PDB-6fz6: Crystal Structure of a radical SAM methyltransferase from Sphaero...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fz6

タイトル

Crystal Structure of a radical SAM methyltransferase from Sphaerobacter thermophilus

要素

Probable dual-specificity RNA methyltransferase RlmN

キーワード

TRANSFERASE / Radical SAM / rRNA / methyltransferase / antibiotic resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

23S rRNA (adenine2503-C2)-methyltransferase / tRNA (adenine(37)-C2)-methyltransferase activity / rRNA (adenine(2503)-C2-)-methyltransferase activity / tRNA methylation / rRNA base methylation / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / tRNA binding / rRNA binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphaerobacter thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.42 Å

データ登録者

Hinchliffe, P. / Shaw, J.M. / Spencer, J.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of a radical SAM methyltransferase from Sphaerobacter thermophilus
著者: Shaw, J.M. / Hinchliffe, P. / Spencer, J.

履歴

登録	2018年3月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fz6.cif.gz	298.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fz6.ent.gz	237.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fz6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6fz6_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fz6_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6fz6_validation.xml.gz	37.9 KB	表示
CIF形式データ	6fz6_validation.cif.gz	53.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/6fz6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fz/6fz6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2fkc-1 6rkf-6 6qfy-1 2c0c-1 6rkf-2 6rkf-5 6rkf-1 4lgt-1 3pfd-4 6rkf-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable dual-specificity RNA methyltransferase RlmN

B: Probable dual-specificity RNA methyltransferase RlmN

ヘテロ分子

83.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Probable dual-specificity RNA methyltransferase RlmN

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
41.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Probable dual-specificity RNA methyltransferase RlmN

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.840, 53.140, 113.570
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-506- HOH
2	1	B-808- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Probable dual-specificity RNA methyltransferase RlmN / 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase / 23S rRNA m2A2503 methyltransferase / Ribosomal ...23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase / 23S rRNA m2A2503 methyltransferase / Ribosomal RNA large subunit methyltransferase N / tRNA (adenine(37)-C(2))-methyltransferase / tRNA m2A37 methyltransferase 分子量: 40696.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphaerobacter thermophilus (strain DSM 20745 / S 6022) (バクテリア) 株: DSM 20745 / S 6022 / 遺伝子: rlmN, Sthe_1821 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: D1C4T7, 23S rRNA (adenine2503-C2)-methyltransferase

#1: タンパク質

Probable dual-specificity RNA methyltransferase RlmN / 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase / 23S rRNA m2A2503 methyltransferase / Ribosomal ...

分子量: 40696.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Sphaerobacter thermophilus (strain DSM 20745 / S 6022) (バクテリア)
株: DSM 20745 / S 6022 / 遺伝子: rlmN, Sthe_1821 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: D1C4T7, 23S rRNA (adenine2503-C2)-methyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 643分子

#2: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Fe₄S₄
#3: 化合物	ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₀N₆O₅S
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 636 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.39 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.03M Sodium fluoride; 0.03M Sodium bromide; 0.03M Sodium iodide, 0.1 M HEPES/MOPS pH 7.5, 20 % Glycerol, 10% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→57.01 Å / Num. obs: 150914 / % possible obs: 99.99 % / 冗長度: 13.07 % / CC_1/2: 0.9971 / R_merge(I) obs: 0.1318 / Net I/σ(I): 9.65
反射シェル	解像度: 1.42→1.44 Å / R_merge(I) obs: 2.6908 / Mean I/σ(I) obs: 0.95 / CC_1/2: 0.4936 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.42→49.287 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.13

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1871	7363	4.88 %
R_work	0.1661	-	-
obs	0.1671	150914	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.42→49.287 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5312	0	76	636	6024

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5544
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.109	7548
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.05	2099
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.11	873
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	982

