+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2g3o | ||||||
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Title | The 2.1A crystal structure of copGFP | ||||||
Components | green fluorescent protein 2 | ||||||
Keywords | LUMINESCENT PROTEIN / beta-barrel / chromophore / GFP | ||||||
Function / homology | Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Green fluorescent protein 2 Function and homology information | ||||||
Biological species | Pontellina plumata (crustacean) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Wilmann, P.G. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2006 Title: The 2.1A crystal structure of copGFP, a representative member of the copepod clade within the green fluorescent protein superfamily Authors: Wilmann, P.G. / Battad, J. / Petersen, J. / Wilce, M.C.J. / Dove, S. / Devenish, R.J. / Prescott, M. / Rossjohn, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2g3o.cif.gz | 245.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2g3o.ent.gz | 205.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2g3o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/2g3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/2g3o | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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3 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: PRO / End label comp-ID: ILE / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 2 - 219 / Label seq-ID: 2 - 217
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-Components
#1: Protein | Mass: 24663.840 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pontellina plumata (crustacean) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q6WV12 #2: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | GLY 57, TYR 58 AND GLY 59 ARE MODIFIED TO MAKE CHROMOPHOR | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.4 Details: 22% PEG 3350, 0.1M Sodium Acetate, 0.15M Magnesium Sulphate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Apr 4, 2005 |
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.1→35.714 Å / Num. all: 74759 / Num. obs: 74388 / % possible obs: 99.504 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 |
Reflection shell | Resolution: 2.1→2.155 Å / % possible all: 98.5 |
-Phasing
Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1→35.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 14.668 / SU ML: 0.205 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.217 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 39.172 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→35.71 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 1541 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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