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基本情報
| 登録情報 | データベース: PDB / ID: 2f6g | ||||||
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| タイトル | BenM effector binding domain | ||||||
要素 | HTH-type transcriptional regulator benM | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / LTTR / lysR-type transcriptional regulator / inducer binding domain / effector binding domain | ||||||
| 機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
| 生物種 | Acinetobacter baylyi (バクテリア) | ||||||
| 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.908 Å | ||||||
データ登録者 | Clark, T. / Haddad, S. / Ezezika, O. / Neidle, E. / Momany, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007タイトル: Distinct Effector-binding Sites Enable Synergistic Transcriptional Activation by BenM, a LysR-type Regulator. 著者: Ezezika, O.C. / Haddad, S. / Clark, T.J. / Neidle, E.L. / Momany, C. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2004タイトル: Crystallization of the effector-binding domains of BenM and BenM, LysR-type transcriptional regulators from Acinetobacter sp. ADP1. 著者: Clark, T. / Haddad, S. / Neidle, E. / Momany, C. | ||||||
| 履歴 |
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構造の表示
| 構造ビューア | 分子: Molmil Jmol/JSmol |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
| PDBx/mmCIF形式 | 2f6g.cif.gz | 117.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
|---|---|---|---|---|
| PDB形式 | pdb2f6g.ent.gz | 90.5 KB | 表示 | PDB形式 |
| PDBx/mmJSON形式 | 2f6g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
| その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
| アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/2f6g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f6/2f6g | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
| 登録構造単位 | ![]()
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| 1 |
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| 単位格子 |
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| 詳細 | The biological unit (effector binding domain) is the dimer in the asymmetric unit |
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要素
| #1: タンパク質 | 分子量: 26401.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baylyi (バクテリア)株: ADP1 / 遺伝子: benM, benR / プラスミド: pET21b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
| 実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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試料調製
| 結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 % |
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| 結晶化 | 温度: 288 K / 手法: microbatch under oil 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, sodium acetate, NaCl, tris, glycerol, imidazole, microbatch under oil, temperature 288K |
-データ収集
| 回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| 放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97937 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 放射波長 | 波長: 0.97937 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refln sys abs |
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| 反射 | 解像度: 1.908→58.321 Å / Num. obs: 29271 / Biso Wilson estimate: 27.81656 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 反射 シェル |
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解析
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| 精密化 | 構造決定の手法: 分子置換開始モデル: PDB Entry 2F6P 解像度: 1.908→58.321 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / WRfactor Rfree: 0.232 / WRfactor Rwork: 0.19 / SU B: 7.561 / SU ML: 0.118 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.246 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| 溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 原子変位パラメータ | Biso mean: 28.476 Å2
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| 精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.908→58.321 Å
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| 拘束条件 |
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| LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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| 精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| 精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
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ムービー
コントローラー
万見について




Acinetobacter baylyi (バクテリア)
X線回折
引用
















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