PDB-2fw2: Catalytic domain of CDY

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fw2

タイトル

Catalytic domain of CDY

要素

Testis-specific chromodomain protein Y 2

キーワード

GENE REGULATION / chromodomain / chromosome Y / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

histone H4K16 acetyltransferase activity / histone H3K56 acetyltransferase activity / histone H3K23 acetyltransferase activity / histone H2AK5 acetyltransferase activity / histone H2AK9 acetyltransferase activity / histone H2BK5 acetyltransferase activity / histone H2BK12 acetyltransferase activity / histone H3K4 acetyltransferase activity / histone H3K27 acetyltransferase activity / histone H3K36 acetyltransferase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Min, J.R. / Antoshenko, T. / Wu, H. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Crystal Structure of catalytic domain of Human Testis-specific chromodomain protein Y.
著者: Min, J.R. / Antoshenko, T. / Wu, H. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N.

履歴

登録	2006年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fw2.cif.gz	312.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fw2.ent.gz	257.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fw2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/2fw2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fw/2fw2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2fmbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1hno-1 1hnu-1 2i5i-1 2zqq-d 1ef8-2 3h0u-2 1i33-2 3qll-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #67 - 2005年7月 TATA結合タンパク質 (TATA-Binding Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Testis-specific chromodomain protein Y 2

B: Testis-specific chromodomain protein Y 2

C: Testis-specific chromodomain protein Y 2

D: Testis-specific chromodomain protein Y 2

E: Testis-specific chromodomain protein Y 2

F: Testis-specific chromodomain protein Y 2

173 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

D: Testis-specific chromodomain protein Y 2

E: Testis-specific chromodomain protein Y 2

F: Testis-specific chromodomain protein Y 2

ソフトウェアが定義した集合体
86.6 kDa, 3 ポリマー
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3

A: Testis-specific chromodomain protein Y 2

B: Testis-specific chromodomain protein Y 2

C: Testis-specific chromodomain protein Y 2

ソフトウェアが定義した集合体
86.6 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.454, 133.579, 82.328
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.56, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Testis-specific chromodomain protein Y 2 分子量: 28881.336 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDY2A, CDY2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) codon plus RIL / 参照: UniProt: Q9Y6F7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 664 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.64 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 10% PEG4000, 0.1M NaAc pH4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年1月29日
放射	モノクロメーター: varymax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→72.93 Å / Num. all: 73770 / Num. obs: 73770 / % possible obs: 99.44 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry:2FMB

2fmb

解像度: 2.2→72.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 13.703 / SU ML: 0.179 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25285	3916	5 %	RANDOM
R_work	0.18484	-	-	-
all	0.18833	73770	-	-
obs	0.18833	73770	99.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.574 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	0 Å²	0.12 Å²
2-	-	0.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→72.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11950	0	0	664	12614

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	12163
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.406	1.96	16426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.892	5	1545
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.337	25.01	511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.264	15	2229
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.076	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	1919
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	8911
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	6038
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	8415
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	726
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.184	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.19	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.551	1.5	7943
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.886	2	12396
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.586	3	4800
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.484	4.5	4030

