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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ese | ||||||
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タイトル | Structure of the SAM domain of Vts1p in complex with RNA | ||||||
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![]() | Protein/RNA Complex / protein-RNA complex / shape specific recognition / SAM domain / stem-loop / Protein-RNA Complex COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() flap-structured DNA binding / nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / positive regulation of DNA metabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / P-body / protein transport / nucleotide binding / mRNA binding / RNA binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
![]() | Allain, F.H.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Shape-specific recognition in the structure of the Vts1p SAM domain with RNA. 著者: Oberstrass, F.C. / Lee, A. / Stefl, R. / Janis, M. / Chanfreau, G. / Allain, F.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 823.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 687 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 392.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 642.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 33.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 61.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 7372.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA was prepared by in vitro transcription |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11561.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pET28 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR |
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試料調製
詳細 | 内容: 0.8mM Protein, 0.8mM RNA |
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試料状態 | イオン強度: 50mM NaCl, 50mM Phosphate-Buffer / pH: 6.5 / 温度: 303 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | ||||||||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: refined with NOEs, dihedral angles, and residual dipolar couplings | ||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |