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- PDB-2g5r: Crystal structure of Siglec-7 in complex with methyl-9-(aminooxal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g5r
タイトルCrystal structure of Siglec-7 in complex with methyl-9-(aminooxalyl-amino)-9-deoxyNeu5Ac (oxamido-Neu5Ac)
要素Sialic acid-binding Ig-like lectin 7
キーワードCELL ADHESION / Siglec / sialic acid / sialoside
機能・相同性
機能・相同性情報


sialic acid binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / signaling receptor activity / carbohydrate binding / cell adhesion / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...: / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYSTEINE / Chem-NXD / Sialic acid-binding Ig-like lectin 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Attrill, H. / Crocker, P.R. / van Aalten, D.M.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2006
タイトル: The structure of siglec-7 in complex with sialosides: leads for rational structure-based inhibitor design.
著者: Attrill, H. / Takazawa, H. / Witt, S. / Kelm, S. / Isecke, R. / Brossmer, R. / Ando, T. / Ishida, H. / Kiso, M. / Crocker, P.R. / van Aalten, D.M.
履歴
登録2006年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月15日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn
改定 2.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 2.42024年11月20日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_contact_author

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sialic acid-binding Ig-like lectin 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3914
ポリマ－14,6551
非ポリマー7363
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.928, 52.928, 93.236
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Sialic acid-binding Ig-like lectin 7 / Siglec-7 / QA79 membrane protein / Adhesion inhibitory receptor molecule 1 / AIRM-1 / p75 / D- ...Siglec-7 / QA79 membrane protein / Adhesion inhibitory receptor molecule 1 / AIRM-1 / p75 / D-siglec / CDw328 antigen


分子量: 14655.292 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pDEF / Cell (発現宿主): CHO Lec1
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: Q9Y286
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖 ChemComp-NXD / methyl 5-acetamido-9-{[amino(oxo)acetyl]amino}-3,5,9-trideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosidonic acid / METHYL 5-(ACETYLAMINO)-9-{[AMINO(OXO)ACETYL]AMINO}-3,5,9-TRIDEOXY-D-GLYCERO-ALPHA-D-GLUCO-NON-2-ULOPYRANOSIDONIC ACID / ALPHA METHYL -9-(AMINOOXALYL-AMINO)-9-DEOXYNEU5AC / OXAMIDO-NEU5AC / methyl 5-acetamido-9-{[amino(oxo)acetyl]amino}-3,5,9-trideoxy-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / methyl 5-acetamido-9-{[amino(oxo)acetyl]amino}-3,5,9-trideoxy-D-glycero-D-galacto-non-2-ulosidonic acid / methyl 5-acetamido-9-{[amino(oxo)acetyl]amino}-3,5,9-trideoxy-D-glycero-galacto-non-2-ulosidonic acid


タイプ: D-saccharide / 分子量: 393.347 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H23N3O10
#4: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 30% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, 0.2M ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→25 Å / Num. obs: 17748 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 78.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.1.24精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Siglec-7, APO, 1o7S

1o7s


解像度: 1.6→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.803 / SU ML: 0.063 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 893 5 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all0.214 ---
obs0.214 17691 97.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.424 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20 Å20 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3----1.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数904 0 48 102 1054
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.021975
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3471.9611321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0275111
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02743
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.2394
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1470.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1240.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.773571
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8633.2912
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4484404
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3113.5409
LS精密化 シェル解像度: 1.601→1.642 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.234 59
Rwork0.27 933
obs-992
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.7764 Å / Origin y: 10.127 Å / Origin z: 19.8213 Å
111213212223313233
T0.1391 Å20.0239 Å20.0478 Å2-0.0042 Å20.0098 Å2--0.0648 Å2
L0.6945 °20.1996 °2-0.3042 °2-1.7583 °2-1.6745 °2--3.1111 °2
S0.0604 Å °0.0186 Å °-0.0241 Å °0.3748 Å °0.0953 Å °0.1108 Å °-0.4243 Å °-0.0939 Å °-0.1556 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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