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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2een | ||||||
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タイトル | Structure of PH1819 protein from Pyrococcus Horikoshii OT3 | ||||||
![]() | Hypothetical protein PH1819 | ||||||
![]() | Structural Genomics / Unknown Function / Dimer / Hypothetical Protein / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI | ||||||
機能・相同性 | ![]() Adenylyl cyclase CyaB / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / Hypothetical Protein Pfu-838710-001 / CYTH / CYTH domain / CYTH domain / CYTH domain profile. / CYTH-like domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Bagautdinov, B. / Kunishima, N. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of PH1819 protein from Pyrococcus Horikoshii OT3 著者: Bagautdinov, B. / Kunishima, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 92.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 69.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 440.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2dc4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22131.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.32 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.4 詳細: 27.5w/w(%) PEG 4000, 0.1M TRIS-HCL, pH 8.4, microbatch, temperature 295.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月22日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→33.18 Å / Num. all: 45107 / Num. obs: 44006 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 18.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 24.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.344 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 4418 / Rsym value: 0.332 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 2DC4 解像度: 1.65→33.18 Å / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→33.18 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.71 Å / Rfactor Rfree error: 0.022
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