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万見
- PDB-5xax: Parallel homodimer structures of the extracellular domains of the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xax
タイトルParallel homodimer structures of the extracellular domains of the voltage-gated sodium channel beta4 subunit explain its role in cell-cell adhesion
要素Sodium channel subunit beta-4
キーワードCELL ADHESION / Ig
機能・相同性
機能・相同性情報


AV node cell action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / positive regulation of sodium ion transport / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / regulation of heart rate by cardiac conduction / intercalated disc / sodium channel regulator activity ...AV node cell action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / positive regulation of sodium ion transport / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / regulation of heart rate by cardiac conduction / intercalated disc / sodium channel regulator activity / neuronal action potential / sodium ion transmembrane transport / establishment of localization in cell / transmembrane transporter binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Myelin P0 protein-related / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...Myelin P0 protein-related / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium channel regulatory subunit beta-4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.903 Å
データ登録者Shimizu, H. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Parallel homodimer structures of the extracellular domains of the voltage-gated sodium channel beta 4 subunit explain its role in cell-cell adhesion
著者: Shimizu, H. / Tosaki, A. / Ohsawa, N. / Ishizuka-Katsura, Y. / Shoji, S. / Miyazaki, H. / Oyama, F. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Sekine, S.I. / Nukina, N. / Yokoyama, S.
履歴
登録2017年3月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium channel subunit beta-4
B: Sodium channel subunit beta-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6753
ポリマ－31,5832
非ポリマー921
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2510 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.545, 131.545, 131.545
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質 Sodium channel subunit beta-4


分子量: 15791.683 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellula domain, UNP residues 30-160 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Scn4b, Gm1471
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: Q7M729
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.7M Na-malonate, 0.1M Tris-HCl (pH 7.0), 0.5 % (v/v) Tween 20

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.8 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→35.2 Å / Num. obs: 8526 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.8 % / Net I/σ(I): 31.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AYQ

5ayq


解像度: 2.903→35.157 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2994 853 10 %
Rwork0.2468 --
obs0.252 8526 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.903→35.157 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1885 0 6 0 1891
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051917
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9782590
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.5371149
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005327
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9025-3.08430.39171420.3461267X-RAY DIFFRACTION100
3.0843-3.32220.36911390.30861272X-RAY DIFFRACTION100
3.3222-3.65620.34451390.27881267X-RAY DIFFRACTION100
3.6562-4.18460.31841400.26291273X-RAY DIFFRACTION100
4.1846-5.26930.26451440.20641288X-RAY DIFFRACTION100
5.2693-35.15940.27341490.23291306X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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