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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2f4e | ||||||
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タイトル | N-terminal domain of FKBP42 from Arabidopsis thaliana | ||||||
![]() | AtFKBP42 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / FKBP-like / alpha-beta | ||||||
機能・相同性 | ![]() leaf development / auxin-activated signaling pathway / vacuolar membrane / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / calmodulin binding / endoplasmic reticulum / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Weiergraber, O.H. / Eckhoff, A. / Granzin, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a plant immunophilin domain involved in regulation of MDR-type ABC transporters. 著者: Weiergraber, O.H. / Eckhoff, A. / Granzin, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 64.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 46.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1fkfS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20077.248 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal FKBP-type domain, residues 1-180 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ecotype Columbia / 遺伝子: TWD1 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.23 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 2.5 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium chloride, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年10月5日 / 詳細: monochromators, mirrors |
放射 | モノクロメーター: Diamond, Germanium / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.32→34.28 Å / Num. all: 11953 / Num. obs: 11953 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 46.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 8.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.32→2.45 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.198 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1699 / Rsym value: 0.198 / % possible all: 98.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1FKF 解像度: 2.32→34.28 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 44.215 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.32→34.28 Å
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拘束条件 |
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