PDB-2g8q: The crystal structure of RNase A from monoclinic crystals at 100 K

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g8q

タイトル

The crystal structure of RNase A from monoclinic crystals at 100 K

要素

Ribonuclease pancreatic

キーワード

HYDROLASE / RIBONUCLEASE / ENDONUCLEASE

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Leonidas, D.D. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2006
タイトル: The binding of 3'-N-piperidine-4-carboxyl-3'-deoxy-ara-uridine to ribonuclease A in the crystal.
著者: Leonidas, D.D. / Maiti, T.K. / Samanta, A. / Dasgupta, S. / Pathak, T. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G.

履歴

登録	2006年3月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g8q.cif.gz	69.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g8q.ent.gz	52.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g8q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2g8q_validation.pdf.gz	435.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2g8q_full_validation.pdf.gz	438.7 KB	表示
XML形式データ	2g8q_validation.xml.gz	15.4 KB	表示
CIF形式データ	2g8q_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/2g8q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/2g8q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2g8rC 1afuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1o0n-1 3d8z-1 3d6o-1 2xoi-1 1ymr-d 6qmn-3 5n2l-3 4j5z-d 6etm-d 1dza-1 5old-2 4g8v-1 6qe9-1 5obd-2 1o0h-1 3d7b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: Ribonuclease pancreatic

B: Ribonuclease pancreatic

27.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonuclease pancreatic

登録者が定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ribonuclease pancreatic

登録者が定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.983, 32.551, 72.355
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.48, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-174- HOH

詳細

The biologically significantly molecule is a monomer.

#1: タンパク質	Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A 分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.7 %
結晶化	温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 20 MM SODIUM CITRATE BUFFER AND 20 % PEG 4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8068 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月2日
放射	モノクロメーター: Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8068 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 37534 / Num. obs: 37534 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 16.14 Å² / R_sym value: 0.029 / Net I/σ(I): 3.7
反射シェル	解像度: 1.5→1.54 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 2606 / R_sym value: 0.13 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: pdb entry 1AFU

1afu

解像度: 1.5→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 2.187 / SU ML: 0.044 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.085 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2184	1878	5 %	RANDOM
R_work	0.18511	-	-	-
all	0.18671	35654	-	-
obs	0.18671	35654	99.32 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.807 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.17 Å²	0 Å²	0.02 Å²
2-	-	0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.46 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.202 Å / Luzzati sigma a obs: 0.193 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1902	0	0	373	2275

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.021	1953
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.188	1.924	2644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.823	5	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.185	25.333	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.014	15	340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	8.577	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	293
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1474
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.188	0.2	965
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	299
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.178	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.123	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.64	1.5	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.065	2	2017
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.624	3	753
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.568	4.5	627

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.223	144	-
R_work	0.2	2606	-
obs	-	2606	99.71 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5009	0.1021	0.0608	3.4453	1.7698	4.8638	0.1359	0.1223	0.1232	-0.1892	-0.0048	-0.1686	-0.4114	-0.0588	-0.1311	0.069	0.0095	0.042	0.0224	0.0381	-0.0133	30.2281	8.7324	9.0486
2	0.6888	-1.9693	1.1093	23.557	3.1591	4.0225	-0.5411	-0.1109	-0.4364	1.5974	0.016	1.7132	1.0111	-0.5007	0.5251	0.0821	-0.0049	0.055	0.0729	-0.0456	0.0415	24.8384	-5.3717	-1.6055
3	3.4426	-1.3131	-2.1768	1.5722	0.9288	2.7228	0.2046	0.2038	0.1579	-0.2744	0.0426	-0.2249	-0.2563	-0.0202	-0.2472	0.035	-0.011	0.0301	0.0472	0.0115	-0.0166	32.3836	2.071	4.2962
4	3.7307	-0.0199	0.6096	1.5972	-0.7075	2.4661	-0.032	-0.005	-0.0421	0.0675	0.0672	-0.1109	-0.0359	-0.2115	-0.0352	0.0117	0.0048	0.0018	0.0206	0.0078	0.0146	28.1081	-1.3173	23.8126
5	5.6156	0.3368	-3.1417	1.341	-0.107	3.2963	-0.0604	0.0373	-0.1359	-0.2079	0.1058	-0.3906	0.2252	0.1737	-0.0453	0.0112	-0.0129	0.0363	0.0271	-0.0517	0.0216	37.8775	-5.0819	1.7623
6	1.7528	0.5092	0.2117	2.2698	0.4132	2.1025	-0.0059	0.1257	-0.0237	-0.058	0.0695	-0.0824	0.0424	-0.2038	-0.0636	0.0222	-0.0031	0.0077	0.039	0.0149	0.014	28.2057	0.5298	16.9756
7	4.4956	0.3371	0.9581	2.2821	1.2155	5.6785	-0.0976	0.4009	0.1672	-0.1171	0.175	-0.0344	-0.2518	0.0192	-0.0774	0.0207	-0.0183	0.0112	0.0626	0.017	0.0177	15.714	-1.8113	29.1746
8	6.8722	-4.7886	3.2599	12.2512	0.4604	2.3836	0.2838	1.0278	0.5714	-1.0941	-0.497	-0.0032	-0.2857	0.6997	0.2132	0.0969	0.0084	-0.0135	0.1834	0.1264	-0.1202	8.2865	3.3857	18.104
9	4.1261	0.2634	0.6916	1.6861	0.7253	1.7767	0.0086	0.5384	-0.2273	-0.2221	-0.0819	0.0742	0.0091	0.0544	0.0733	0.0156	0.0103	0.005	0.0652	0.0056	-0.0081	9.0242	-2.8911	24.8504
10	3.2389	0.758	-0.7754	2.36	-0.249	1.2898	-0.0666	-0.1007	-0.0856	0.0322	0.0877	-0.0117	0.087	-0.0458	-0.021	0.0173	-0.0058	-0.0168	0.0056	0.0044	0.0427	11.6566	0.0334	44.1664
11	2.2076	0.7809	1.461	1.0991	1.2325	3.0486	-0.1456	0.4407	0.0605	-0.2697	0.0037	0.1023	-0.1105	0.0671	0.1418	0.0314	0.0046	-0.0353	0.0233	0.0084	0.0021	2.8374	2.0948	24.9972
12	2.8762	-0.7665	0.4006	1.7089	-0.2394	1.9625	-0.0841	0.0624	-0.0164	-0.1105	0.0402	0.1216	-0.0114	-0.0295	0.0439	0.0395	-0.0192	-0.0137	0.0042	0.0062	0.0314	11.5586	-0.419	39.6874

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 16	1 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	17 - 23	17 - 23
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	24 - 56	24 - 56
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	57 - 77	57 - 77
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	78 - 100	78 - 100
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	101 - 124	101 - 124
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	1 - 20	1 - 20
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	21 - 31	21 - 31
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	32 - 50	32 - 50
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	51 - 74	51 - 74
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	75 - 102	75 - 102
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	103 - 124	103 - 124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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