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- PDB-2fss: Candida boidinii formate dehydrogenase (FDH) K47E mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fss
タイトルCandida boidinii formate dehydrogenase (FDH) K47E mutant
要素formate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / Protein homo dimer / NAD binding site / formate binding site
機能・相同性
機能・相同性情報


methanol oxidation / formate catabolic process / methylamine metabolic process / formate dehydrogenase / choline catabolic process / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD+ binding / protein homodimerization activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NAD-dependent formate dehydrogenase / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain ...NAD-dependent formate dehydrogenase / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 2. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases NAD-binding signature. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Formate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida boidinii (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Schirwitz, K. / Schmidt, A. / Lamzin, V.S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: High-resolution structures of formate dehydrogenase from Candida boidinii.
著者: Schirwitz, K. / Schmidt, A. / Lamzin, V.S.
履歴
登録2006年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年2月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42021年11月10日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: formate dehydrogenase
B: formate dehydrogenase
C: formate dehydrogenase
D: formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,0529
ポリマ－161,5724
非ポリマー4805
水17,060947
1
A: formate dehydrogenase
D: formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0745
ポリマ－80,7862
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6190 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area26940 Å2
手法PISA
2
B: formate dehydrogenase
C: formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,9784
ポリマ－80,7862
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6270 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area26990 Å2
手法PISA
3
A: formate dehydrogenase
D: formate dehydrogenase
ヘテロ分子

B: formate dehydrogenase
C: formate dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,0529
ポリマ－161,5724
非ポリマー4805
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_645x+1,y-1,z1
Buried area14060 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area52330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.430, 68.389, 109.369
Angle α, β, γ (deg.)77.93, 89.33, 81.34
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
formate dehydrogenase


分子量: 40392.918 Da / 分子数: 4 / 変異: K47E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida boidinii (菌類) / 遺伝子: Cbfdh / プラスミド: pTrcHis2A, pVLKS3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS
参照: GenBank: 7657869, UniProt: O13437*PLUS, formate dehydrogenase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 947 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.53 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Na-Cacodylate pH 6.5, 30% PEG 8000, 0.15M Ammoniumsulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8414 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年7月8日
放射モノクロメーター: triangular monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8414 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→19.5 Å / Num. all: 164736 / Num. obs: 158925 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.7→1.85 Å / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
XDSデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→19.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.056 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24881 7992 5 %RANDOM
Rwork0.20372 ---
all0.20602 164573 --
obs0.20602 150929 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.642 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10876 0 25 947 11848
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02211144
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.411.95815144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.32851402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.91724.851503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.236151895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.7911552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21705
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.028406
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.25633
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.27743
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2900
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1950.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8151.57087
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34211150
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.14834594
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2284.53986
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 565 -
Rwork0.315 10546 -
obs--91.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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