PDB-2f5v: Reaction geometry and thermostability mutant of pyranose 2-oxidas...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2f5v

タイトル

Reaction geometry and thermostability mutant of pyranose 2-oxidase from the white-rot fungus Peniophora sp.

要素

Pyranose 2-oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Flavoprotein / Rossmann-fold / PHBH-fold / GMC oxidoreductase / glutathion-reductase related fold / tetramer / D2

機能・相同性

機能・相同性情報

pyranose oxidase / pyranose oxidase activity / flavin adenine dinucleotide binding / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Peniophora sp. SG (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.41 Å

データ登録者

Bannwarth, M. / Bastian, S. / Heckmann-Pohl, D. / Giffhorn, F. / Schulz, G.E.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Reaction Geometry and Thermostable Variant of Pyranose 2-Oxidase from the White-Rot Fungus Peniophora sp.
著者: Bannwarth, M. / Heckmann-Pohl, D. / Bastian, S. / Giffhorn, F. / Schulz, G.E.

履歴

登録	2005年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年6月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_source / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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CIF形式データ	2f5v_validation.cif.gz	25.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/2f5v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f5/2f5v	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2f6cC 1tzl C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4moq-1 3lsm-1 3pl8-1 2f6c-1 3k4l-1 3k4c-d 4mop-d 4mol-d 4mof-1 4mos-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

67.8 kDa, 1 ポリマー
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1

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

A: Pyranose 2-oxidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
271 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	102.195, 102.195, 119.856
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質	Pyranose 2-oxidase / P2Ox / Pyranose oxidase / PROD / POD / POx / Pyranose:oxygen 2-oxidoreductase / Glucose 2- oxidase ...P2Ox / Pyranose oxidase / PROD / POD / POx / Pyranose:oxygen 2-oxidoreductase / Glucose 2- oxidase / FAD-oxidoreductase 分子量: 66512.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Peniophora sp. SG (菌類) / 遺伝子: p2ox, poxSG / プラスミド: pET-24a-(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8J136, pyranose oxidase
#2: 糖	ChemComp-KBG / beta-D-arabino-hexopyranos-2-ulose / BETA-D-ARABINO-HEXOPYRANOS-2-ULOSE / β-D-arabino-2-ヘキソスロピラノ-スタイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 178.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₀O₆

#1: タンパク質

Pyranose 2-oxidase / P2Ox / Pyranose oxidase / PROD / POD / POx / Pyranose:oxygen 2-oxidoreductase / Glucose 2- oxidase ...

分子量: 66512.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Peniophora sp. SG (菌類) / 遺伝子: p2ox, poxSG / プラスミド: pET-24a-(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q8J136, pyranose oxidase

#2: 糖

ChemComp-KBG / beta-D-arabino-hexopyranos-2-ulose / BETA-D-ARABINO-HEXOPYRANOS-2-ULOSE / β-D-arabino-2-ヘキソスロピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 178.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₀O₆

-
非ポリマー , 4種, 803分子

#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 800 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.68 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 6 詳細: 19 % PEG 6000, MES/NaOH, pH=6.0, 4% n-Propanol additive, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K, pH 6.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8123
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8123 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.41→62 Å / Num. obs: 119166 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / B_iso Wilson estimate: 15.8 Å² / R_sym value: 0.058 / Net I/σ(I): 27
反射シェル	解像度: 1.41→1.45 Å / 冗長度: 14.1 % / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / R_sym value: 0.38 / % possible all: 80

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MAR345		データ収集
XDS		データスケーリング
EPMR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.41→62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 1.971 / SU ML: 0.038 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.178	2384	2 %	RANDOM
R_work	0.149	-	-	-
obs	0.149	116780	100 %	-
all	-	119166	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.8 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.8 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.41→62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4549	0	85	800	5434