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.348	269	-
R_work	0.244	5382	-
obs	-	-	98.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4779	-0.5293	0.5095	6.5704	-0.9221	1.5382	-0.1265	-0.0827	0.0126	0.2337	0.0799	0.3051	0.0175	-0.2724	0.0466	-0.0093	-0.0099	0.0086	0.1196	0.0015	0.0207	-9.0377	-8.5638	13.1814
2	0.8762	-0.3475	0.0037	2.1952	-0.15	1.0037	0.0225	-0.0348	-0.0592	-0.0803	0.0025	0.1597	0.0335	-0.2562	-0.025	0.0195	-0.0111	0.001	0.0913	0.0037	0.0115	-2.5828	-11.6165	9.5583
3	11.1993	9.841	-1.9787	15.9987	-1.2218	26.9949	0.2646	-0.2509	-0.6394	-0.3404	-0.2894	0.0488	1.5933	-1.0832	0.0249	0.0668	-0.0966	0.0038	-0.0424	0.0201	0.0361	4.0083	-31.9321	0.9563
4	0.5396	-0.2732	-0.0343	1.19	0.3433	0.8602	-0.0173	-0.017	-0.0532	-0.0361	0.013	0.0239	0.0254	-0.0514	0.0043	0.0145	-0.0045	0.0083	0.0659	0.0061	0.0416	7.2192	-11.1018	11.0167
5	3.7076	0.2422	0.0186	7.793	-0.8571	3.0272	0.0157	0.0139	-0.1302	0.2496	0.0661	-0.1633	-0.0434	0.1162	-0.0818	-0.0111	0.0324	-0.0157	0.0965	-0.013	0.0242	20.7282	-11.6502	16.3371
6	2.9501	-1.5556	1.0418	7.5819	-3.3862	2.5869	-0.0783	-0.0166	0.0963	0.3084	0.1182	-0.1569	0.0163	0.0982	-0.0399	0.0168	0.0207	-0.0052	0.0536	-0.0175	0.0052	13.3899	-6.6684	24.1444
7	0.9151	-0.2013	0.049	1.5509	-0.7465	2.1959	-0.0663	-0.0824	0.0589	0.031	0.0862	0.1152	-0.021	-0.0773	-0.0199	0.0192	0.0012	-0.0031	0.0523	-0.0278	0.0159	0.2993	5.6169	18.5461
8	3.9512	0.4974	-0.6529	14.0315	2.195	3.1719	0.184	0.092	0.4067	-0.0124	-0.127	-0.3039	-0.4181	0.0614	-0.057	0.036	-0.0208	0.0207	0.0568	0.0204	0.0171	14.4243	-5.3557	0.6403
9	2.8066	-1.1072	-2.6158	2.2388	1.7078	5.5491	-0.1819	0.0384	-0.326	0.0407	0.051	-0.0611	0.5231	0.1125	0.1309	0.03	-0.0017	-0.0334	0.0005	-0.0104	0.0813	12.3291	-28.4032	5.7129
10	19.4649	-31.9953	-11.519	52.687	17.479	29.1689	-0.2303	-0.2782	-0.9036	0.9063	-0.0658	-1.4138	0.6351	-0.4719	0.2961	0.1636	-0.113	-0.0366	-0.1531	0.1587	0.1816	5.82	-26.358	22.2592
11	5.1869	2.7903	-0.0359	4.9297	0.3035	1.9947	0.0177	-0.1141	-0.5679	0.3384	0.0196	-0.6346	0.3981	0.3816	-0.0373	0.0189	0.1521	-0.0419	-0.0229	0.0126	0.1307	45.3651	-23.7931	17.8699
12	8.5793	0.3059	2.2485	6.2404	2.3086	1.3864	0.0735	0.2596	-0.5054	-0.1022	-0.1766	-0.3215	0.0625	0.0709	0.1031	-0.0465	0.077	-0.0077	0.0925	0.0232	0.0741	50.2355	-14.0985	14.7184
13	1.1625	0.8544	-0.1607	0.7866	0.1448	0.6883	-0.0203	0.021	-0.3299	0.0256	0.0642	-0.2265	0.1978	0.1452	-0.0439	-0.0012	0.0559	-0.0274	0.0407	0.0002	0.1356	45.1869	-15.1882	14.699
14	7.636	3.9857	0.3192	2.7335	0.1891	0.8947	-0.1756	0.3955	-0.1326	-0.0957	0.1619	-0.0667	0.011	0.1223	0.0138	-0.0151	0.0567	-0.0026	0.0567	-0.0184	0.0574	48.0456	-7.2383	5.5488
15	0.5326	0.6307	0.2118	1.7494	0.3555	0.1048	0.0068	-0.0777	-0.0855	0.0523	-0.0293	-0.0352	0.1185	0.0886	0.0225	0.0021	0.0122	-0.0071	0.0554	0.0255	0.0551	37.4929	-8.3501	20.605
16	1.0858	0.2783	0.3112	1.4843	1.9342	3.5186	0.0452	-0.056	-0.0858	0.0069	-0.0924	0.0773	0.0304	-0.1446	0.0471	0.0148	0.0198	-0.014	0.0173	0.0155	0.0543	33.7623	2.6453	15.3666