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.42-1.4361	0.3411	255	0.3527	4777	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4361-1.453	0.3468	240	0.3332	4680	X-RAY DIFFRACTION	100
1.453-1.4708	0.3511	263	0.3207	4722	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4708-1.4894	0.353	236	0.2972	4721	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4894-1.509	0.2952	236	0.2873	4754	X-RAY DIFFRACTION	100
1.509-1.5296	0.2577	259	0.2591	4734	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5296-1.5515	0.2713	243	0.2405	4735	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5515-1.5747	0.2399	245	0.2238	4721	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5747-1.5993	0.2274	248	0.2104	4722	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5993-1.6255	0.2327	227	0.1979	4779	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6255-1.6535	0.2123	228	0.193	4776	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6535-1.6836	0.2182	229	0.187	4730	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6836-1.716	0.2038	267	0.1835	4768	X-RAY DIFFRACTION	100
1.716-1.751	0.2054	236	0.1664	4725	X-RAY DIFFRACTION	100
1.751-1.7891	0.1846	235	0.1628	4768	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7891-1.8307	0.1827	272	0.1584	4761	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8307-1.8765	0.1862	222	0.1561	4755	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8765-1.9272	0.168	225	0.1569	4789	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9272-1.9839	0.1713	237	0.1522	4770	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9839-2.048	0.1802	239	0.1536	4808	X-RAY DIFFRACTION	100
2.048-2.1212	0.1751	254	0.1572	4766	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1212-2.2061	0.1842	244	0.1541	4780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2061-2.3065	0.1786	257	0.1578	4793	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3065-2.4281	0.1638	273	0.1583	4786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4281-2.5802	0.1992	233	0.1571	4812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5802-2.7794	0.171	256	0.1606	4826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7794-3.0591	0.1912	248	0.1618	4840	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0591-3.5016	0.1822	252	0.1584	4879	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5016-4.4113	0.1577	239	0.1415	4947	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4113-49.3167	0.1697	265	0.1552	5127	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.811	-0.3403	0.6024	1.4721	0.1346	2.0859	-0.0043	-0.1768	0.0956	0.1111	0.0305	-0.0393	-0.0363	0.021	-0.0092	0.1799	0.0049	0.004	0.2142	-0.0348	0.1695	-9.5911	15.8885	-35.4074
2	0.8766	0.0592	-0.1641	0.4124	0.0371	0.5604	0.0045	0.077	0.0908	-0.0335	-0.0087	0.0029	-0.0472	-0.0299	0.0064	0.1495	0.0012	-0.0018	0.1508	0.0019	0.1664	-13.2337	10.9897	-54.7632
3	0.7277	-0.4262	-0.4221	1.9784	1.5486	2.0579	0.0061	-0.1046	-0.0433	0.2142	0.0608	0.0113	0.1011	0.036	0.0331	0.1899	-0.004	0.0025	0.1927	0.0034	0.187	-15.939	-3.8992	-49.0839
4	3.1199	-0.2403	1.326	1.1778	-0.7738	1.1277	0.0048	0.4634	-0.2839	-0.0584	0.0799	-0.0747	0.0835	0.2029	-0.0194	0.1957	0.0027	-0.015	0.2701	-0.078	0.2033	-9.9832	-11.8053	-70.175
5	0.8578	-0.3331	0.6198	1.0592	-0.0108	1.9338	0.0312	0.1461	-0.1177	0.0069	0.0149	-0.0273	0.0786	-0.0482	0.0208	0.1645	-0.0336	-0.0062	0.1885	-0.02	0.1688	-20.8691	-10.2071	-67.2042
6	1.3989	1.0995	0.0073	1.96	-0.1366	0.8538	0.1272	0.0406	0.1692	0.0846	-0.1519	0.2081	-0.1636	-0.2045	0.0259	0.1716	-0.0199	-0.0154	0.243	0.0088	0.1789	-29.0856	-3.6989	-70.8833
7	6.8176	3.2146	2.0735	3.7679	2.8388	5.4677	-0.1654	0.3377	0.356	-0.4404	0.1757	-0.1409	-0.5149	0.443	0.0015	0.3655	-0.0647	0.0268	0.378	0.0455	0.3049	-11.6531	11.8432	-68.6861
8	1.0559	-0.0685	0.2934	0.8892	0.0328	2.4584	0.0106	-0.3089	0.2495	0.1131	0.0596	-0.0314	-0.2515	0.0885	0.017	0.2222	0.0028	0.0222	0.246	-0.0821	0.2216	-12.3912	42.0178	17.8832
9	0.7883	-0.0969	-0.0247	0.7442	0.2982	0.5412	-0.0087	-0.0495	0.019	0.0059	0.0342	0.0682	-0.0019	-0.0924	0.0055	0.1473	-0.0064	0.0098	0.1411	0.0081	0.1475	-14.4764	27.2331	-0.2534
10	1.3588	-0.5376	0.3822	0.9758	-0.0764	2.0878	-0.0035	0.1618	-0.2017	0.0167	-0.0439	0.0722	0.0615	-0.1553	0.0117	0.1184	-0.0483	0.0042	0.1308	-0.0142	0.1509	-18.5798	13.127	-11.1541
11	1.0524	1.0389	-0.1203	2.5734	-0.3547	0.9697	0.0265	0.2213	0.1325	0.1134	-0.1271	0.3748	-0.1591	-0.4161	0.026	0.1796	-0.0233	-0.0111	0.302	-0.0333	0.2515	-27.818	18.0536	-14.7422
12	6.5802	2.5835	2.1398	4.523	3.9665	4.0956	-0.129	0.4876	0.5989	-0.4392	0.1696	-0.1518	-0.657	0.3828	-0.0573	0.4206	-0.0179	0.0044	0.4509	0.0655	0.3977	-13.6084	36.2069	-12.3444

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 47 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 48 through 177 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 178 through 215 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 216 through 235 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 236 through 302 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 303 through 333 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 335 through 340 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 0 through 70 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 71 through 235 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 236 through 302 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 303 through 333 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 335 through 340 )

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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