PDB-6kzr: Crystal structure of mouse DCAR2 CRD domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kzr

タイトル

Crystal structure of mouse DCAR2 CRD domain

要素

C-type lectin domain family 4, member b1

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / C-type lectin

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding / adaptive immune response / innate immune response / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.304 Å

データ登録者

Omahdi, Z. / Horikawa, Y. / Toyonaga, K. / Teramoto, T. / Kakuta, Y. / Yamasaki, S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural insight into the recognition of pathogen-derived phosphoglycolipids by C-type lectin receptor DCAR.
著者: Omahdi, Z. / Horikawa, Y. / Nagae, M. / Toyonaga, K. / Imamura, A. / Takato, K. / Teramoto, T. / Ishida, H. / Kakuta, Y. / Yamasaki, S.

履歴

登録	2019年9月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kzr.cif.gz	79.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kzr.ent.gz	57 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kzr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/6kzr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/6kzr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lfjSC 6lkrC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ejl-d 6lfj-d 6v04-d 4p4c-d 5nle-2 5nm6-1 5nmj-1 1wly-d 5n1z-1 4twn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (8) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (8) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (6) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: C-type lectin domain family 4, member b1

B: C-type lectin domain family 4, member b1

ヘテロ分子

32.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: C-type lectin domain family 4, member b1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: C-type lectin domain family 4, member b1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.979, 72.435, 101.106
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	C-type lectin domain family 4, member b1 / Dendritic cell immuno-activating receptor beta isoform 分子量: 15856.835 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Clec4b1, Clec4b, Dcar / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9D8Q7
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.23 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→58.9 Å / Num. obs: 22002 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 2.3→2.44 Å / R_merge(I) obs: 0.687 / Mean I/σ(I) obs: 2.99 / Num. unique obs: 3468 / CC_1/2: 0.867

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6LFJ

6lfj

解像度: 2.304→43.971 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / WR_factor R_free: 0.186 / WR_factor R_work: 0.162 / Average fsc free: 0.9218 / Average fsc work: 0.9354 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.214 / ESU R Free: 0.18 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2207	1141	5.186 %
R_work	0.1888	20861	-
all	0.19	-	-
obs	-	22002	99.724 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.626 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.237 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.178 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.059 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.304→43.971 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2172	0	26	243	2441

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2353
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.018	1995
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.407	1.629	3207
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.37	1.579	4668
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.94	5	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.397	23.435	131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.537	15	386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.376	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	286
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2656
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	527
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	576
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.216	0.2	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.171	0.2	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	882
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	177
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.09	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.29	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.078	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.754	3.297	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.742	3.292	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.777	4.927	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.775	4.933	1365
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.015	3.791	1267
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.013	3.792	1268
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.691	5.469	1837
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.689	5.47	1838
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.208	39.874	2912
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.201	39.66	2878

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.304-2.363	0.324	76	0.25	1474	X-RAY DIFFRACTION	96.9962
2.363-2.428	0.345	74	0.231	1495	X-RAY DIFFRACTION	100
2.428-2.498	0.229	82	0.212	1427	X-RAY DIFFRACTION	100
2.498-2.575	0.205	70	0.203	1410	X-RAY DIFFRACTION	100
2.575-2.659	0.254	70	0.203	1370	X-RAY DIFFRACTION	100
2.659-2.753	0.247	81	0.204	1306	X-RAY DIFFRACTION	100
2.753-2.856	0.262	70	0.18	1276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.856-2.973	0.239	67	0.191	1221	X-RAY DIFFRACTION	100
2.973-3.104	0.253	68	0.182	1173	X-RAY DIFFRACTION	100
3.104-3.255	0.231	56	0.185	1140	X-RAY DIFFRACTION	100
3.255-3.431	0.214	64	0.192	1072	X-RAY DIFFRACTION	100
3.431-3.638	0.213	52	0.217	1027	X-RAY DIFFRACTION	99.815
3.638-3.888	0.317	48	0.255	974	X-RAY DIFFRACTION	99.7073
3.888-4.198	0.137	53	0.155	889	X-RAY DIFFRACTION	99.6825
4.198-4.597	0.15	50	0.134	834	X-RAY DIFFRACTION	100
4.597-5.136	0.157	39	0.138	765	X-RAY DIFFRACTION	100
5.136-5.923	0.196	46	0.142	671	X-RAY DIFFRACTION	100
5.923-7.235	0.19	36	0.175	587	X-RAY DIFFRACTION	100
7.235-10.156	0.178	26	0.136	462	X-RAY DIFFRACTION	100
10.156-43.971	0.243	13	0.238	288	X-RAY DIFFRACTION	98.366

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関連情報:EMDBヘッダ

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