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- PDB-2e3t: Crystal structure of rat xanthine oxidoreductase mutant (W335A an... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 2e3t
タイトルCrystal structure of rat xanthine oxidoreductase mutant (W335A and F336L)
要素Xanthine dehydrogenase/oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Dehydrogenase to oxidase conversion
機能・相同性
機能・相同性情報


response to azide / Butyrophilin (BTN) family interactions / hypoxanthine catabolic process / hypoxanthine dehydrogenase activity / hypoxanthine oxidase activity / negative regulation of vasculogenesis / Azathioprine ADME / Purine catabolism / guanine catabolic process / deoxyguanosine catabolic process ...response to azide / Butyrophilin (BTN) family interactions / hypoxanthine catabolic process / hypoxanthine dehydrogenase activity / hypoxanthine oxidase activity / negative regulation of vasculogenesis / Azathioprine ADME / Purine catabolism / guanine catabolic process / deoxyguanosine catabolic process / dGMP catabolic process / negative regulation of endothelial cell differentiation / xanthine dehydrogenase / xanthine oxidase / xanthine oxidase activity / xanthine catabolic process / xanthine dehydrogenase activity / GMP catabolic process / amide catabolic process / response to carbon monoxide / deoxyinosine catabolic process / adenosine catabolic process / regulation of epithelial cell differentiation / deoxyadenosine catabolic process / dAMP catabolic process / inosine catabolic process / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / AMP catabolic process / response to aluminum ion / IMP catabolic process / allantoin metabolic process / molybdopterin cofactor binding / nitrite reductase (NO-forming) activity / positive regulation of p38MAPK cascade / iron-sulfur cluster assembly / negative regulation of endothelial cell proliferation / cellular response to interleukin-1 / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / lactation / negative regulation of protein phosphorylation / FAD binding / sarcoplasmic reticulum / response to hydrogen peroxide / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / peroxisome / cellular response to tumor necrosis factor / flavin adenine dinucleotide binding / response to lipopolysaccharide / oxidoreductase activity / iron ion binding / negative regulation of gene expression / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Xanthine dehydrogenase, small subunit / Oxidoreductase, molybdopterin binding site / Eukaryotic molybdopterin oxidoreductases signature. / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain / Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain / [2Fe-2S]-binding domain / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding ...Xanthine dehydrogenase, small subunit / Oxidoreductase, molybdopterin binding site / Eukaryotic molybdopterin oxidoreductases signature. / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain / Aldehyde Oxidoreductase; domain 4 / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain / [2Fe-2S]-binding domain / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal / CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal domain superfamily / FAD binding domain in molybdopterin dehydrogenase / CO dehydrogenase flavoprotein C-terminal domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, first molybdopterin binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead superfamily / [2Fe-2S]-binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, second molybdopterin binding domain / [2Fe-2S] binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / Beta-grasp domain / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / Enolase-like; domain 1 / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / DNA polymerase; domain 1 / Roll / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PHOSPHATE ION / URIC ACID / Xanthine dehydrogenase/oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Asai, R. / Nishino, T. / Matsumura, T. / Okamoto, K. / Pai, E.F. / Nishino, T.
引用ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 2007
タイトル: Two mutations convert mammalian xanthine oxidoreductase to highly superoxide-productive xanthine oxidase
著者: Asai, R. / Nishino, T. / Matsumura, T. / Okamoto, K. / Igarashi, K. / Pai, E.F. / Nishino, T.
履歴
登録2006年11月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xanthine dehydrogenase/oxidase
B: Xanthine dehydrogenase/oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)296,46827
ポリマ－292,5302
非ポリマー3,93825
水25,0591391
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12390 Å2
ΔGint-192 kcal/mol
Surface area85820 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)101.066, 139.513, 222.304
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a homodimer. Both chains are included in the coordinate file.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Xanthine dehydrogenase/oxidase


分子量: 146265.203 Da / 分子数: 2 / 変異: W335A, F336L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P22985, xanthine dehydrogenase, xanthine oxidase

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非ポリマー , 7種, 1416分子

#2: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#6: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#7: 化合物 ChemComp-URC / URIC ACID / 7,9-DIHYDRO-1H-PURINE-2,6,8(3H)-TRIONE / 尿酸


分子量: 168.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H4N4O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1391 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: 10% Polyethylene glycol 8000, 0.6M Lithium sulfate, 5mM dithiothreitol, 1mM sodium salicylate, 0.4mM EDTA, 15% glycerol, 40mM HEPES, pH 6.20, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.28→25 Å / Num. obs: 143627 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 8.2 % / Rsym value: 0.08
反射 シェル解像度: 2.28→2.42 Å / 冗長度: 7.4 % / Num. unique all: 20624 / Rsym value: 0.387 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
EPMR位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FO4

1fo4


解像度: 2.28→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.229 5556 4 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs-137504 100 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19840 0 213 1391 21444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
LS精密化 シェル解像度: 2.28→2.32 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.284 -
Rwork0.209 -
obs-100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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