PDB-2fd9: X-ray Crystal Structure of Chemically Synthesized Crambin-{alpha}...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2fd9

タイトル

X-ray Crystal Structure of Chemically Synthesized Crambin-{alpha}carboxamide

要素

Crambin

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / crambin

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response / extracellular region
類似検索 - 分子機能

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Bang, D. / Tereshko, V. / Kossiakoff, A.A. / Kent, S.B.

引用

ジャーナル: Mol Biosyst / 年: 2009
タイトル: Role of a salt bridge in the model protein crambin explored by chemical protein synthesis: X-ray structure of a unique protein analogue, [V15A]crambin-alpha-carboxamide.
著者: Bang, D. / Tereshko, V. / Kossiakoff, A.A. / Kent, S.B.

履歴

登録	2005年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2fd9.cif.gz	15.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2fd9.ent.gz	12.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2fd9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/2fd9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fd/2fd9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2fd7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3szs-3 2eya-d 1crn-d 1yv8-d 1ab1-d 3u7t-d 6d8s-d 1ed0-d 1qdh-d 1jxy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Crambin

4.74 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.581, 67.581, 39.487
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

#1: タンパク質・ペプチド	Crambin 分子量: 4738.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: The protein was chemically synthesized. The sequence of the protein can be naturally found in Crambe abyssinica (Abyssinian crambe). 参照: UniProt: P01542
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.76 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: X-ray crystallography-quality crystals for crambin-carboxamide were formed by mixing 2 ul of protein (10 mg/ml in pH 7.5 100mM HEPES buffer containing 150 mM NaCl) and 2 ul of a 0.8 M ...詳細: X-ray crystallography-quality crystals for crambin-carboxamide were formed by mixing 2 ul of protein (10 mg/ml in pH 7.5 100mM HEPES buffer containing 150 mM NaCl) and 2 ul of a 0.8 M succinic acid (used for X-ray diffraction), or by mixing 2 ul of the protein solution with 2 ul of 0.1 M HEPES buffer containing 15% v/v tacsimate and 2% w/v polyethylene glycol 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

結晶

マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.76 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: X-ray crystallography-quality crystals for crambin-carboxamide were formed by mixing 2 ul of protein (10 mg/ml in pH 7.5 100mM HEPES buffer containing 150 mM NaCl) and 2 ul of a 0.8 M ...

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.6→20 Å / Num. all: 4566 / Num. obs: 4354
反射シェル	解像度: 1.601→1.643 Å

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.1.9999 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 7.472 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23385	212	4.6 %	RANDOM
R_work	0.21552	-	-	-
all	0.2165	4566	-	-
obs	0.2165	4354	97.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.739 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.59 Å²	1.3 Å²	0 Å²
2-	-	2.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	299	0	0	10	309

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	308
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	278
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.547	1.972	425
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.964	3	650
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.117	5	42
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.985	22.5	8
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.862	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.58	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	54
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	253
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.087	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.137	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.155	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.327	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.101	1.5	278
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.216	1.5	87
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.42	2	350
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.306	3	107
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.922	4.5	75
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.601→1.643 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.332	12
R_work	0.295	279

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 0.9386 Å / Origin y: 17.8807 Å / Origin z: 4.9781 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.1298 Å²	-0.0658 Å²	0.003 Å²	-	0.2326 Å²	-0.016 Å²	-	-	0.0363 Å²
L	2.9916 °²	-0.0796 °²	0.4556 °²	-	5.4938 °²	0.1429 °²	-	-	11.8568 °²
S	-0.0844 Å °	0.1432 Å °	-0.0178 Å °	-0.0903 Å °	-0.0173 Å °	0.5092 Å °	0.2321 Å °	-1.8853 Å °	0.1017 Å °

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