PDB-2fsk: Crystal structure of Ta0583, an archaeal actin homolog, SeMet data

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fsk

タイトル

Crystal structure of Ta0583, an archaeal actin homolog, SeMet data

要素

hypothetical protein Ta0583

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Actin homolog / archaea / ATPase / MreB / ParM

機能・相同性

機能・相同性情報

ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermoplasma acidophilum (好酸性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Roeben, A. / Kofler, C. / Nagy, I. / Nickell, S. / Ulrich Hartl, F. / Bracher, A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of an archaeal actin homolog
著者: Roeben, A. / Kofler, C. / Nagy, I. / Nickell, S. / Ulrich Hartl, F. / Bracher, A.

履歴

登録	2006年1月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fsk.cif.gz	140.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fsk.ent.gz	108.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fsk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2fsk_validation.pdf.gz	438.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2fsk_full_validation.pdf.gz	444.8 KB	表示
XML形式データ	2fsk_validation.xml.gz	31.9 KB	表示
CIF形式データ	2fsk_validation.cif.gz	43.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/2fsk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fs/2fsk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fsjC 2fsnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1jce-d 4cze-d 5gn8-d 4czk-d 2bbd-1 4ryi-d 4czf-d 4czh-d 3lhk-1 4czg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein Ta0583

B: hypothetical protein Ta0583

74.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: hypothetical protein Ta0583

登録者が定義した集合体
37.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: hypothetical protein Ta0583

登録者が定義した集合体
37.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.482, 104.321, 62.546
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.15, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	hypothetical protein Ta0583 分子量: 37412.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma acidophilum (好酸性) / 株: DSM 1728 / 遺伝子: Ta0583 / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 / 参照: UniProt: Q9HKL4
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.92 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100mM Bis-Tris pH 6.5, 9-17% PEG-2000MME, 21-22% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 0.9788 Å

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月28日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9788 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.7 % / Av σ(I) over netI: 6.4 / 数: 149314 / R_merge(I) obs: 0.082 / R_sym value: 0.082 / D res high: 2.1 Å / D res low: 104.321 Å / Num. obs: 39827 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

ID: 1

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
6.64	39.96	1300	99.6	0.035	0.035	3.7
4.7	6.64	2331	100	0.043	0.043	3.7
3.83	4.7	2991	100	0.054	0.054	3.8
3.32	3.83	3538	100	0.062	0.062	3.8
2.97	3.32	3989	100	0.08	0.08	3.8
2.71	2.97	4428	100	0.101	0.101	3.8
2.51	2.71	4814	100	0.141	0.141	3.8
2.35	2.51	5171	100	0.187	0.187	3.7
2.21	2.35	5478	100	0.25	0.25	3.7
2.1	2.21	5787	100	0.338	0.338	3.7

反射

解像度: 2.1→104.321 Å / Num. obs: 39827 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 26.28 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / R_sym value: 0.082 / Net I/σ(I): 6.4

反射シェル

解像度: 2.1→2.21 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. measured all: 21583 / Num. unique obs: 5787 / R_sym value: 0.338

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.1 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.19 / 反射: 39759

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	ANO1	18.602	0.306	0.5	0.119	0.824
2	ANO1	32.121	0.888	0.123	0.215	0.844
3	ANO1	27.167	0.338	0.2	0.236	0.802
4	ANO1	19.814	0.049	0.396	0.209	0.775
5	ANO1	23.432	0.065	0.093	0.176	0.849
6	ANO1	31.225	0.492	0.473	0.17	0.873
7	ANO1	40.373	0.623	0.765	0.281	0.476
8	ANO1	60	0.945	0.854	0.012	0.831
9	ANO1	60	0.724	0.813	0.351	0.766
10	ANO1	60	0.273	0.218	0.005	0.727
11	ANO1	60	0.357	0.243	0.993	0.464

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
7.31-20	0.45	1968
4.7-7.31	0.36	3273
3.7-4.7	0.28	4195
3.15-3.7	0.24	4910
2.79-3.15	0.2	5559
2.52-2.79	0.14	6093
2.33-2.52	0.1	6643
2.17-2.33	0.07	7118

Phasing dm

FOM : 0.48 / FOM acentric: 0.48 / FOM centric: 0.45 / 反射: 39759 / Reflection acentric: 38590 / Reflection centric: 1169

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6-19.982	0.88	0.89	0.76	1704	1575	129
3.8-6	0.86	0.86	0.72	5324	5097	227
3-3.8	0.74	0.74	0.61	6662	6455	207
2.6-3	0.51	0.51	0.38	6729	6550	179
2.3-2.6	0.29	0.29	0.22	11930	11656	274
2.1-2.3	0.15	0.15	0.1	7410	7257	153

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
SOLVE	2.01	位相決定
RESOLVE	2.01	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→62.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 4.696 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.225	1997	5 %	RANDOM
R_work	0.174	-	-	-
all	0.176	-	-	-
obs	-	39759	99.86 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.658 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.81 Å²	0 Å²	0.65 Å²
2-	-	0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→62.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4792	0	0	379	5171

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	4869
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4629
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.594	1.977	6609
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.88	3	10721
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.464	5	641
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	775
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5462
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	919
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	931
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.245	0.2	5370
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	3079
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.221	0.2	243
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.29	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.293	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.232	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.996	1.5	3176
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.867	2	5099
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.062	3	1693
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.198	4.5	1510

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.275	141
R_work	0.2	2786
obs	-	2927

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関連情報:EMDBヘッダ

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