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	4766
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	4142
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.605	1.969	6467
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.86	3.002	9610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.917	5	576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.999	24.489	225
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.26	15	760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.406	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	701
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5278
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	941
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	957
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.19	0.2	4328
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	2364
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	2659
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	555
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.206	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.182	0.2	131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.14	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.212	1.5	3697
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.272	1.5	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.458	2	4689
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.334	3	2186
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.24	4.5	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.41→1.45 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.369	138	-
R_work	0.329	6735	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0524	0.206	-0.0965	0.8436	0.0087	0.4018	0.0683	-0.1194	0.0302	0.1566	-0.0191	0.0629	0.0122	0.0037	-0.0492	-0.1272	-0.0111	0.0183	-0.1571	-0.0108	0.0095	-2.354	17.646	42.502
2	0.3723	-0.1987	0.0306	0.5806	0.0845	0.0707	0.0079	0.0493	-0.0269	0.0134	-0.034	-0.0211	0.0441	0.0375	0.0261	-0.1279	-0.0038	0.0069	-0.1496	0.0002	0.0338	4.737	2.834	25.372
3	0.2821	0.4068	0.1761	1.1018	0.3878	0.1447	-0.0063	-0.0085	0.0292	-0.1	-0.0335	0.0247	-0.0111	0.0053	0.0398	-0.1158	-0.0041	-0.0108	-0.1235	-0.0022	0.0376	-17.391	10.533	5.209
4	0.303	0.0843	0.089	0.2669	-0.0522	0.4005	-0.007	-0.0026	0.0056	0.002	0.0081	0.0108	-0.0193	0.0328	-0.001	-0.1584	-0.0019	0.0031	-0.1674	-0.012	-0.002	7.24	19.21	25.242
5	0.7571	-0.2695	-0.2193	1.5839	0.6151	1.635	0.0011	-0.0199	0.0816	0.1175	0.0345	-0.0765	-0.0741	0.125	-0.0356	-0.1613	-0.0218	-0.0101	-0.1352	-0.0225	0.0137	17.218	26.902	32.766
6	1.8055	1.0818	-0.1556	2.8959	-0.3644	1.2484	-0.0787	0.0915	-0.0065	-0.091	0.0436	-0.2113	0.0697	0.0721	0.0351	-0.1747	0.0002	-0.0169	-0.1423	-0.0087	0.0408	28.586	14.938	15.465
7	2.1357	-0.2162	-1.1836	0.3979	0.3638	1.453	-0.0539	-0.108	-0.167	0.123	0.043	-0.0294	0.1812	0.1137	0.0109	-0.1314	0.0108	-0.0174	-0.1608	-0.005	0.0172	13.933	7.798	34.551
8	2.9784	0.5685	0.6679	2.0708	1.1193	2.734	0.0563	-0.3268	-0.1416	0.3907	0.0154	-0.0909	0.1367	0.2294	-0.0717	-0.0533	-0.0069	0.0095	-0.1139	0.0178	0.0057	0.029	12.345	50.021
9	1.3362	-0.3277	-0.5085	1.4627	0.5404	0.5639	0.0049	-0.0885	-0.0278	0.1449	-0.0238	0.219	0.0297	-0.028	0.0189	-0.1343	-0.0075	0.042	-0.1398	-0.0123	0.0557	-14.289	23.105	39.519
10	0.9224	0.1465	-0.3032	1.6368	0.6429	1.1896	0.0397	0.049	0.1478	-0.1029	-0.0442	0.2234	-0.2284	-0.1428	0.0045	-0.1282	0.0315	-0.003	-0.1445	-0.0126	0.0733	-13.027	31.138	24.336
11	0.6754	-0.6071	-0.2755	0.974	0.3004	0.3387	0.0265	0.0503	0.0073	-0.0037	-0.0634	0.03	-0.0135	-0.0313	0.0369	-0.1856	0.0019	-0.0062	-0.1841	-0.0034	-0.0253	9.013	18.314	12.36
12	2.3154	-1.7715	0.0546	5.2098	0.019	0.7479	-0.0629	-0.0471	0.1096	0.2875	0.0999	-0.4044	0.0955	0.0692	-0.037	-0.1236	0.0205	-0.0388	-0.1341	-0.004	0.0579	36.987	-4.577	14.341
13	1.025	-0.5363	0.1388	3.2871	-0.2991	1.0381	-0.0557	-0.0053	-0.0225	0.037	0.0511	0.0022	-0.0062	-0.0167	0.0046	-0.1749	-0.0038	0.001	-0.1584	-0.0085	-0.0108	18.107	16.16	16.593
14	1.0529	-1.6874	-0.5134	3.3452	0.9539	0.4023	-0.0184	-0.0169	-0.1556	0.0547	-0.0264	0.2596	0.0288	0.0032	0.0449	-0.1678	-0.003	-0.0065	-0.1672	0	0.0155	13.438	10.237	11.854
15	1.2923	0.5945	-0.6803	1.5017	-0.7647	1.0181	0.0255	0.0631	0.1106	-0.0175	0.0529	0.2101	0.0174	-0.1027	-0.0784	-0.1665	0.0037	-0.015	-0.1588	-0.0162	0.0329	-10.85	24.238	17.197
16	0.731	-0.3723	-0.2459	0.7776	0.4382	0.6807	0.0213	0.0142	0.023	-0.0185	-0.0424	-0.0071	-0.0034	-0.0402	0.0211	-0.1745	0.0026	-0.0046	-0.1744	0.0031	-0.021	13.923	17.849	5.417
17	0.2448	0.2307	0.0036	1.0699	0.7332	1.2653	0.0079	0.0032	0.075	-0.0035	0.0046	0.0881	-0.0753	0.0017	-0.0125	-0.1647	-0.0004	0.009	-0.174	-0.0147	0.0264	-0.035	33.573	27.332
18	0.4951	-0.0526	-0.161	0.7385	0.3489	0.8986	0.0277	-0.0737	0.0499	0.1356	-0.0303	0.0377	0.0377	0.008	0.0025	-0.1555	-0.0144	0.0122	-0.1727	-0.0231	0.0052	3.068	28.398	37.71
19	2.6433	-1.121	-1.5326	0.7782	0.842	1.148	-0.0023	0.0253	-0.0848	-0.0033	-0.0122	-0.0131	0.0494	0.0069	0.0145	-0.1667	-0.0018	0.0087	-0.1788	-0.0086	0.0006	1.211	15.837	27.906

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	43 - 83	15 - 55
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	84 - 116	56 - 88
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	117 - 152	89 - 124
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	153 - 181	125 - 153
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	182 - 214	154 - 186
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	215 - 239	187 - 211
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	240 - 263	212 - 235
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	264 - 280	236 - 252
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	281 - 320	253 - 292
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	321 - 352	293 - 324
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	A	353 - 369	325 - 341
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	A	370 - 429	342 - 401
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	A	430 - 455	402 - 427
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	A	456 - 480	428 - 452
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	A	481 - 509	453 - 481
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	A	510 - 543	482 - 515
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	A	544 - 574	516 - 546
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	A	575 - 619	547 - 591
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	C	1625

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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