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- PDB-6qgk: Structure of human Bcl-2 in complex with THIQ-phenyl pyrazole compound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qgk
タイトルStructure of human Bcl-2 in complex with THIQ-phenyl pyrazole compound
要素Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1,Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1
キーワードAPOPTOSIS / BCL2 / drug design / small molecule inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / channel inhibitor activity / melanin metabolic process ...negative regulation of cellular pH reduction / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / channel inhibitor activity / melanin metabolic process / positive regulation of neuron maturation / myeloid cell apoptotic process / cochlear nucleus development / osteoblast proliferation / mesenchymal cell development / retinal cell programmed cell death / negative regulation of osteoblast proliferation / stem cell development / gland morphogenesis / apoptotic process in bone marrow cell / renal system process / regulation of cell-matrix adhesion / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / ear development / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / dendritic cell proliferation / lymphoid progenitor cell differentiation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / melanocyte differentiation / T cell apoptotic process / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / glomerulus development / regulation of nitrogen utilization / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / oocyte development / focal adhesion assembly / negative regulation of T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / metanephros development / positive regulation of multicellular organism growth / neuron maturation / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / negative regulation of motor neuron apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / regulation of viral genome replication / negative regulation of execution phase of apoptosis / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / regulation of mitochondrial membrane permeability / fertilization / regulation of growth / response to UV-B / calcium ion transport into cytosol / negative regulation of ossification / response to iron ion / axon regeneration / epithelial cell apoptotic process / motor neuron apoptotic process / Bcl-2 family protein complex / negative regulation of mitochondrial depolarization / positive regulation of smooth muscle cell migration / smooth muscle cell migration / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / negative regulation of B cell apoptotic process / organ growth / hair follicle morphogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / cellular response to alkaloid / response to cycloheximide / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / digestive tract morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / hepatocyte apoptotic process / B cell lineage commitment / pore complex / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / apoptotic mitochondrial changes / germ cell development / T cell homeostasis / BH3 domain binding / regulation of transmembrane transporter activity / regulation of calcium ion transport / B cell homeostasis / B cell proliferation / humoral immune response / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of anoikis / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / Activation of BAD and translocation to mitochondria
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site ...Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-J1Q / Apoptosis regulator Bcl-2 / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Dokurno, P. / Murray, J. / Davidson, J. / Chen, I. / Davis, B. / Graham, C.J. / Harris, R. / Jordan, A.M. / Matassova, N. / Pedder, C. ...Dokurno, P. / Murray, J. / Davidson, J. / Chen, I. / Davis, B. / Graham, C.J. / Harris, R. / Jordan, A.M. / Matassova, N. / Pedder, C. / Ray, S. / Roughley, S. / Smith, J. / Walmsley, C. / Wang, Y. / Whitehead, N. / Williamson, D.S. / Casara, P. / Le Diguarher, T. / Hickman, J. / Stark, J. / Kotschy, A. / Geneste, O. / Hubbard, R.E.
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2019
タイトル: Establishing Drug Discovery and Identification of Hit Series for the Anti-apoptotic Proteins, Bcl-2 and Mcl-1.
著者: Murray, J.B. / Davidson, J. / Chen, I. / Davis, B. / Dokurno, P. / Graham, C.J. / Harris, R. / Jordan, A. / Matassova, N. / Pedder, C. / Ray, S. / Roughley, S.D. / Smith, J. / Walmsley, C. / ...著者: Murray, J.B. / Davidson, J. / Chen, I. / Davis, B. / Dokurno, P. / Graham, C.J. / Harris, R. / Jordan, A. / Matassova, N. / Pedder, C. / Ray, S. / Roughley, S.D. / Smith, J. / Walmsley, C. / Wang, Y. / Whitehead, N. / Williamson, D.S. / Casara, P. / Le Diguarher, T. / Hickman, J. / Stark, J. / Kotschy, A. / Geneste, O. / Hubbard, R.E.
履歴
登録2019年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年9月18日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.version
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1,Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8863
ポリマ－20,3251
非ポリマー5612
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area8170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.570, 50.104, 65.371
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1,Apoptosis regulator Bcl-2,Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 20325.404 Da / 分子数: 1
変異: H20S, E42A, E44A, L95Q, R106L, E114Q, F124G, R127Y, G128A, R129S, E135A, E165A, P168V, L175A, T178A, E179T, R183D
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2, BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10415, UniProt: Q07817
#2: 化合物 ChemComp-J1Q / 1-[2-[[(3~{S})-3-(aminomethyl)-3,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-2-yl]carbonyl]phenyl]-~{N},~{N}-dibutyl-5-methyl-pyrazole-3-carboxamide


分子量: 501.663 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H39N5O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.18 %
結晶化温度: 284 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2M Ca Acetate, 15% PEG4k, 0.1M Tris buffer pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9728 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月12日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9728 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→25 Å / Num. obs: 14748 / % possible obs: 82.8 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 1.076 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 64967
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.7-1.763.90.367940.881145.2
1.76-1.834.10.30810470.969160.4
1.83-1.914.30.28913471.043177.1
1.91-2.024.40.23115491.155188.4
2.02-2.144.50.1916621.195194.8
2.14-2.314.50.13817011.159196.4
2.31-2.544.50.10516741.086194.7
2.54-2.914.50.08916231.046190.2
2.91-3.664.50.06416051.032188.4
3.66-254.50.03717461.028191.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 3.007 / SU ML: 0.09 / SU R Cruickshank DPI: 0.1365 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.126
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2021 613 4.6 %RANDOM
Rwork0.1655 ---
obs0.1673 12725 88.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 96.3 Å2 / Biso mean: 29.485 Å2 / Biso min: 15.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.74 Å2-0 Å20 Å2
2---2.4 Å2-0 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1157 0 41 156 1354
Biso mean--21.84 40.65 -
残基数----148
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0141241
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0181048
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.451.6781687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0631.7062426
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8695150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.63121.54971
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.23115176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.415159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021446
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02271
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.896 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 66 -
Rwork0.228 1453 -
all-1519 -
obs--71.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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