17	4.3904	2.381	1.3404	4.9876	1.3761	0.5233	0.1559	-0.176	0.1761	0.1112	-0.1313	0.3721	-0.057	-0.2136	-0.0246	-0.0153	0.0026	0.0254	0.0702	0.0164	0.0369	30.5427	-3.6442	26.0134
18	3.2775	1.2812	1.8183	2.7411	1.143	3.5202	0.1598	-0.3593	-0.2002	0.3572	-0.1927	-0.0329	0.2437	-0.0602	0.0329	0.0179	0.0117	-0.0013	-0.0121	0.031	0.0282	27.6222	-22.937	22.612
19	10.1887	-8.4127	3.5468	6.9498	-3.0328	4.2447	0.0709	-0.051	0.2666	-0.0363	-0.1211	-0.0669	-0.1376	0.3203	0.0503	-0.0046	0.0006	-0.0023	0.0661	-0.0224	0.024	24.5031	-15.575	6.0187
20	4.5425	0.6774	0.6139	1.326	0.1896	2.0982	-0.0457	0.0983	0.1022	-0.121	0.0506	-0.0159	-0.1133	0.138	-0.0049	0.0105	0.0418	0.0105	0.0791	0.0017	0.0717	45.5203	1.4839	8.5784
21	12.4998	-3.3109	0.6461	2.4051	-0.9789	1.3008	-0.1268	-0.2909	0.8949	0.0608	-0.0039	-0.2728	-0.2284	0.1047	0.1307	0.0403	-0.0266	-0.0459	-0.0252	-0.0476	0.0902	29.3622	31.4775	19.5827
22	1.6205	-0.827	-0.1268	0.8187	-0.1614	0.3695	0.0999	-0.002	0.4332	0.0204	-0.1128	-0.1106	-0.1553	0.1119	0.0129	0.0202	0.0016	-0.0202	0.0004	0.0098	0.0592	25.0378	27.6249	14.6781
23	9.536	-4.228	2.463	2.4249	-1.3044	2.3755	0.0748	0.1439	0.4122	-0.0608	-0.0878	-0.0276	-0.1823	-0.093	0.013	0.0645	-0.0151	0.0223	-0.0172	0.0335	0.0639	16.6707	26.8728	4.4578
24	3.4431	-0.0228	0.4514	0.5644	-0.3465	0.2682	-0.0014	-0.0494	0.1148	0.0939	-0.0256	-0.0446	-0.0499	0.0148	0.0271	0.0453	0.0178	-0.0024	0.0313	-0.0193	0.0083	20.6818	17.2371	20.3332
25	2.7563	0.6505	-0.7062	2.1995	-1.0047	1.5364	0.0843	-0.1315	-0.1988	-0.0883	-0.0957	-0.0138	0.1069	0.1175	0.0114	0.0532	0.0226	0.008	0.033	-0.0002	0.0331	15.0583	8.233	13.2572
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38	X-RAY DIFFRACTION	38	D	D	169 - 199	169 - 199
39	X-RAY DIFFRACTION	39	D	D	200 - 217	200 - 217
40	X-RAY DIFFRACTION	40	D	D	218 - 258	218 - 258
41	X-RAY DIFFRACTION	41	E	E	2 - 14	2 - 14
42	X-RAY DIFFRACTION	42	E	E	15 - 53	15 - 53
43	X-RAY DIFFRACTION	43	E	E	54 - 69	54 - 69
44	X-RAY DIFFRACTION	44	E	E	70 - 91	70 - 91
45	X-RAY DIFFRACTION	45	E	E	92 - 137	92 - 137
46	X-RAY DIFFRACTION	46	E	E	138 - 168	138 - 168
47	X-RAY DIFFRACTION	47	E	E	169 - 190	169 - 190
48	X-RAY DIFFRACTION	48	E	E	191 - 217	191 - 217
49	X-RAY DIFFRACTION	49	E	E	218 - 235	218 - 235
50	X-RAY DIFFRACTION	50	E	E	236 - 260	236 - 260
51	X-RAY DIFFRACTION	51	F	F	1 - 26	1 - 26
52	X-RAY DIFFRACTION	52	F	F	27 - 69	27 - 69
53	X-RAY DIFFRACTION	53	F	F	70 - 94	70 - 94
54	X-RAY DIFFRACTION	54	F	F	95 - 153	95 - 153
55	X-RAY DIFFRACTION	55	F	F	154 - 168	154 - 168
56	X-RAY DIFFRACTION	56	F	F	169 - 190	169 - 190
57	X-RAY DIFFRACTION	57	F	F	191 - 216	191 - 216
58	X-RAY DIFFRACTION	58	F	F	217 - 222	217 - 222
59	X-RAY DIFFRACTION	59	F	F	223 - 253	223 - 253
60	X-RAY DIFFRACTION	60	F	F	254 - 260	254 - 260

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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