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万見
- PDB-2e56: Crystal structure of human MD-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2.0E+56
タイトルCrystal structure of human MD-2
要素Lymphocyte antigen 96
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / INNATE IMMUNITY / LIPID-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


lipopolysaccharide immune receptor activity / Toll-like receptor 4 binding / lipopolysaccharide receptor complex / detection of lipopolysaccharide / MyD88-independent TLR4 cascade / TRIF-mediated programmed cell death / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Regulation of TLR by endogenous ligand ...lipopolysaccharide immune receptor activity / Toll-like receptor 4 binding / lipopolysaccharide receptor complex / detection of lipopolysaccharide / MyD88-independent TLR4 cascade / TRIF-mediated programmed cell death / Toll Like Receptor 4 (TLR4) Cascade / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / positive regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / Regulation of TLR by endogenous ligand / MyD88 deficiency (TLR2/4) / IRAK4 deficiency (TLR2/4) / MyD88:MAL(TIRAP) cascade initiated on plasma membrane / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / RSV-host interactions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / cellular defense response / coreceptor activity / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / lipopolysaccharide binding / Heme signaling / positive regulation of tumor necrosis factor production / ER-Phagosome pathway / cellular response to lipopolysaccharide / response to lipopolysaccharide / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / inflammatory response / innate immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Lymphocyte antigen 96 / Immunoglobulin-like - #770 / ML domain / MD-2-related lipid-recognition domain / Domain involved in innate immunity and lipid metabolism. / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MYRISTIC ACID / Lymphocyte antigen 96
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ohto, U. / Satow, Y.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of human MD-2 and its complex with antiendotoxic lipid IVa.
著者: Ohto, U. / Fukase, K. / Miyake, K. / Satow, Y.
履歴
登録2006年12月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lymphocyte antigen 96
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7146
ポリマ－16,5861
非ポリマー1,1285
水2,576143
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.113, 53.113, 111.447
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-998-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lymphocyte antigen 96 / MD-2 protein / ESOP-1


分子量: 16586.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LY96, ESOP1, MD2 / プラスミド: pPIC9, pPICZa, pPIC6a / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9Y6Y9
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 20% PEG8000, 120mM Na-acetate,70mM Na-cacodylate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→48.4 Å / Num. obs: 11389 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 11.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2→48.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24922 477 4.7 %RANDOM
Rwork0.19407 ---
obs0.19648 9641 88.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.557 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å20 Å20 Å2
2--0.81 Å20 Å2
3----1.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1162 0 76 143 1381
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221284
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5432.0191722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1465147
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.98824.3453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.40215223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.207155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2185
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02923
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2790.3556
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3380.5846
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2460.5184
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3150.354
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2480.523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0992731
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.94731192
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3452553
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.7363530
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 28 -
Rwork0.226 510 -
obs--64.74 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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