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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2g3o | ||||||
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タイトル | The 2.1A crystal structure of copGFP | ||||||
要素 | green fluorescent protein 2 | ||||||
キーワード | LUMINESCENT PROTEIN (生物発光) / beta-barrel (Βバレル) / chromophore (発色団) / GFP | ||||||
機能・相同性 | 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / 生物発光 / Βバレル / Mainly Beta / Green fluorescent protein 2 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pontellina plumata (甲殻類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Wilmann, P.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006 タイトル: The 2.1A crystal structure of copGFP, a representative member of the copepod clade within the green fluorescent protein superfamily 著者: Wilmann, P.G. / Battad, J. / Petersen, J. / Wilce, M.C.J. / Dove, S. / Devenish, R.J. / Prescott, M. / Rossjohn, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2g3o.cif.gz | 245.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2g3o.ent.gz | 205.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2g3o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/2g3o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g3/2g3o | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: PRO / End label comp-ID: ILE / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 2 - 219 / Label seq-ID: 2 - 217
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24663.840 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pontellina plumata (甲殻類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6WV12 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | GLY 57, TYR 58 AND GLY 59 ARE MODIFIED TO MAKE CHROMOPHOR | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.96 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 22% PEG 3350, 0.1M Sodium Acetate, 0.15M Magnesium Sulphate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月4日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→35.714 Å / Num. all: 74759 / Num. obs: 74388 / % possible obs: 99.504 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / % possible all: 98.5 |
-位相決定
Phasing MR |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→35.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 14.668 / SU ML: 0.205 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.172 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→35.71 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 1541 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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