PDB-3ty3: Crystal structure of homoisocitrate dehydrogenase from Schizosacc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ty3

タイトル

Crystal structure of homoisocitrate dehydrogenase from Schizosaccharomyces pombe bound to glycyl-glycyl-glycine

要素

Probable homoisocitrate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / B-hydroxyacid oxidative decarboxylase / amino-acid biosynthesis / lysine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

homoisocitrate dehydrogenase / homoisocitrate dehydrogenase activity / lysine biosynthetic process / lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / NAD binding / mitochondrial matrix / magnesium ion binding / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Bulfer, S.L. / Hendershot, J.M. / Trievel, R.C.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: Crystal structure of homoisocitrate dehydrogenase from Schizosaccharomyces pombe.
著者: Bulfer, S.L. / Hendershot, J.M. / Trievel, R.C.

履歴

登録	2011年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年12月14日	Group: Database references
改定 1.2	2013年11月27日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ty3.cif.gz	282.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ty3.ent.gz	228.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ty3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/3ty3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/3ty3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ty4C 1x0lS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ty4-d 5grf-d 2g4o-2 2zsb-1 1w0d-2 3vmj-1 3wzx-1 2zs7-1 1bo7-1 3omn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (5) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Probable homoisocitrate dehydrogenase

B: Probable homoisocitrate dehydrogenase

ヘテロ分子

80 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.243, 92.854, 75.474
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.710, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Probable homoisocitrate dehydrogenase 分子量: 39642.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 株: ATCC 38366 / 972 / 遺伝子: lys12, SPAC31G5.04 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: O14104, homoisocitrate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-GGG / glycylglycylglycine / Gly-Gly-Gly-OH 分子量: 189.169 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₁N₃O₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: PEG 3550, Li acetate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月5日

放射

モノクロメーター: DIAMOND [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→20 Å / Num. all: 60681 / Num. obs: 60681 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Χ²: 1.092 / Net I/σ(I): 13.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.85-1.89	3.9	0.415	3836	0.868	1	94.7
1.89-1.94	4.9	0.378	4021	0.905	1	99.3
1.94-1.99	5.7	0.33	4039	0.983	1	100
1.99-2.05	6.2	0.27	4033	1.089	1	100
2.05-2.12	6.4	0.231	4068	1.12	1	100
2.12-2.19	6.6	0.202	4048	1.168	1	100
2.19-2.28	6.7	0.167	4050	1.144	1	100
2.28-2.38	6.7	0.139	4043	1.115	1	99.9
2.38-2.51	6.8	0.124	4068	1.134	1	100
2.51-2.67	6.8	0.106	4049	1.184	1	100
2.67-2.87	6.8	0.092	4064	1.155	1	100
2.87-3.16	6.7	0.075	4108	1.148	1	100
3.16-3.62	6.6	0.055	4061	1.163	1	100
3.62-4.55	6.5	0.044	4076	0.923	1	99.9
4.55-20	6.4	0.036	4117	1.082	1	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: CHAINSAW MODEL FROM PDB ENTRY 1X0L

1x0l

解像度: 1.85→19.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 6.555 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23	3032	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1928	-	-	-
all	0.1948	59730	-	-
obs	0.1948	59730	99.63 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 61.78 Å² / B_iso mean: 26.5137 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4 Å²	-0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	1 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5282	0	50	340	5672

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	5522
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.413	1.976	7517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.526	5	744
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.442	23.927	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.258	15	900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.317	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	881
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4167
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.778	1.5	3615
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.347	2	5815
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.313	3	1907
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.756	4.5	1689

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	188	-
R_work	0.257	4076	-
all	-	4264	-
obs	-	-	96.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9426	-0.0101	0.3922	0.6256	-0.1317	1.0412	-0.0336	0.0118	0.0398	0.0216	0.0284	-0.0133	-0.0998	0.0212	0.0053	0.0491	-0.0086	0.0243	0.0104	-0.0159	0.0348	1.025	-0.4281	9.4372
2	0.5512	0.166	0.4084	0.7505	0.377	1.6441	0.0505	-0.2664	0.0407	0.1433	-0.0478	-0.0387	0.092	-0.0461	-0.0027	0.069	-0.0178	0.0181	0.1872	-0.0122	0.1096	0.4009	-9.0526	42.5865

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 362
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	5 - 359

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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