PDB-2g4o: anomalous substructure of 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2g4o

タイトル

anomalous substructure of 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE

要素

3-isopropylmalate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / anomalous substructure of 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE

機能・相同性

機能・相同性情報

3-isopropylmalate dehydrogenase / 3-isopropylmalate dehydrogenase activity / L-leucine biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / NAD binding / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Mueller-Dieckmann, C. / Weiss, M.S.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: On the routine use of soft X-rays in macromolecular crystallography. Part IV. Efficient determination of anomalous substructures in biomacromolecules using longer X-ray wavelengths.
著者: Mueller-Dieckmann, C. / Panjikar, S. / Schmidt, A. / Mueller, S. / Kuper, J. / Geerlof, A. / Wilmanns, M. / Singh, R.K. / Tucker, P.A. / Weiss, M.S.

履歴

登録	2006年2月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年2月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2g4o.cif.gz	264.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2g4o.ent.gz	215.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2g4o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2g4o_validation.pdf.gz	463.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2g4o_full_validation.pdf.gz	491.3 KB	表示
XML形式データ	2g4o_validation.xml.gz	53.7 KB	表示
CIF形式データ	2g4o_validation.cif.gz	76.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/2g4o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/2g4o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2g4hC 2g4iC 2g4jC 2g4kC 2g4lC 2g4mC 2g4nC 2g4pC 2g4qC 2g4rC 2g4sC 2g4tC 2g4uC 2g4vC 2g4wC 2g4xC 2g4yC 2g4zC 2g51C 2g52C 2g55C 2illC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5grf-d 1w0d-2 1w0d-1 3af1-1 3ayg-d 3ty4-d 6l59-d 6kdy-3 3ty3-d 3wzw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (5) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5)

登録構造単位

A: 3-isopropylmalate dehydrogenase

B: 3-isopropylmalate dehydrogenase

C: 3-isopropylmalate dehydrogenase

D: 3-isopropylmalate dehydrogenase

ヘテロ分子

142 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-isopropylmalate dehydrogenase

B: 3-isopropylmalate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: 3-isopropylmalate dehydrogenase

D: 3-isopropylmalate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: 3-isopropylmalate dehydrogenase

B: 3-isopropylmalate dehydrogenase

ヘテロ分子

C: 3-isopropylmalate dehydrogenase

D: 3-isopropylmalate dehydrogenase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
142 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.570, 98.580, 184.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	3-isopropylmalate dehydrogenase / Beta-IPM dehydrogenase / IMDH / 3-IPM-DH 分子量: 35435.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: leuB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P95313, UniProt: P9WKK9*PLUS, 3-isopropylmalate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 533 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.05 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 2 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 2 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. obs: 97028 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
FFT		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 5.298 / SU ML: 0.135 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26011	2045	2.1 %	RANDOM
R_work	0.20941	-	-	-
obs	0.21043	94983	99.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.784 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9972	0	16	533	10521

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	10224
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	9696
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.703	1.964	13934
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.939	3	22290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.874	5	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.848	22.598	435
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.929	15	1567
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.131	15	107
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	1645
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	11675
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2084
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	2379
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	10127
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	4994
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	6430
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.291	0.2	546
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.035	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.177	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.303	0.2	103
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.298	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.481	1.5	8475
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.266	1.5	2781
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.973	2.5	10731
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.433	5	3840
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.239	10	3202

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.363	154	-
R_work	0.279	6894	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 8.1374 Å / Origin y: 53.602 Å / Origin z: 5.1051 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.183 Å²	0.0339 Å²	-0.0007 Å²	-	-0.1612 Å²	0.0182 Å²	-	-	-0.0743 Å²
L	1.0234 °²	0.1964 °²	-1.0968 °²	-	0.4986 °²	-0.3957 °²	-	-	3.7968 °²
S	0.0786 Å °	-0.1414 Å °	-0.0217 Å °	0.0539 Å °	0.0166 Å °	0.1521 Å °	-0.0432 Å °	-0.289 Å °	-0.0952 Å °

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)