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- PDB-2fse: Crystallographic structure of a rheumatoid arthritis MHC suscepti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fse
タイトルCrystallographic structure of a rheumatoid arthritis MHC susceptibility allele, HLA-DR1 (DRB1*0101), complexed with the immunodominant determinant of human type II collagen
要素
  • Collagen alpha-1(II)
  • H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain
  • HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / STRUCTURAL PROTEIN / rheumatoid arthritis / HLA-DR1 / collagen type II / antigen presentation
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen type II trimer / collagen type XI trimer / anterior head development / embryonic skeletal joint morphogenesis / otic vesicle development / Collagen chain trimerization / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / platelet-derived growth factor binding / regulation of interleukin-4 production / Extracellular matrix organization ...collagen type II trimer / collagen type XI trimer / anterior head development / embryonic skeletal joint morphogenesis / otic vesicle development / Collagen chain trimerization / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / platelet-derived growth factor binding / regulation of interleukin-4 production / Extracellular matrix organization / notochord development / limb bud formation / regulation of interleukin-10 production / proteoglycan metabolic process / cartilage development involved in endochondral bone morphogenesis / myeloid dendritic cell antigen processing and presentation / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class II / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / autolysosome membrane / regulation of T-helper cell differentiation / positive regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / MHC class II receptor activity / Signaling by PDGF / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / MHC class II protein binding / tissue homeostasis / cellular response to BMP stimulus / endochondral ossification / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / positive regulation of T cell mediated immune response to tumor cell / positive regulation of kinase activity / positive regulation of memory T cell differentiation / CD4 receptor binding / NCAM1 interactions / positive regulation of monocyte differentiation / inflammatory response to antigenic stimulus / collagen fibril organization / proteoglycan binding / cartilage development / intermediate filament / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / MET activates PTK2 signaling / inner ear morphogenesis / T-helper 1 type immune response / cartilage condensation / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / roof of mouth development / polysaccharide binding / Collagen degradation / negative regulation of type II interferon production / humoral immune response / macrophage differentiation / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / basement membrane / Non-integrin membrane-ECM interactions / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Co-inhibition by PD-1 / epidermis development / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / chondrocyte differentiation / detection of bacterium / T cell receptor binding / heart morphogenesis / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of T cell proliferation / visual perception / MHC class II antigen presentation / central nervous system development / trans-Golgi network membrane / skeletal system development / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / protein tetramerization / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / sensory perception of sound / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / structural constituent of cytoskeleton / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell activation / cognition / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / endocytic vesicle membrane / late endosome membrane / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / regulation of gene expression / early endosome membrane
類似検索 - 分子機能
Fibrillar collagen, C-terminal / Fibrillar collagen C-terminal domain / Fibrillar collagen C-terminal non-collagenous (NC1) domain profile. / Fibrillar collagens C-terminal domain / : / von Willebrand factor type C domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain ...Fibrillar collagen, C-terminal / Fibrillar collagen C-terminal domain / Fibrillar collagen C-terminal non-collagenous (NC1) domain profile. / Fibrillar collagens C-terminal domain / : / von Willebrand factor type C domain / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen, DR alpha chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain / Collagen alpha-1(II) chain / HLA class II histocompatibility antigen, DRB1 beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Ivey, R.A. / Rosloniec, E.F. / Whittington, K.B. / Kang, A.H. / Park, H.W.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2006
タイトル: Crystallographic Structure of a Rheumatoid Arthritis MHC Susceptibility Allele, HLA-DR1 (DRB1*0101), Complexed with the Immunodominant Determinant of Human Type II Collagen.
著者: Rosloniec, E.F. / Ivey, R.A. / Whittington, K.B. / Kang, A.H. / Park, H.W.
履歴
登録2006年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE THERE WAS NO SEQUENCE DATABASE REFERENCE AT THE TIME OF PROCESSING FOR THE MHC CHAINS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
C: H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain
D: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
E: Collagen alpha-1(II)
F: Collagen alpha-1(II)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,9626
ポリマ－87,9626
非ポリマー00
水55831
1
A: H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain
B: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
E: Collagen alpha-1(II)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9813
ポリマ－43,9813
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6890 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area18110 Å2
手法PISA
2
C: H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain
D: HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain
F: Collagen alpha-1(II)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9813
ポリマ－43,9813
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7050 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area17960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.810, 109.000, 170.550
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain


分子量: 20711.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chains A and C form a chimera with chains B and D, respectively
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pRmHA-3
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P01903
#2: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DRB1-1 beta chain


分子量: 21909.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: chains B and D form a chimera with chains A and C, respectively
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: pRmHA-3
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P04229, UniProt: P01911*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド Collagen alpha-1(II)


分子量: 1360.471 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COL2A1 / プラスミド: pRmHA-3
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: P02458
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% polyethylene glycol 3,350 and 200 mM ammonium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→91.287 Å / Num. all: 21330 / Num. obs: 20446 / % possible obs: 82.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Limit h max: 19 / Limit h min: 0 / Limit k max: 35 / Limit k min: 0 / Limit l max: 55 / Limit l min: 0 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.21 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2046 / Rsym value: 0.382 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→20 Å / σ(F): 1936
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 1712 8.1 %
Rwork0.222 --
obs-17458 82.4 %
溶媒の処理Bsol: 15.01 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 26.877 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.423 Å20 Å20 Å2
2--7.827 Å20 Å2
3----1.404 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6185 0 0 31 6216
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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