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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2fdy | ||||||
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タイトル | Microsomal P450 2A6 with the inhibitor Adrithiol bound | ||||||
![]() | Cytochrome P450 2A6 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / CYP2A6 / P450 2A6 / P450 / MONOOXYGENASE / DRUG METABOLIZING ENZYME / COUMARIN 7-HYDROXYLASE / NICOTINE OXIDASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() coumarin catabolic process / coumarin 7-hydroxylase activity / coumarin metabolic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / CYP2E1 reactions / arachidonic acid epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / steroid metabolic process ...coumarin catabolic process / coumarin 7-hydroxylase activity / coumarin metabolic process / 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; フラビンないしはフラボプロテインを片方の電子供与体とし、1分子の酸素を取り込む / CYP2E1 reactions / arachidonic acid epoxygenase activity / epoxygenase P450 pathway / Xenobiotics / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced flavin or flavoprotein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / steroid metabolic process / cytoplasmic microtubule / xenobiotic catabolic process / xenobiotic metabolic process / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yano, J.K. / Stout, C.D. / Johnson, E.F. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Synthetic Inhibitors of Cytochrome P-450 2A6: Inhibitory Activity, Difference Spectra, Mechanism of Inhibition, and Protein Cocrystallization. 著者: Yano, J.K. / Denton, T.T. / Cerny, M.A. / Zhang, X. / Johnson, E.F. / Cashman, J.R. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE RESIDUES 1-28 WERE REPLACED WITH THE SEQUENCE MAKKTS |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 394.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 322.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 79.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 107.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54671.637 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-HEM / #4: 化合物 | ChemComp-D4G / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG2000 monomethyl ether, TRIS, AMMONIUM SULFATE, ANAPOE-X-405, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月5日 詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(311) bent monochromator (horizontal focusing) |
放射 | モノクロメーター: single crystal Si(311) bent monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→42.41 Å / Num. all: 175945 / Num. obs: 171722 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 6.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.504 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 83.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1Z10 解像度: 1.95→42.41 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→42.41 Å
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拘束条件 |
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