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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2evj | ||||||
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タイトル | Structure of an Ndt80-DNA complex (MSE mutant mA9C) | ||||||
要素 |
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キーワード | CELL CYCLE/DNA / BETA-BARREL / IG-FOLD TRANSCRIPTION FACTOR / CELL CYCLE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nuclear chromosome / meiotic cell cycle / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / positive regulation of transcription by RNA polymerase II 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.89 Å | ||||||
データ登録者 | Lamoureux, J.S. / Glover, J.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2006 タイトル: Principles of Protein-DNA Recognition Revealed in the Structural Analysis of Ndt80-MSE DNA Complexes. 著者: Lamoureux, J.S. / Glover, J.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2evj.cif.gz | 101.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2evj.ent.gz | 72 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2evj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2evj_validation.pdf.gz | 443.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2evj_full_validation.pdf.gz | 447.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2evj_validation.xml.gz | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2evj_validation.cif.gz | 25.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/2evj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ev/2evj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4242.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: MUTANT MSE DNA STRAND 1 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 4317.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: MUTANT MSE DNA STRAND 2 |
#3: タンパク質 | 分子量: 39590.527 Da / 分子数: 1 / Fragment: NDT80 DNA BINDING DOMAIN / Mutation: s146g, i200t / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: NDT80 / プラスミド: pGEX-6P1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P38830 |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.35 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 30% PEG 400, 50 mM bis-tris-propane pH 7.0, 100 mM NaCl, 50 mM CaCl2, and 2 mM DTT. 1:1 Molar ratio protein:DNA, protein at 20mg/ml, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.0093 Å |
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月8日 |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator high-resolution double-crystal sagittal focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0093 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→81.65 Å / Num. all: 35986 / Num. obs: 35750 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.89→1.97 Å / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB 1MNN - MINUS DNA AT SEQUENCE CHANGES AND 1 BASEPAIR ADJACENT TO THOSE CHANGES 解像度: 1.89→35.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.714 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.89 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.89→35.58 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.89→1.941 Å / Total num. of bins used: 20 /
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