PDB-2g4y: structure of thaumatin at 2.0 A wavelength

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g4y

タイトル

structure of thaumatin at 2.0 A wavelength

要素

Thaumatin-1

キーワード

PLANT PROTEIN / thaumatin structure at a wavelength of 2 A

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Mueller-Dieckmann, C. / Weiss, M.S.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: On the routine use of soft X-rays in macromolecular crystallography. Part IV. Efficient determination of anomalous substructures in biomacromolecules using longer X-ray wavelengths.
著者: Mueller-Dieckmann, C. / Panjikar, S. / Schmidt, A. / Mueller, S. / Kuper, J. / Geerlof, A. / Wilmanns, M. / Singh, R.K. / Tucker, P.A. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2006年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE THERE ARE TWO ISOFORMS OF THAUMATION, I AND II. LYS46 FROM THE FORM I IS USED BECAUSE THE ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g4y.cif.gz	53.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g4y.ent.gz	38.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g4y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2g4y_validation.pdf.gz	429.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2g4y_full_validation.pdf.gz	431.5 KB	表示
XML形式データ	2g4y_validation.xml.gz	11 KB	表示
CIF形式データ	2g4y_validation.cif.gz	15 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/2g4y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/2g4y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2g4hC 2g4iC 2g4jC 2g4kC 2g4lC 2g4mC 2g4nC 2g4oC 2g4pC 2g4qC 2g4rC 2g4sC 2g4tC 2g4uC 2g4vC 2g4wC 2g4xC 2g4zC 2g51C 2g52C 2g55C 2illC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1lr3-d 3vhg-d 4axr-d 3v82-d 6s1g-d 2d8p-d 4dc6-d 6srj-d 5mjg-d 3vch-d 3dzr-d 1thw-d 6zhn-d 4ekb-d 3vcg-d 6sro-d 5fgx-d 3e3s-d 3vck-d 4el3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Thaumatin-1

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.900, 57.900, 150.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Thaumatin-1 / Thaumatin I 分子量: 22243.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID 分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.57 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 2 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 2 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→30 Å / Num. obs: 18622 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
FFT		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.98→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 3.378 / SU ML: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24311	385	2.1 %	RANDOM
R_work	0.1939	-	-	-
obs	0.19493	18237	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.5 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1557	0	10	100	1667

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.022	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.967	1.96	2190
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.958	3	3246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.53	5	208
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.832	22.923	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.557	15	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.191	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	234
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1828
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	345
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	301
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	769
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.092	0.2	887
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.105	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.279	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.292	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.426	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.673	1.5	1284
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.362	1.5	429
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.12	2.5	1648
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.024	5	706
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.597	10	541

LS精密化シェル

解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.196	23	-
R_work	0.235	1311	-
obs	-	-	100 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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