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万見
- PDB-2e4z: Crystal structure of the ligand-binding region of the group III m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2e4z
タイトルCrystal structure of the ligand-binding region of the group III metabotropic glutamate receptor
要素Metabotropic glutamate receptor 7
キーワードSIGNALING PROTEIN / G-protein-coupled receptor / neuron / central nerve system
機能・相同性
機能・相同性情報


group III metabotropic glutamate receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / adenylate cyclase inhibitor activity / glycosylation / negative regulation of glutamate secretion / serine binding / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / short-term memory / conditioned taste aversion ...group III metabotropic glutamate receptor activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / adenylate cyclase inhibitor activity / glycosylation / negative regulation of glutamate secretion / serine binding / adenylate cyclase inhibiting G protein-coupled glutamate receptor activity / short-term memory / conditioned taste aversion / G protein-coupled glutamate receptor signaling pathway / glutamate receptor activity / nervous system process / G alpha (i) signalling events / glutamate binding / axon development / transmission of nerve impulse / adult behavior / associative learning / presynaptic active zone / asymmetric synapse / behavioral fear response / voltage-gated calcium channel activity / multicellular organismal response to stress / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / presynaptic active zone membrane / axon terminus / calcium channel regulator activity / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / dendritic shaft / GABA-ergic synapse / PDZ domain binding / sensory perception of sound / terminal bouton / memory / calcium-dependent protein binding / presynaptic membrane / cell cortex / chemical synaptic transmission / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic membrane / learning or memory / receptor complex / calmodulin binding / protein dimerization activity / axon / neuronal cell body / dendrite / glutamatergic synapse / cell surface / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 7 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site ...GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor 7 / GPCR, family 3, metabotropic glutamate receptor / : / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3, conserved site / GPCR, family 3 / G-protein coupled receptors family 3 profile. / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / Response regulator / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metabotropic glutamate receptor 7
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Muto, T. / Tsuchiya, D. / Morikawa, K. / Jingami, H.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2007
タイトル: Structures of the extracellular regions of the group II/III metabotropic glutamate receptors
著者: Muto, T. / Tsuchiya, D. / Morikawa, K. / Jingami, H.
履歴
登録2006年12月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metabotropic glutamate receptor 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2262
ポリマ－56,0311
非ポリマー1951
水00
1
A: Metabotropic glutamate receptor 7
ヘテロ分子

A: Metabotropic glutamate receptor 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,4524
ポリマ－112,0622
非ポリマー3902
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)92.431, 92.431, 114.332
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: X-Y,-Y,-1/3-Z

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要素

#1: タンパク質 Metabotropic glutamate receptor 7 / mGluR7 / group III metabotropic glutamate receptor subtype 7


分子量: 56030.871 Da / 分子数: 1 / 断片: ligand-binding region, residues 33-521 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HIGH FIVE / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P35400
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 0.02M Citrate, 0.08M MES, 0.01M Glutamate, 2.2M ammonium sulfate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月1日
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→100 Å / Num. all: 8887 / Num. obs: 8887 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル解像度: 3.3→3.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
ADSCQUANTUMデータ収集
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EWK

1ewk


解像度: 3.3→12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.882 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.823 / SU B: 33.152 / SU ML: 0.579 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / σ(I): 3 / ESU R Free: 0.702 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32395 607 7 %RANDOM
Rwork0.26996 ---
all0.279 8036 --
obs0.27369 8036 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.703 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.88 Å20.94 Å20 Å2
2--1.88 Å20 Å2
3----2.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3293 0 12 0 3305
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0213379
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9631.9344601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9735429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2514
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022602
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.21680
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1250.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2422150
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.34343432
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.58441229
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.09161169
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.379 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.309 43
Rwork0.225 533
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.12320.4148-1.90974.117-0.07164.6569-0.172-0.2384-0.04460.28020.08670.2115-0.0896-0.26630.08530.3306-0.01090.01910.0006-0.00680.140238.51366.7038-0.801
23.4828-0.38510.17411.0025-4.07756.3598-0.2278-0.30340.172-0.12930.16010.11970.10160.16430.06780.22470.0444-0.05630.34930.09440.289262.9157-4.517715.2428
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA40 - 2068 - 174
2X-RAY DIFFRACTION1AA343 - 477311 - 445
3X-RAY DIFFRACTION1AB1001
4X-RAY DIFFRACTION2AA207 - 342175 - 310
5X-RAY DIFFRACTION2AA478 - 511446 - 479

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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