+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2evh | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of a Ndt80-DNA complex (MSE mutant mA7G) | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | CELL CYCLE/DNA / BETA-BARREL / IG-FOLD TRANSCRIPTION FACTOR / CELL CYCLE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() nuclear chromosome / meiotic cell cycle / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / cell division / positive regulation of transcription by RNA polymerase II 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lamoureux, J.S. / Glover, J.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Principles of Protein-DNA Recognition Revealed in the Structural Analysis of Ndt80-MSE DNA Complexes. 著者: Lamoureux, J.S. / Glover, J.N. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 71.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 443.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 446.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4282.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: MUTANT MSE DNA STRAND 1 |
---|---|
#2: DNA鎖 | 分子量: 4277.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: MUTANT MSE DNA STRAND 2 |
#3: タンパク質 | 分子量: 39590.527 Da / 分子数: 1 / Fragment: NDT80 DNA BINDING DOMAIN / Mutation: s146g, i200t / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: NDT80 / プラスミド: pGEX-6P1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.76 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 30% PEG 400, 50 mM bis-tris-propane pH 7.0, 100 mM NaCl, 50 mM CaCl2, and 5 mM DTT. 1:1 Molar ratio protein:DNA, protein at 15 mg/ml, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2001年12月8日 |
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock monochromator #1 high-resolution double-crystal sagittal focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0093 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.989→43.8 Å / Num. all: 29735 / Num. obs: 29735 / % possible obs: 97.23 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.989→2.12 Å / % possible all: 93.6 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB 1MNN - MINUS DNA AT SEQUENCE CHANGES AND 1 BASEPAIR ADJACENT TO THOSE CHANGES 解像度: 1.989→43.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.405 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.147 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.278 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.989→43.8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.989→2.04 Å / Total num. of bins used: 20 /
|