PDB-2etj: Crystal structure of Ribonuclease HII (EC 3.1.26.4) (RNase HII) (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2etj

タイトル

Crystal structure of Ribonuclease HII (EC 3.1.26.4) (RNase HII) (tm0915) from THERMOTOGA MARITIMA at 1.74 A resolution

要素

Ribonuclease HII

キーワード

HYDROLASE / tm0915 / Ribonuclease HII (EC 3.1.26.4) (RNase HII) / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonuclease H2 complex / DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / mismatch repair / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / manganese ion binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Ribonuclease HII (EC 3.1.26.4) (RNase HII) (tm0915) from THERMOTOGA MARITIMA at 1.74 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2005年10月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年11月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2etj.cif.gz	57.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2etj.ent.gz	42.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2etj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2etj_validation.pdf.gz	446.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2etj_full_validation.pdf.gz	448 KB	表示
XML形式データ	2etj_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	2etj_validation.cif.gz	16.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/2etj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/et/2etj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6gme-2 6a2q-1 4gml-2 6riu-d 6gme-1 4kd5-2 1aaz-d 4oor-1 4ov7-1 3m4i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 282784

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ribonuclease HII

ヘテロ分子

28.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.821, 51.821, 76.293
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	Ribonuclease HII / RNase HII 分子量: 28414.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: rnhB / プラスミド: HK100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X017, ribonuclease H
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.89 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 5.8 詳細: 0.2M MgCl2, 20.0% PEG-3350, No Buffer , pH 5.8, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.9797, 1.0000

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月29日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9797	1
2	1	1

反射

解像度: 1.74→18.15 Å / Num. obs: 23391 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.069 / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 7.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	R_sym value
1.74-1.79	99.5	2.8	0.469	1.5	1740	0.469
1.79-1.83	99.8	2.8	0.394	1.8	1678	0.394
1.83-1.89	99.4	2.8	0.372	1.9	1614	0.372
1.89-1.95	99.5	2.8	0.228	3	1609	0.228
1.95-2.01	99.6	2.8	0.185	3.8	1583	0.185
2.01-2.08	99.5	2.8	0.146	4.4	1470	0.146
2.08-2.16	99.7	2.8	0.125	5.5	1439	0.125
2.16-2.25	99.5	2.8	0.113	5.9	1419	0.113
2.25-2.35	99.7	2.8	0.106	6.5	1311	0.106
2.35-2.46	99.5	2.8	0.081	8.7	1265	0.081
2.46-2.59	99.8	2.8	0.075	9.2	1231	0.075
2.59-2.75	99.7	2.8	0.069	9.6	1130	0.069
2.75-2.94	99.9	2.8	0.063	10.5	1077	0.063
2.94-3.18	99.9	2.8	0.056	11.9	1005	0.056
3.18-3.48	99.7	2.8	0.053	11.8	931	0.053
3.48-3.89	99.8	2.8	0.05	12.9	828	0.05
3.89-4.49	99.7	2.8	0.045	14.1	729	0.045
4.49-5.5	99.5	2.7	0.047	13	624	0.047
5.5-7.78	98.6	2.7	0.052	12.3	483	0.052
7.78-18.15	85.1	2.5	0.048	14	225	0.048

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALA		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.601	データ抽出
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.74→18.15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 4.952 / SU ML: 0.08 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.111
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.219	1194	5.1 %	RANDOM
R_work	0.179	-	-	-
all	0.182	-	-	-
obs	-	22167	99.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.215 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→18.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1614	0	22	161	1797

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	1674
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.572	1.987	2246
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.959	3	2867
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.118	5	209
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.639	23.333	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.465	15	303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.538	15	13
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	263
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1818
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	335
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	360
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.203	0.2	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	793
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	878
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.087	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.31	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.263	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.294	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.513	3	1092
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.608	3	431
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.216	5	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.114	8	656
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.167	11	566

LS精密化シェル

解像度: 1.74→1.785 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	86	-
R_work	0.23	1650	-
obs	-	-	99.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 14.3853 Å / Origin y: 8.1884 Å / Origin z: 3.9748 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0846 Å²	0.0078 Å²	-0.0147 Å²	-	-0.007 Å²	0.0203 Å²	-	-	-0.0677 Å²
L	1.7344 °²	0.0144 °²	-0.5758 °²	-	0.7987 °²	0.421 °²	-	-	0.9833 °²
S	-0.0456 Å °	-0.0483 Å °	-0.1762 Å °	0.0504 Å °	-0.0161 Å °	0.0593 Å °	0.0455 Å °	-0.0402 Å °	0.0617 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: all

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)