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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2g8n | ||||||
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タイトル | Structure of hPNMT with inhibitor 3-Hydroxymethyl-7-(N-4-chlorophenylaminosulfonyl)-THIQ and AdoHcy | ||||||
![]() | Phenylethanolamine N-methyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | ![]() phenylethanolamine N-methyltransferase / phenylethanolamine N-methyltransferase activity / epinephrine biosynthetic process / Catecholamine biosynthesis / catecholamine biosynthetic process / methylation / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Drinkwater, N. / Gee, C.L. / Martin, J.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Comparison of the Binding of 3-Fluoromethyl-7-sulfonyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolines with Their Isosteric Sulfonamides to the Active Site of Phenylethanolamine N-Methyltransferase 著者: Grunewald, G.L. / Seim, M.R. / Regier, R.C. / Martin, J.L. / Gee, C.L. / Drinkwater, N. / Criscione, K.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 128 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 99 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1hnnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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詳細 | the biological unit is a monomer |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31845.967 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P11086, phenylethanolamine N-methyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.68 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 詳細: PEG6K, LiCl, cacodylate, pH 5.8, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年3月30日 |
放射 | モノクロメーター: HiRes2 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→45.78 Å / Num. obs: 47217 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.76 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 16.7 / Scaling rejects: 2769 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.23 Å / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.69 % / Rmerge(I) obs: 0.402 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. measured all: 35700 / Num. unique all: 7683 / Num. unique obs: 4622 / Χ2: 1.25 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1HNN 解像度: 2.15→45.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2524808.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 64.356 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→45.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.28 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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