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万見
- PDB-2ejn: Structural characterization of the tetrameric form of the major c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ejn
タイトルStructural characterization of the tetrameric form of the major cat allergen fel D 1
要素Major allergen I polypeptide chain 1, chain 2
キーワードALLERGEN / CAT ALLERGEN / UTEROGLOBIN / SECRETOGLOBIN
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid binding / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Histone Acetyltransferase; Chain A - #50 / Major allergen I polypeptide chain 1 / Major allergen I polypeptide chain 2-like / : / Allergen Fel d I-B chain / Secretoglobin / Uteroglobin family / Secretoglobin (SCGB) family profile. / Uteroglobin / Secretoglobin superfamily ...Histone Acetyltransferase; Chain A - #50 / Major allergen I polypeptide chain 1 / Major allergen I polypeptide chain 2-like / : / Allergen Fel d I-B chain / Secretoglobin / Uteroglobin family / Secretoglobin (SCGB) family profile. / Uteroglobin / Secretoglobin superfamily / Histone Acetyltransferase; Chain A / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Major allergen I polypeptide chain 1 / Major allergen I polypeptide chain 2
類似検索 - 構成要素
生物種Felis catus (イエネコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Kaiser, L. / Velickovic, T.C. / Badia-Martinez, D. / Adedoyin, J. / Thunberg, S. / Hallen, D. / Berndt, K. / Gronlund, H. / Gafvelin, G. / van Hage, M. / Achour, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural characterization of the tetrameric form of the major cat allergen Fel d 1
著者: Kaiser, L. / Velickovic, T.C. / Badia-Martinez, D. / Adedoyin, J. / Thunberg, S. / Hallen, D. / Berndt, K. / Gronlund, H. / Gafvelin, G. / van Hage, M. / Achour, A.
履歴
登録2007年3月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年8月16日Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major allergen I polypeptide chain 1, chain 2
B: Major allergen I polypeptide chain 1, chain 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5786
ポリマ－34,4182
非ポリマー1604
水4,864270
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area12410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.588, 42.996, 48.906
Angle α, β, γ (deg.)70.80, 80.56, 81.53
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Major allergen I polypeptide chain 1, chain 2 / Allergen Fel d 1-A / Allergen Fel d 1-B


分子量: 17208.809 Da / 分子数: 2
断片: MATURE CHAIN 1 and residues of CHAIN 2 in database 18-93
由来タイプ: 組換発現
詳細: Biochemical fusion of chain 1 and chain 2 of Fel d 1
由来: (組換発現) Felis catus (イエネコ) / 遺伝子: ch1, ch2 / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P30438, UniProt: P30440
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.4 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 22.5% PEG3350, 0.5M CaCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.087 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月2日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.087 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→36.51 Å / Num. obs: 31695 / % possible obs: 92.93 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PUO

1puo


解像度: 1.64→36.51 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1680 -RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.19 31695 92.93 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→36.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2259 0 4 270 2533

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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