-ara-uridine complex

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / RIBONUCLEASE / ENDONUCLEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Leonidas, D.D. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2006
タイトル: The binding of 3'-N-piperidine-4-carboxyl-3'-deoxy-ara-uridine to ribonuclease A in the crystal.
著者: Leonidas, D.D. / Maiti, T.K. / Samanta, A. / Dasgupta, S. / Pathak, T. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G.

履歴

登録	2006年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g8r.cif.gz	69.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g8r.ent.gz	52.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g8r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2g8r_validation.pdf.gz	487.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2g8r_full_validation.pdf.gz	491.4 KB	表示
XML形式データ	2g8r_validation.xml.gz	6.9 KB	表示
CIF形式データ	2g8r_validation.cif.gz	11.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/2g8r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/2g8r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2g8qSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3d6o-1 5old-2 6qmn-3 2xoi-1 1lsq-2 5jmg-1 3d7b-1 3rat-d 6xhc-2 6xhe-2 1a5q-d 3d8z-1 1o0f-1 1o0h-1 1rhb-d 1rtb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

28.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
14.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease pancreatic

登録者が定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.174, 32.530, 72.512
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.46, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

The biologically significant assembly is a monomer

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物	ChemComp-N3E / 1-[3-(4-CARBOXYPIPERIDIN-1-YL)-3-DEOXY-BETA-D-ARABINOFURANOSYL]PYRIMIDINE-2,4(1H,3H)-DIONE / 3-N-PIPERIDINE-4-CARBOXYL-3-DEOXY-ARA-URIDINE 分子量: 355.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₁N₃O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.89 %
結晶化	温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 20mM SODIUM CITRATE BUFFER AND 20% PEG 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8068 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月2日
放射	モノクロメーター: Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8068 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 24227 / Num. obs: 24227 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 19.5 % / B_iso Wilson estimate: 23.58 Å² / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 4.5
反射シェル	解像度: 1.7→1.75 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 1442 / R_sym value: 0.45 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2G8Q

2g8q

解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 4.483 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23035	1304	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19057	-	-	-
all	0.19266	24225	-	-
obs	0.19266	24225	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.984 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.19 Å²	0 Å²	-0.22 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.19 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.241 Å / Luzzati sigma a obs: 0.257 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1913	0	50	262	2225

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	2008
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.301	1.953	2723
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.297	5	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.712	25.222	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.194	15	339
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.518	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1510
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	975
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.171	0.2	76
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.149	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.604	1.5	1272
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.955	2	2015
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.539	3	819
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.401	4.5	708

