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万見
- PDB-5xaw: Parallel homodimer structures of voltage-gated sodium channel bet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xaw
タイトルParallel homodimer structures of voltage-gated sodium channel beta4 for cell-cell adhesion
要素Sodium channel subunit beta-4
キーワードCELL ADHESION / Ig
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / AV node cell action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / cardiac conduction / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / positive regulation of sodium ion transport / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / voltage-gated sodium channel complex / Interaction between L1 and Ankyrins ...regulation of sodium ion transmembrane transporter activity / AV node cell action potential / voltage-gated sodium channel activity involved in cardiac muscle cell action potential / cardiac conduction / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / positive regulation of sodium ion transport / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / voltage-gated sodium channel complex / Interaction between L1 and Ankyrins / voltage-gated sodium channel activity / sodium ion transport / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of heart rate by cardiac conduction / intercalated disc / sodium channel regulator activity / neuronal action potential / cardiac muscle contraction / sodium ion transmembrane transport / establishment of localization in cell / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / transmembrane transporter binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Myelin P0 protein-related / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins ...Myelin P0 protein-related / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium channel regulatory subunit beta-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Shimizu, H. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Parallel homodimer structures of the extracellular domains of the voltage-gated sodium channel beta 4 subunit explain its role in cell-cell adhesion
著者: Shimizu, H. / Tosaki, A. / Ohsawa, N. / Ishizuka-Katsura, Y. / Shoji, S. / Miyazaki, H. / Oyama, F. / Terada, T. / Shirouzu, M. / Sekine, S.I. / Nukina, N. / Yokoyama, S.
履歴
登録2017年3月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium channel subunit beta-4
B: Sodium channel subunit beta-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1999
ポリマ－27,7792
非ポリマー1,4207
水73941
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area11900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.079, 57.079, 72.024
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Sodium channel subunit beta-4


分子量: 13889.707 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-152 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCN4B / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q8IWT1
#2: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / 詳細: 10% (w/v) PEG1000, 10% (w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→29.107 Å / Num. obs: 14834 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 32.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AYQ

5ayq


解像度: 2.101→29.107 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2639 1483 10 %
Rwork0.2043 --
obs0.2102 14834 96.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.101→29.107 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1765 0 95 41 1901
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071885
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9642516
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.1951114
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006305
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1011-2.16890.34981050.2453940X-RAY DIFFRACTION76
2.1689-2.24630.25261360.24481179X-RAY DIFFRACTION92
2.2463-2.33620.3091310.22111221X-RAY DIFFRACTION99
2.3362-2.44250.2261430.20891257X-RAY DIFFRACTION100
2.4425-2.57120.32751400.21281259X-RAY DIFFRACTION100
2.5712-2.73220.29071380.21531247X-RAY DIFFRACTION100
2.7322-2.9430.24741340.2191241X-RAY DIFFRACTION100
2.943-3.23880.26591380.21431255X-RAY DIFFRACTION100
3.2388-3.70660.23721460.18941248X-RAY DIFFRACTION100
3.7066-4.66690.26971320.18581262X-RAY DIFFRACTION100
4.6669-29.10970.26011400.20781242X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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