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万見
- PDB-2fx9: Crystal structure of hiv-1 neutralizing human fab 4e10 in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fx9
タイトルCrystal structure of hiv-1 neutralizing human fab 4e10 in complex with a thioether-linked peptide encompassing the 4e10 epitope on gp41
要素
  • (Fab 4E10) x 2
  • Fragment of HIV glycoprotein gp41
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold / beta-sandwich / antibody-epitope complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cardoso, R.M.F. / Brunel, F.M. / Ferguson, S. / Burton, D.R. / Dawson, P.E. / Wilson, I.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural basis of enhanced binding of extended and helically constrained peptide epitopes of the broadly neutralizing HIV-1 antibody 4E10.
著者: Cardoso, R.M. / Brunel, F.M. / Ferguson, S. / Zwick, M. / Burton, D.R. / Dawson, P.E. / Wilson, I.A.
#1: ジャーナル: Immunity / 年: 2005
タイトル: Broadly neutralizing anti-HIV antibody 4E10 recognizes a helical conformation of a highly conserved fusion-associated motif in gp41
著者: Cardoso, R.M.F. / Zwick, M.B. / Stanfield, R.L. / Kunert, R. / Binley, J.M. / Katinger, H. / Burton, D.R. / Wilson, I.A.
履歴
登録2006年2月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 999No database reference is currently available for Chains L, M, H, I, P, and Q.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab 4E10
H: Fab 4E10
M: Fab 4E10
I: Fab 4E10
P: Fragment of HIV glycoprotein gp41
Q: Fragment of HIV glycoprotein gp41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,1906
ポリマ－98,1906
非ポリマー00
水7,260403
1
L: Fab 4E10
H: Fab 4E10
P: Fragment of HIV glycoprotein gp41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0953
ポリマ－49,0953
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area20410 Å2
手法PISA
2
M: Fab 4E10
I: Fab 4E10
Q: Fragment of HIV glycoprotein gp41


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0953
ポリマ－49,0953
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4770 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area20310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.425, 111.498, 79.379
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Fab 4E10


分子量: 23292.705 Da / 分子数: 2 / 断片: Light Chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Fab 4E10


分子量: 23860.848 Da / 分子数: 2 / 断片: Heavy Chain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド Fragment of HIV glycoprotein gp41


分子量: 1941.385 Da / 分子数: 2 / 断片: Peptide Epitope of 4E10 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence includes a fragment of the HIV envelope protein gp41
参照: UniProt: P05880*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.71 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M ammonium nitrate, pH no buffer, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月5日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 51978 / Num. obs: 51614 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 31.6 Å2 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 3779 / Rsym value: 0.324 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PBD ENTRY 1TZG

1tzg


解像度: 2.1→50 Å / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.271 2560 -RANDOM
Rwork0.236 ---
all-51990 --
obs-51545 99.1 %-
溶媒の処理Bsol: 46.1188 Å2 / ksol: 0.343825 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.568 Å20 Å20.928 Å2
2---8.225 Å20 Å2
3----1.343 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.316 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6916 0 0 403 7319
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.282
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.433
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.952
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.043
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs
2.1-2.110.334550.304X-RAY DIFFRACTION943
2.11-2.130.334470.304X-RAY DIFFRACTION1012

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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