PDB-3lhk: Crystal structure of putative DNA binding protein from Methanocal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3lhk

タイトル

Crystal structure of putative DNA binding protein from Methanocaldococcus jannaschii.

要素

putative DNA binding protein MJ0014

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / MCSG / PSI-2 / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA strand exchange activity / DNA recombination / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Chang, C. / Chhor, G. / Cobb, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative DNA binding protein from Methanocaldococcus jannaschii.
著者: Chang, C. / Chhor, G. / Cobb, G. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年1月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3lhk.cif.gz	133.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3lhk.ent.gz	106.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3lhk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/3lhk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/3lhk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6dgc-1 4ryi-d 6dgc-2 3ilx-d 2fsk-1 3lhf-1 3o3i-1 5xax-d 6ryi-2 7cfi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC63340.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: putative DNA binding protein MJ0014

B: putative DNA binding protein MJ0014

C: putative DNA binding protein MJ0014

D: putative DNA binding protein MJ0014

73 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: putative DNA binding protein MJ0014

B: putative DNA binding protein MJ0014

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: putative DNA binding protein MJ0014

D: putative DNA binding protein MJ0014

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.349, 86.160, 115.464
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	putative DNA binding protein MJ0014 分子量: 18240.725 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 63-213 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌) 株: DSM 2661 / 遺伝子: MJ0014 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q60329
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.35 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 20 mM Citric acid 80 mM Bis-Tris propane 16 % PEG 3350, pH 8.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97904 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月21日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97904 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 39857 / Num. obs: 39846 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 34.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 27.9
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.536 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1968 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 12.025 / SU ML: 0.139 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.204
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24927	2000	5 %	RANDOM
R_work	0.20347	-	-	-
all	0.20577	39774	-	-
obs	0.20577	39774	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.36 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.84 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4758	0	0	282	5040

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4839
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.356	1.967	6474
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.278	5	577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.001	24.186	215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.325	15	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.475	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	720
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3465
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.69	1.5	2877
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.353	2	4650
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.239	3	1962
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.802	4.5	1824
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.201→2.258 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.252	135	-
R_work	0.219	2732	-
obs	-	2867	98.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1871	0.4841	-0.2606	2.4637	0.0211	0.6914	-0.0048	-0.1725	-0.43	0.0873	-0.092	-0.2524	0.0514	0.0593	0.0968	0.1005	0.0173	-0.0272	0.0715	0.0568	0.244	74.6299	80.1312	33.8856
2	1.225	-2.0219	-0.6227	11.5372	-1.0386	1.5291	0.1919	-0.2092	-0.0096	0.2211	-0.3175	-1.002	-0.2818	0.174	0.1256	0.1789	-0.0728	-0.1568	0.1938	0.0628	0.2508	84.5476	104.1475	42.8791
3	3.0449	0.348	0.1366	2.724	-0.2668	1.9555	0.0658	-0.2904	0.1615	0.3106	-0.0379	0.1283	-0.1608	-0.046	-0.0279	0.1585	0.0118	0.0029	0.107	-0.0319	0.038	55.6419	99.6976	41.1942
4	10.2455	-5.982	1.4753	13.9661	-0.8835	0.7809	0.1035	-0.9087	-0.078	1.8251	-0.3622	-0.3944	-0.1536	-0.1367	0.2587	0.4981	-0.1624	-0.2214	0.3288	0.054	0.107	80.0621	101.0988	52.9613
5	2.4029	-0.1613	0.0786	1.9477	-0.0792	1.919	0.034	-0.3905	-0.2478	0.1534	-0.0416	-0.124	0.1015	-0.1797	0.0076	0.1157	-0.0373	0.0201	0.1555	0.032	0.1243	60.5194	50.6439	42.3795
6	12.8938	-8.0957	1.1367	8.4843	-2.1874	2.7469	-0.3379	-2.1553	-0.5982	0.8448	0.5728	-0.1357	0.1968	-0.7456	-0.2349	0.3098	-0.2781	-0.0144	1.109	0.3079	0.168	35.9197	49.3109	53.978
7	6.6267	1.7405	0.1901	2.3582	0.3159	1.4346	-0.0757	-0.4565	1.1067	-0.0365	-0.0055	0.2809	-0.0339	-0.1806	0.0812	0.0809	0.0228	0.001	0.1224	-0.1192	0.2841	41.1345	69.6636	34.9539
8	8.3834	-5.3956	3.8462	14.3163	-3.4915	3.6687	0.6848	-1.2723	-1.0573	-0.963	-0.1715	1.1308	0.6734	-0.8497	-0.5133	0.2173	-0.2085	-0.0209	0.5222	0.1604	0.2592	32.0418	46.0134	43.9703

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	62 - 164
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	165 - 206
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	62 - 164
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	165 - 206
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	62 - 164
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	165 - 205
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	62 - 164
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	165 - 206

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