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- PDB-2fu5: structure of Rab8 in complex with MSS4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fu5
タイトルstructure of Rab8 in complex with MSS4
要素
  • Guanine nucleotide exchange factor MSS4
  • Ras-related protein Rab-8A
キーワードSIGNALING PROTEIN / MSS4:Rab8 protein complex / GEF:GTPase nucleotide free complex / nucleotide exchange via unfolding of nucleotide binding region
機能・相同性
機能・相同性情報


VxPx cargo-targeting to cilium / TBC/RABGAPs / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi vesicle fusion to target membrane / regulation of protein transport / post-Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport in synapse / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / Anchoring of the basal body to the plasma membrane ...VxPx cargo-targeting to cilium / TBC/RABGAPs / RAB geranylgeranylation / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / Golgi vesicle fusion to target membrane / regulation of protein transport / post-Golgi vesicle-mediated transport / vesicle-mediated transport in synapse / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / myosin V binding / trans-Golgi network transport vesicle / protein localization to cilium / non-motile cilium / vesicle docking involved in exocytosis / ciliary membrane / small GTPase-mediated signal transduction / ciliary base / Golgi organization / cilium assembly / phagocytic vesicle / centriole / cytoplasmic vesicle membrane / axonogenesis / protein tyrosine kinase binding / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small monomeric GTPase / protein localization to plasma membrane / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / recycling endosome / small GTPase binding / autophagy / centriolar satellite / cellular response to insulin stimulus / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / GDP binding / protein transport / actin cytoskeleton / midbody / membrane fusion / lysosome / neuron projection / regulation of autophagy / endosome membrane / ciliary basal body / cilium / neuronal cell body / GTPase activity / centrosome / dendrite / GTP binding / nucleolus / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / zinc ion binding / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mss4 / Mss4 protein / MSS4 domain profile. / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / Mss4/translationally controlled tumour-associated TCTP / Mss4-like superfamily / : / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / small GTPase Rab1 family profile. ...Mss4 / Mss4 protein / MSS4 domain profile. / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / Mss4/translationally controlled tumour-associated TCTP / Mss4-like superfamily / : / Metal Binding Protein, Guanine Nucleotide Exchange Factor; Chain A / ARF-like small GTPases; ARF, ADP-ribosylation factor / small GTPase Rab1 family profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Beta Complex / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Guanine nucleotide exchange factor MSS4 / Ras-related protein Rab-8A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Itzen, A. / Pylypenko, O. / Goody, R.S. / Rak, A.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2006
タイトル: Nucleotide exchange via local protein unfolding-structure of Rab8 in complex with MSS4
著者: Itzen, A. / Pylypenko, O. / Goody, R.S. / Alexandrov, K. / Rak, A.
履歴
登録2006年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Guanine nucleotide exchange factor MSS4
B: Guanine nucleotide exchange factor MSS4
C: Ras-related protein Rab-8A
D: Ras-related protein Rab-8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,5898
ポリマ－68,3024
非ポリマー2874
水5,423301
1
A: Guanine nucleotide exchange factor MSS4
D: Ras-related protein Rab-8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2954
ポリマ－34,1512
非ポリマー1442
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14400 Å2
手法PISA
2
B: Guanine nucleotide exchange factor MSS4
C: Ras-related protein Rab-8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2954
ポリマ－34,1512
非ポリマー1442
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.920, 49.850, 83.480
Angle α, β, γ (deg.)102.88, 97.46, 90.12
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質 Guanine nucleotide exchange factor MSS4 / Rab-interacting factor / Mss4


分子量: 13198.093 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 11-123 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RABIF, MSS4, RASGRF3 / プラスミド: pET19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P47224
#2: タンパク質 Ras-related protein Rab-8A / Oncogene c-mel / Rab8


分子量: 20953.076 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-183 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Rab8a, Mel, Rab8 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P55258
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 20% PEG3350, 50mM TrisHCL pH 9.0, 0.2M magnesium acetate, 0.15% (w/v) 1,2,3-heptanetriole, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.17 Å / Num. all: 40718 / Num. obs: 40718 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / % possible all: 74.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ProDCデータ収集
XDSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1hxr

1hxr


解像度: 2→19.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 3.901 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25213 2036 5 %RANDOM
Rwork0.1969 ---
all0.19964 38678 --
obs0.19964 38678 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.426 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4162 0 2 309 4473
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3251.9485669
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4175503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.43623.876209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.55115786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3211533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2621
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023135
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21741
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.22818
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1940.2320
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1590.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1231.52633
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.82424067
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.16531835
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2994.51602
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.296 117
Rwork0.226 2235

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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