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- PDB-2fkc: Crystal Form I of Pre-Reactive Complex of Restriction Endonucleas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fkc
タイトルCrystal Form I of Pre-Reactive Complex of Restriction Endonuclease HinP1I with Cognate DNA and Calcium Ion
要素
  • 5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*G)-3'
  • R.HinP1I restriction endonuclease
キーワードHYDROLASE/DNA / RESTRICTION ENDONUCLEASE / PROTEIN DIMERIZATON / DNA SUPERHELIX / PROTEIN-DNA-METAL ION COMPLEX / HYDROLASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #40 / Restriction endonuclease, type II, HinP1I / R.HinP1I restriction endonuclease / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / R.HinP1I restriction endonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Horton, J.R.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2006
タイトル: DNA nicking by HinP1I endonuclease: bending, base flipping and minor groove expansion.
著者: Horton, J.R. / Zhang, X. / Maunus, R. / Yang, Z. / Wilson, G.G. / Roberts, R.J. / Cheng, X.
#1: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2005
タイトル: Structure of HinP1I endonuclease reveals a striking similarity to the monomeric restriction enzyme MspI
著者: Yang, Z. / Horton, J.R. / Maunus, R. / Wilson, G.G. / Roberts, R.J. / Cheng, X.
履歴
登録2006年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*G)-3'
E: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*G)-3'
A: R.HinP1I restriction endonuclease
B: R.HinP1I restriction endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8889
ポリマ－69,7676
非ポリマー1203
水79344
1
C: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*G)-3'
A: R.HinP1I restriction endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9645
ポリマ－34,8843
非ポリマー802
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*G)-3'
F: 5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*G)-3'
B: R.HinP1I restriction endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9244
ポリマ－34,8843
非ポリマー401
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.104, 105.104, 130.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*CP*CP*AP*GP*CP*GP*CP*TP*GP*G)-3'


分子量: 3045.992 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized Self-Annealing Oligonucleotide
#2: タンパク質 R.HinP1I restriction endonuclease


分子量: 28791.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: hinP1IR / プラスミド: pUC19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PR1
参照: GenBank: 57116674, UniProt: Q5I6E6*PLUS, type II site-specific deoxyribonuclease
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.37 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 7.5%(v/v) ethanol, 1.5M NaCl, 100mM Bis-Tris propane pH 7.8, and 20mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1ethanol11
2NaCl11
3Bis-Tris propane11
4CaCl211
5H2O11
6NaCl12
7CaCl212
8H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97179 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月27日
放射モノクロメーター: Si 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→19.89 Å / Num. all: 31659 / Num. obs: 31659 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 47 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 2.39→2.48 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.368 / Num. unique all: 3183 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
GLRF位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1YNM

1ynm


解像度: 2.39→19.89 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 3124 -RANDOM
Rwork0.222 ---
all0.227 31659 --
obs0.226 31145 93.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.31 Å2-0.63 Å20 Å2
2--1.41 Å20 Å2
3----3.73 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.33 Å
Luzzati d res low-19.89 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3981 808 3 44 4836
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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