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- PDB-2etj: Crystal structure of Ribonuclease HII (EC 3.1.26.4) (RNase HII) (... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2etj | ||||||
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Title | Crystal structure of Ribonuclease HII (EC 3.1.26.4) (RNase HII) (tm0915) from THERMOTOGA MARITIMA at 1.74 A resolution | ||||||
![]() | Ribonuclease HII | ||||||
![]() | HYDROLASE / tm0915 / Ribonuclease HII (EC 3.1.26.4) (RNase HII) / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI | ||||||
Function / homology | ![]() ribonuclease H2 complex / DNA replication, removal of RNA primer / ribonuclease H / mismatch repair / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / manganese ion binding / RNA binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of Ribonuclease HII (EC 3.1.26.4) (RNase HII) (tm0915) from THERMOTOGA MARITIMA at 1.74 A resolution Authors: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 57.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 42.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 446.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 448 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 11.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 16.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 28414.020 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||
---|---|---|---|
#2: Chemical | ChemComp-MG / | ||
#3: Chemical | ChemComp-CL / | ||
#4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.89 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop, nanodrop / pH: 5.8 Details: 0.2M MgCl2, 20.0% PEG-3350, No Buffer , pH 5.8, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Sep 29, 2005 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.74→18.15 Å / Num. obs: 23391 / % possible obs: 99.4 % / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 7.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.215 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.74→18.15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.74→1.785 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 14.3853 Å / Origin y: 8.1884 Å / Origin z: 3.9748 Å
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Refinement TLS group | Selection: all |