PDB-2g6g: Crystal structure of MltA from Neisseria gonorrhoeae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g6g

タイトル

Crystal structure of MltA from Neisseria gonorrhoeae

要素

GNA33

キーワード

HYDROLASE / BETA BARREL

機能・相同性

機能・相同性情報

: / peptidoglycan lytic transglycosylase activity / peptidoglycan turnover / outer membrane / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / peptidoglycan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae FA 1090 (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Powell, A.J. / Liu, Z.J. / Nicholas, R.A. / Davies, C.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structures of the Lytic Transglycosylase MltA from N.gonorrhoeae and E.coli: Insights into Interdomain Movements and Substrate Binding.
著者: Powell, A.J. / Liu, Z.J. / Nicholas, R.A. / Davies, C.

履歴

登録	2006年2月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g6g.cif.gz	96.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g6g.ent.gz	71.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g6g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/2g6g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/2g6g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2g5dC 2gaeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2g5d-d 1n5a-3 6t3x-d 3qjf-2 5e8n-3 4qs8-d 5e8n-2 4zdh-d 4hux-d 4iho-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: GNA33

ヘテロ分子

47.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.06, 87.26, 111.95
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	GNA33 / MLTA 分子量: 46339.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae FA 1090 (淋菌) 生物種: Neisseria gonorrhoeae / 株: ATCC 700825 / FA 1090 / 遺伝子: GNA33 / プラスミド: pMAL-c2KV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21* 参照: UniProt: Q5F581, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.41 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% PEG 8000, 0.2 M ammonium sulphate, 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97934, 0.97967, 0.97492

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月26日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97934	1
2	0.97967	1
3	0.97492	1

反射

解像度: 2.2→44 Å / Num. all: 24576 / Num. obs: 24576 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.3 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 38.6

反射シェル

解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 11.7 % / R_merge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MAR345		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.2→44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 12.538 / SU ML: 0.16 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25932	1253	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21254	-	-	-
obs	0.21487	24548	99.91 %	-
all	-	24548	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.166 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.11 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3128	0	42	94	3264

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	3251
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.428	1.965	4406
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.301	5	403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.342	22.603	146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.996	15	501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.411	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	451
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2518
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	2131
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.157	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.173	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.715	1.5	2043
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.158	2	3198
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.804	3	1370
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.721	4.5	1208
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.258 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	85	-
R_work	0.282	1668	-
obs	-	-	99.55 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9644	0.4553	-0.7644	2.7484	0.8479	1.7865	0.0845	0.0773	0.1256	0.1305	0.1625	-0.2219	0.1933	0.0886	-0.247	-0.3528	0.013	-0.0611	-0.0517	-0.0422	-0.2037	5.415	48.222	53.615
2	2.2715	-1.2206	0.6861	3.276	-2.0169	9.1789	0.1442	-0.1907	0.021	0.0853	0.2815	0.0351	1.4311	-0.7114	-0.4257	-0.0538	-0.1583	-0.0504	-0.1079	0.0245	-0.3073	-4.266	23.605	34.679
3	5.2003	-0.4707	3.1508	4.1911	-2.0886	7.4606	0.0159	-0.1783	0.2076	0.2939	0.2164	0.236	-0.348	-0.6131	-0.2323	-0.3151	0.0193	0.0705	-0.0328	0.0618	-0.2072	-8.74	40.977	17.458

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	33 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	52 - 64
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	65 - 76
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	77 - 92
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	93 - 97
6	X-RAY DIFFRACTION	1	A	98 - 107
7	X-RAY DIFFRACTION	1	A	108 - 112
8	X-RAY DIFFRACTION	1	A	113 - 121
9	X-RAY DIFFRACTION	1	A	122 - 130
10	X-RAY DIFFRACTION	1	A	131 - 142
11	X-RAY DIFFRACTION	1	A	343 - 349
12	X-RAY DIFFRACTION	1	A	350 - 355
13	X-RAY DIFFRACTION	1	A	356 - 362
14	X-RAY DIFFRACTION	1	A	363 - 369
15	X-RAY DIFFRACTION	1	A	370 - 380
16	X-RAY DIFFRACTION	1	A	381 - 392
17	X-RAY DIFFRACTION	1	A	393 - 402
18	X-RAY DIFFRACTION	1	A	403 - 411
19	X-RAY DIFFRACTION	1	A	412 - 421
20	X-RAY DIFFRACTION	1	A	422 - 433
21	X-RAY DIFFRACTION	1	A	434 - 441
22	X-RAY DIFFRACTION	2	A	143 - 149
23	X-RAY DIFFRACTION	2	A	150 - 162
24	X-RAY DIFFRACTION	2	A	163 - 166
25	X-RAY DIFFRACTION	2	A	230 - 239
26	X-RAY DIFFRACTION	2	A	240 - 243
27	X-RAY DIFFRACTION	2	A	244 - 253
28	X-RAY DIFFRACTION	2	A	254 - 263
29	X-RAY DIFFRACTION	2	A	264 - 271
30	X-RAY DIFFRACTION	2	A	272 - 283
31	X-RAY DIFFRACTION	2	A	284 - 289
32	X-RAY DIFFRACTION	2	A	290 - 297
33	X-RAY DIFFRACTION	2	A	306 - 313
34	X-RAY DIFFRACTION	2	A	314 - 320
35	X-RAY DIFFRACTION	2	A	321 - 328
36	X-RAY DIFFRACTION	2	A	329 - 337
37	X-RAY DIFFRACTION	3	A	167 - 173
38	X-RAY DIFFRACTION	3	A	174 - 176
39	X-RAY DIFFRACTION	3	A	177 - 189
40	X-RAY DIFFRACTION	3	A	190 - 194
41	X-RAY DIFFRACTION	3	A	195 - 200
42	X-RAY DIFFRACTION	3	A	201 - 206
43	X-RAY DIFFRACTION	3	A	207 - 213
44	X-RAY DIFFRACTION	3	A	214 - 223
45	X-RAY DIFFRACTION	3	A	224 - 229

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)