PDB-2g5d: Crystal structure of MltA from Neisseria gonorrhoeae Monoclinic form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g5d

タイトル

Crystal structure of MltA from Neisseria gonorrhoeae Monoclinic form

要素

GNA33

キーワード

HYDROLASE / BETA BARREL

機能・相同性

機能・相同性情報

: / peptidoglycan lytic transglycosylase activity / peptidoglycan turnover / outer membrane / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae FA 1090 (淋菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Davies, C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structures of the Lytic Transglycosylase MltA from N.gonorrhoeae and E.coli: Insights into Interdomain Movements and Substrate Binding.
著者: Powell, A.J. / Liu, Z.J. / Nicholas, R.A. / Davies, C.

履歴

登録	2006年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature / refine / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_starting_model / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g5d.cif.gz	90.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g5d.ent.gz	66.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g5d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/2g5d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g5/2g5d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2g6gC 2gaeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2g6g-d 2b0j-d 4b28-d 6r0m-d 2g3o-2 1te1-d 2zwr-d 1e96-d 5jwe-3 3cjr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: GNA33

46 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.783, 38.458, 84.591
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.46, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	GNA33 分子量: 45963.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae FA 1090 (淋菌) 生物種: Neisseria gonorrhoeae / 株: FA1090 / 遺伝子: GNA33 / プラスミド: PMAL-C2KV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21* 参照: UniProt: Q9L6H1, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.76 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: 29% PEG 8000, 100 mM Tris pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2001年12月15日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→64 Å / Num. all: 30354 / Num. obs: 30354 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
d*TREK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 10.382 / SU ML: 0.153 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.195 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27324	1528	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22597	-	-	-
obs	0.22843	30253	99.09 %	-
all	-	30253	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.168 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.46 Å²	0 Å²	0.78 Å²
2-	-	-0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2977	0	0	111	3088

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	3059
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.368	1.955	4144
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.078	5	378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.058	22.374	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.447	15	477
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.587	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	428
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2389
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	1994
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.236	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.133	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.53	1.5	1925
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.849	2	3021
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.395	3	1286
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.059	4.5	1123
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	103	-
R_work	0.298	1932	-
obs	-	-	91.83 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1583	0.0015	-0.4707	2.9458	-0.6387	2.6056	0.016	0.0784	-0.0382	-0.0081	-0.0476	-0.0159	0.0344	0.2658	0.0315	-0.1112	-0.0147	-0.0072	-0.1618	-0.0011	-0.2024	-3.9121	-1.6891	28.9641
2	4.2325	-0.9074	-0.0125	2.255	0.0657	2.0402	0.1304	-0.2404	-0.0082	0.1186	-0.0194	0.0625	-0.0037	-0.0588	-0.111	-0.0815	-0.0595	0.0089	0.0447	0.0027	0.0468	25.5932	6.0638	22.5168
3	6.4868	0.8814	-0.4344	3.3649	1.2215	6.7641	0.0895	1.5125	-0.7141	-0.486	-0.0998	-0.0853	0.8246	-0.4288	0.0103	0.1558	0.017	0.0304	0.4288	-0.2468	0.1495	22.6014	-3.9629	2.1862

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	40 - 143
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	343 - 441
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	144 - 161
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	245 - 337
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	162 - 244

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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