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万見
- PDB-2ftw: Crystal structure of dihydropyrimidinase from dictyostelium discoideum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ftw
タイトルCrystal structure of dihydropyrimidinase from dictyostelium discoideum
要素dihydropyrimidine amidohydrolase
キーワードHYDROLASE / (BETA-ALPHA)8-BARREL / BETA-SANDWICH
機能・相同性
機能・相同性情報


Pyrimidine catabolism / dihydropyrimidinase / pyrimidine nucleobase catabolic process / dihydropyrimidinase activity / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hydantoinase/dihydropyrimidinase / : / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Dihydropyrimidinase / Dihydropyrimidinase
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Lohkamp, B. / Dobritzsch, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: The Crystal Structures of Dihydropyrimidinases Reaffirm the Close Relationship between Cyclic Amidohydrolases and Explain Their Substrate Specificity.
著者: Lohkamp, B. / Andersen, B. / Piskur, J. / Dobritzsch, D.
履歴
登録2006年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dihydropyrimidine amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5764
ポリマ－58,3431
非ポリマー2333
水5,044280
1
A: dihydropyrimidine amidohydrolase
ヘテロ分子

A: dihydropyrimidine amidohydrolase
ヘテロ分子

A: dihydropyrimidine amidohydrolase
ヘテロ分子

A: dihydropyrimidine amidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,30316
ポリマ－233,3724
非ポリマー93112
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area14060 Å2
ΔGint-346 kcal/mol
Surface area61540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.600, 89.599, 134.953
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-766-

HOH

21A-768-

HOH

31A-789-

HOH

詳細The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: 1-x, -y, z and 1-x, y, -z and x, -y, -z.

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要素

#1: タンパク質 dihydropyrimidine amidohydrolase / dihydropyrimidinase


分子量: 58342.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: pyd2 / プラスミド: p343 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q86LT2, UniProt: Q55DL0*PLUS, dihydropyrimidinase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 25% PEG 1500, 0.1M MMT buffer, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→45.459 Å / Num. obs: 30568 / % possible obs: 94.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 25.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rsym value: 0.134 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 2.05→2.16 Å / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. measured all: 12225 / Num. unique all: 30568 / Num. unique obs: 4408 / Rsym value: 0.662 / % possible all: 94.4

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.432 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.55
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å45.46 Å
Translation4 Å45.46 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KCX

1kcx


解像度: 2.05→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 6.544 / SU ML: 0.171 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.202 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1557 5.1 %RANDOM
Rwork0.204 ---
all0.207 30551 --
obs0.204 30551 93.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.157 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.63 Å20 Å20 Å2
2--1.37 Å20 Å2
3---1.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3748 0 9 280 4037
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223911
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1821.9365322
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7938275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8845511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.41323.943175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.70415663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3181526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2594
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024420
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02802
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.2787
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1860.23604
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.21920
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.22084
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.010.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0850.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2030.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1570.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6081.53194
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0991.51008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.70823957
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.16631717
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7454.51351
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 117 -
Rwork0.317 2077 -
obs-2194 93.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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