LS精密化シェル

解像度: 1.702→1.746 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	75	-
R_work	0.286	1442	-
obs	-	1442	98.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6144	0.3099	0.2391	4.9463	0.7892	8.5475	0.3321	-0.2165	-0.2632	0.1255	-0.0666	-0.3691	0.6995	-0.0896	-0.2655	0.0662	-0.0342	-0.0732	0.0043	0.0543	0.0101	30.3441	-8.2522	27.3282
2	26.1894	31.3225	18.5605	77.473	0.0137	25.4543	-2.3931	-0.3249	-0.1934	-3.3589	0.7295	-1.6919	-0.5092	-0.0296	1.6636	0.1084	0.0743	0.0113	0.141	0.0207	0.103	24.521	5.7057	38.1208
3	7.4673	-0.6921	1.6751	6.5162	2.2971	5.8105	0.4344	-0.6102	-0.3036	0.5626	-0.0113	-0.704	0.5259	-0.0982	-0.4231	0.0933	-0.0486	-0.1383	0.0281	0.0488	-0.0269	36.6303	-2.6917	36.8413
4	2.1015	0.1138	1.8344	1.7373	-0.1488	3.8045	0.0773	-0.2127	-0.0285	0.1524	0.0415	-0.0683	0.1053	-0.2554	-0.1188	0.0039	-0.0042	0.0057	0.0537	0.0175	0.0079	26.4686	-0.3756	24.0339
5	5.1416	0.2906	-0.3547	1.9494	-0.1009	2.2908	-0.0726	0.1786	-0.0952	-0.126	0.0189	-0.2108	0.0352	-0.1429	0.0536	0.0191	0.0012	0.0144	-0.0049	0.0156	0.0316	30.2346	1.8864	11.6927
6	12.0992	-1.9177	6.5946	1.459	-1.0644	6.9798	-0.3394	-0.3636	0.2103	0.3868	0.2139	-0.3965	-0.5264	0.1474	0.1255	0.0248	-0.0011	-0.0598	-0.0019	-0.0576	0.0103	37.2958	4.8294	33.8032
7	2.2119	-0.7034	2.5758	0.5314	-0.2459	7.2631	-0.0902	-0.4015	0.2642	0.186	0.0344	-0.2235	-0.6839	-0.526	0.0558	0.0365	0.0277	-0.0105	-0.0025	-0.03	-0.0256	29.9579	8.0741	29.1278
8	3.3649	1.6811	0.261	5.6268	1.938	3.192	0.0593	-0.0878	-0.0972	0.0307	-0.0278	-0.082	0.0782	-0.2185	-0.0315	0.0251	-0.0035	-0.0031	-0.0029	0.0219	0.0306	29.5231	-3.9418	17.1096
9	4.1171	-0.2457	-0.031	1.5264	0.3231	7.5036	-0.1659	-0.2896	0.245	-0.0118	0.2884	-0.0308	-0.3227	0.2573	-0.1225	0.0053	0.0065	-0.0027	0.0232	-0.0262	0.0255	16.3881	5.6695	5.7969
10	72.466	11.1529	-23.3096	11.9246	-9.9494	11.4627	0.7862	-1.2721	-4.1817	1.2902	-1.3672	-0.0736	0.1415	1.0622	0.581	0.1939	-0.0109	-0.0291	0.1178	0.1037	0.0852	11.9294	-10.1961	13.5038
11	8.5487	0.2033	-0.0039	13.8256	2.862	0.5927	-0.1069	-0.8501	-0.4709	1.0636	-0.0296	-0.0319	0.2959	0.3626	0.1364	0.0992	0.0769	0.0334	0.0955	0.0951	-0.0956	8.268	-2.4957	17.4846
12	19.0399	-7.0454	-8.2992	8.3534	5.5388	6.0001	0.0214	-0.5336	1.1239	0.3982	-0.0864	-0.0922	-0.2369	0.1565	0.0649	-0.0005	-0.004	-0.0409	0.0531	-0.0484	-0.0167	10.0815	7.8423	16.1626
13	1.6226	-0.3721	-0.8383	1.2878	1.1975	1.6355	-0.0517	-0.1447	-0.0927	0.1556	0.0296	-0.0304	0.1131	0.0338	0.0221	0.0089	0.0157	-0.0088	-0.0115	0.0122	0.0585	12.9958	-2.5518	2.2525
14	7.7185	-4.7696	-1.2242	10.4342	1.8256	3.621	0.0144	0.2262	0.3735	-0.052	-0.1637	0.0933	-0.1154	-0.0905	0.1493	0.0014	0.0167	-0.0276	0.0159	0.0402	0.0935	6.6382	4.5465	-10.69
15	1.0024	-0.2645	0.042	1.0373	0.685	0.6883	-0.1213	-0.0757	-0.1433	0.1524	-0.0399	0.0557	0.1696	-0.0972	0.1612	0.0255	0.0082	0.0258	-0.0187	0.0136	0.0589	6.0099	-3.4794	2.0285
16	1.8	0.0519	-0.8801	0.5103	-0.079	2.0355	0.0013	-0.2057	0.001	0.1856	-0.0355	0.0644	0.0138	-0.0828	0.0341	0.0434	0.0045	0.0148	0.0129	0.0028	0.0676	8.0899	0.9618	4.1402

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 16	1 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	17 - 23	17 - 23
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	24 - 39	24 - 39
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	40 - 61	40 - 61
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	62 - 76	62 - 76
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	77 - 95	77 - 95
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	96 - 107	96 - 107
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	108 - 124	108 - 124
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	1 - 14	1 - 14
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	15 - 23	15 - 23
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	24 - 30	24 - 30
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	31 - 39	31 - 39
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	40 - 60	40 - 60
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	61 - 70	61 - 70
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	B	71 - 89	71 - 89
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	B	90 - 124	90 - 124

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)